כוננות גבוהה הוכרזה בשירות בתי הסוהר בעקבות הנעשה ברצועת עזה. בהמשך להעלאת הכוננות ובעקבות קבלת אינדיקציות ממודיעין שב"ס, שעיקרן כוונת פעילים מקרב הארגונים, לפתוח במרחץ דמים פנימי.
בעקבות כך, החליט נציב שירות בתי הסוהר, רב-גונדר בני קניאק, על קיום הליך, כשלראשונה מאז קום השב"ס מתבצע הליך אשר בסיומו הופרדו אסירי הפתח מאסירי החמאס. הדגש במבצע ההפרדה היה בבתי הכלא "קציעות" שבו כלואים כ-2,500 אסירים מהם כ-1,200 אסירים המשתייכים לפתח וכ-800 אסירים מהחמאס, וכן כלא "עופר" שם כלואים כ-900 אסירים ביטחוניים בהם 500 אסירים המשתייכים לארגון הפתח וכ-300 מהחמאס. בתהליך מורכב זה, שכאמור מתרחש לראשונה משמעותו למעשה, הזזת כלל האסירים, תוך זמן קצר, הזזה שהתבצעה בסדר מופתי ובמשמעת מופתית, במיוחד נוכח העובדה כי את התהליך הזה תגברו כוחות גדולים של סוהרי שירות בתי הסוהר, ולוחמי יחידות מיוחדות של שב"ס - יחידות "נחשון" ו"מצדה".
כוחות גדולים אלו, ממשיכים בשעות האחרונות לתגבר את בתי הסוהר ברחבי הארץ, זאת אל מול הערכות מצב שוטפות אשר מקיים נציב השב"ס.
על המבצע המורכב אשר התפרס במהלך כל ליל אמש (ו',15.06.07), פיקד אישית רב-גונדר קניאק, כשעל כל מחוז פיקד אישית מפקד המחוז. על המבצע בכלא "מגידו" פיקד מפקד מחוז צפון בשב"ס גונדר יצחק גבאי. על מבצע ההפרדה בכלא "עופר" פיקד מפקד מחוז מרכז גונדר נזים סביתי, והמבצע בכלא "קציעות" היה תחת פיקודו של גונדר אלי גביזון.
גביזון מסר ל-Nfc: "קיבלנו מידע מודיעיני מתוך שב"ס על כך שהאירועים בעזה יזלגו לתוך בתי הכלא. המשמעות היא שאירועים כאלה בתוך בתי הכלא מסוכנים ועלולים להגרר לתוך בתי הסוהר ולישראל. לראשונה מאז ומעולם יצרנו הפרדה בין הארגונים השונים. זה לא היה פשוט. מנהיגי האסירים הציגו בפני מפקדי בתי הכלא תמונת מצב לפיה קיימת אחדות בקרב האסירים מחמאס ומפתח, אחדות בתוך כותלי בתי הכלא בישראל. לנו, לשירות בתי הסוהר הגיע מידע שהפריך את הניסיון שלהם להציג אחדות בין הארגונים. החלטנו להוציא לפועל תוכנית מגירה לפיה נבצע הפרדה בין הארגונים, תוך כדי הידברות עם האסירים הביטחוניים ותוך נחישות שההפרדה תצא לפועל לפני נאומו של היושב-ראש הפלשתיני אבו מאזן, אשר לפיו הוא מפרק את ממשלת האחדות הפלשתינית.
לדברי גביזון, האסירים הביטחוניים הבינו שיש לשירות בתי הסוהר את המידע, הם הבינו שההחלטה היא נכונה גם מבחינתם וכי השוטרים נחושים לבצע אותה.
עוד הוסיף גונדר גביזון, כי לוחמי שב"ס ממחוזות הדרום והמרכז בתוספת כוחות מיוחדים של יחידות "נחשון" ו"מצדה" היוו גורם מרתיע ומשכנע את האסירים שההחלטה תבוצע בכל מחיר. "שמחתנו שהמבצע הזה עבר בשקט מופתי וללא אירועים חריגים".
כל ההפרדות הן בכלא קציעות והן בכלא עופר כמו גם בכלא מגידו בוצעו בתוך כותלי בתי הכלא הללו, באגפים נפרדים של בתי הכלא. כך שכל פעילות ההפרדה בין האסירים הביטחוניים, למעשה לא זלגה למתקני כליאה נוספים ברחבי הארץ. צעד שמנע את זליגתם של האירועים החיצוניים, פנימה לתוך בתי הכלא בישראל, בתי הכלא שבהם כלואים אסירים ביטחוניים מתנועות החמאס והפתח.
נציב שירות בתי הסוהר, רב גונדר קניאק, מסר ל-Nfc: "מדובר באירוע גדול ומשמעותי אשר עבר בשקט מופתי, כמתוכנן".
