שר התחבורה שאול מופז אמר לחברי וועדת וינוגרד כי "עמדתי לגבי היציאה מלבנון הייתה שצריך לצאת בהסכם. הערכה שלי כרמטכ"ל ב-99' הייתה שהעימות עם הפלשתינים הוא עניין של זמן. הערכנו שיהיה עימות אך לא ידענו מתי. על כן החלטתי על סמך הערכת מודיעין ב-99' ולאחר מכן גם ב-2000 כי יש להכין את צה"ל לעימות מזוין מול הפלשתינים".
מופז אמר כי בניגוד למה שהעריך בזמנו ראש הממשלה אהוד ברק, "אני סברתי שהנושא הפלשתיני הוא הראשון בסדר העדיפויות ולכן צריך את מלוא חלוקת הקשב ואת תשומת הלב לנושא הפלשתיני. מכיוון שראש הממשלה נבחר על סמך מצע פוליטי, הוא העדיף את היציאה בתוך שנה מלבנון".
מופז התייחס ליציאה מלבנון ואמר כי "אנחנו למעשה ביצענו את התוכנית שהכנו בשינוי אחד, בשלב מסוים הגעתי לראש הממשלה ובקשתי להקדים את היציאה. התוכנית של הממשלה הייתה לצאת ביולי עד שיגיעו כוחות יוניפיל ויוסדרו כל הנושאים האחרים, ואני ביקשתי שהקבינט יכונס וישמעו אותי, כי התחילה ההתמודדות של צד"ל בדרום לבנון והמשמעות של להישאר בשטח הייתה להכניס עוד כוחות של צה"ל לתוך השטח ואז זה היה אומר להוציא יותר כוחות של צהל, לכן אני ביקשתי להקדים את היציאה. מועד היציאה אכן הוקדם לתאריכים 24 וה-25 במאי".
מופז אמר לחברי הוועדה, "תמכתי ביציאה עם הסכם, אך לאחר שהממשלה החליטה לצאת חד-צדדית, ביצעתי את הזה כאילו זו הייתה החלטה שלי".
"מעולם לא הקלנו ראש בהתעצמות של החיזבאללה" מופז התייחס לחטיפת החיילים בשנת 2000 ועל מוכנות צה"ל להתלקחות בגבול הצפון לאחר הנסיגה ואמר כי "מעולם לא הקלנו ראש בהתעצמות של החיזבאללה. נתנו לזה תשומת לב עצומה. היא הייתה בליבת העיסוק של צה"ל בהיותי רמטכ"ל ואחר כך גם כשר ביטחון, גם בתחומי המודיעין, גם בתחומי התוכניות, גם בתחומי הכנסת הכוחות".
מופז סיפר לחברי הוועדה על מוכנות מערכת הביטחון למצב החדש שנגזר מנסיגת צה"ל. "ראשית הוקמה גדר חדשה כאמצעי התראה", אמר מופז, "היה קו מוצבים חדש שנבנה, כל זה בעלות של 1.2 מיליארד שקלים". מופז ציין כי התקיימו עבודות למיגון היישובים בצפון כתוצאה מההיערכות החדשה.
"פעולה קרקעית לא תשנה את מצב היסוד בלבנון" מופז אמר כי הערכה הייתה שפעולה קרקעית לא תעזור בלבנון. "פעולה קרקעית לא תשנה את מצב היסוד בלבנון", אמר. לדבריו, "החיזבאללה הוא ארגון גרילה הנתמך בידי 40% מאוכלוסיית המדינה. אותם אנשים נמצאים בתוך גורמי השלטון הלבנוני כולל שרים בממשלה. הם רוצים להפוך את לבנון למדינת הלכה שיעית ואת זה הוא יכול לעשות רק באמצעים פוליטיים".
בהתייחסו למערכה האחרונה בלבנון אמר מופז כי היה בעד יציאה למערכה צבאית. עם זאת, מופז אמר לחברי הוועדה כי לא היה מעורב בפרטי המבצע וכי לא הוצגו בפניו הערכות המצב העדכניות. "ביום החטיפה תמכתי בעיקרון בדברים הבאים: ראשית לפעול נגד הרק"ק, חשבתי שזו עכשיו ההזדמנות. חשבתי שנכון לפעול באותו לילה ולפגוע בתשתיות הרק"ק גם הנייח וגם הנייד. וכן לפגוע בתשתיות חיזבאללה בלבנון. התכוונתי לכך שיש לפגוע בתשתיות מבלי לפגוע באזרחים", אמר מופז. לדבריו, "חשבתי שיש להרחיק את החיזבאללה מקו הגבול".
כשנשאל מופז על-ידי חברת הוועדה רות גביזון כיצד חשב שאפשר להוציא לפועל את תוכניתו, השיב שר התחבורה כי "בכל דרך שראש הממשלה, שר הביטחון והרמטכ"ל יחליטו עליה, הרי הם מקבלים הערכות מצב ועורכים דיונים בפורום הזה. בידיהם נמצאים כל המודיעין כל הנתונים שפעם אחת מביאה להשגת היעדים האלה, ובפעם השנייה, מאפשרת לצה"ל לפעול באופן שהוא שומר על כוח ההרתעה שלו".
גביזון לא הרפתה ושאלה האם העריך שניתן להביא לתוצאות עליהם הוא מדבר. "כאיש שרק עזב לפני כמה חודשים את המשרד ומכיר את כל התוכניות האם אתה חשבת שאפשר להשיג יעדים כאלה במתווה של רק אש מנגד?".
מופז השיב כי "לא נשאלתי את השאלה הזאת". לדבריו, "תראי, אני חושב שכל דרך שהיו מציעים ובתנאי שהיו עומדים בהשגת היעדים ומאפשרים לצה"ל לשמור על כוח ההרתעה שלו, אני תומך בזה. אני לא יודע מה אני הייתי מחליט. יכול להיות שהייתי מחליט שהחומרה היא כזאת והמציאות היא כזאת, שצריך לגייס מילואים ולהתחיל בפעולה הקרקעית, כלומר להתחיל את הפעילות האווירית ולהיכנס לפעולה קרקעית רחבה, או שהייתי סבור שמספיקה פעולה אווירית".