ממשלת אתיופיה סגרה בצו את מתחם גונדאר, בו שוהים אלפים מבני הפלשמורה, בשל מעורבות גורמים המונעים מממשלת ישראל לעמוד בסיכומיה עם ממשלת אתיופיה. כך נחשף בהחלטת בג"צ (א', 17.6.07), אשר דחתה עתירה לחייב את הממשלה לפעול לעליית בני הפלשמורה מגונדאר. שופטות בג"צ הורו למדינה להמשיך ולדווח על המשך פעילותה למען עלייתם של הפלשמורה.
בעתירה שהוגשה על-ידי אסצ'אלאו אמבאו, אבאטה דסה וונדמאגיו ו-378 אח' וכן SSEJ-ארגון המאבק להצלת יהודי אתיופיה, באמצעות באי כוחם, עו"ד עמרי קאופמן, עו"ד ג'רמי בנימין ועו"ד רותם ידלין, נטען כי בעקבות סגירת מיתחם הסיוע בגונדאר ביום 19.3.07, אשר סיפק שירותים לכל הממתינים לעליה, כ-8,400 במספר, הופסקה פעילות הארגונים הוולונטריים,
לרבות ארגון הקהילה בגונדאר. לפיכך השוהים במקום הושארו ללא מזון וחינוך לילדים. "פניות נציג הארגונים ההומניטריים לראש הממשלה ולגורמי ממשל אחרים, כמו גם לסוכנות, לא עלו יפה. עם זאת, ב-30.3.07 ניתן היתר זמני לארגונים הוולונטריים להפעיל מרכז חלוקת מזון ולפתוח בית כנסת במיתחם, אך שאר תוכניות הסיוע הופסקו".
העותרים דרשו כאמור כי בג"צ יורה בצו לממשלה לקיים "באופן מיידי את חובתם על-פי החלטת הממשלה לדאוג להגברת הסיוע ההומניטרי לתושבי המיתחם בגונדאר, עד להבאת יושביהם לישראל (החלטת ממשלה מיום 16.2.03 סעיף ד')".
שופטות בג"צ פרוקצ'ה, נאור, וארבל, דחו את העתירה וקבעו כי מדובר בבקשה הנושאת אופי מדיני מובהק ובעלת השלכה על מעמד ישראל במישור הבינלאומי ויחסיה עם מדינות אחרות. הן הוסיפו כי "לא הוכח כי בעניין הסיוע לשוהים בגונדאר סטתה הממשלה בדרך פעולתה מהחלטותיה וממדיניותה באופן המצדיק התערבות שיפוטית".
השופטות ציינו כי החלטת הממשלה משנת 2005 בנושא העלאת הפלשמורה חייבה חתימת הסכם בין ממשלת ישראל לממשלת אתיופיה. הסכם זה נועד להבטיח כי העלאת בני הפלאשמורה תהיה מתואמת על שתי הממשלות במספר היבטים, ובכלל זה המספר סופי של העולים הנכללים באוכלוסיית היעד, וכן תאריך יעד להשלמת כל פעולות הבאת העולים לישראל. "ממשלת אתיופיה עמדה על כך כי הסיוע למבקשים לעלות ינתן רק על-ידי גורמים מטעם ישראל ללא מעורבות גורמים חיצוניים, ובכלל זה ארגון נאקוץ'. כן דרשה ממשלת אתיופיה כי הסיוע ינתן רק לאוכלוסיית היעד ולא לאחרים. מבחינת השלטון האתיופי, פעולות העמותה NGO, אשר פעלה במקום מטעם ארגון נאקוץ', הייתה מנוגדת למדיניות הממשלתית, וכתוצאה מכך ניתן צו שיפוטי באתיופיה לסגור את המיתחם. כעבור מספר ימים נפתחו שירותי הזנה בלבד, והנושא מצוי בדיון בערכאות שם".
במהודעת המדינה נמסר גם כי "אם ייווצר הצורך במתן סיוע לאוכלוסיית היעד בלבד, הסוכנות תוכל ליטול אחריות למתן "סיוע ישיר, כספי בלבד לאוכלוסיית היעד בלבד".
"אחריות זו תהיה במתכונת שתיקבע על-ידי הסוכנות, ותתמקד בכל מקרה באוכלוסיית היעד בלבד, במטרה לסיים את העלאת בני הפלאשמורה הנותרים עד דצמבר 2008". בהודעתה הוסיפה המדינה כי "הסיוע הרחב הנדרש על-ידי העותרים חורג מגדר סיוע הומניטרי, ונתינתו מעבר למסגרת המוסכמת על המדינות עלולה להוות התערבות בענייניה הפנימיים של אתיופיה".
"מפעל מורכב" מפעל העלאת בני הפלשמורה לישראל הינו מפעל מורכב, כתבו השופטות בהחלטה, "היבטיו השונים אינם מתמצים בעניינים בעלי אופי מדיני-פנימי, אלא יש להם השלכה ברורה על מעמדה של ישראל במישור הבינלאומי ובמיוחד על יחסיה עם ממשלת אתיופיה, כממשלה ריבונית האחראית על המתרחש בין גבולות ארצה".
לשינויים שחלו בהיקף פעולות הסיוע במתחם גונדאר יש משמעות הומניטרית מן המדרגה הראשונה, "אולם המקום לפתרון סוגיה זו הוא במישור המדיני, ואפשר אף במישור הבינלאומי, ובגדר של יחסי ישראל-אתיופיה. מהודעות העותרים עצמם עולה כי נושא פעולות הסיוע לשוהים במיתחם גונדאר נדון במישור הבינלאומי ובשדה הציבורי בישראל, ואלה המישורים בהם יש לרכז את המאמץ לצורך מציאת פתרון ראוי לקשיים שנוצרו".
המדינה התבקשה על-ידי בג"צ להגיש הודעה משלימה עד 15.9.07 וזאת "לצורך מעקב נוסף אחר התקדמות פעולות בדיקת המבקשים לעלות לישראל מבני הפלשמורה, ולצורך התחקות אחר מספר העולים מידי חודש". השופטות ציינו כי על המדינה למסור נתונים "ביחס למספר הבקשות שנבדקו ממאי 2007 ועד למועד ההודעה שתוגש. כמה מהן נדחו וכמה אושרו ומה הן מכסות העולים שעלו מידי חודש באותה תקופה. כמו כן התייחסות לשאלת הסיוע ההומניטארי הניתן במתחם גונדר בתקופה הנדונה והפתרונות שנמצאו במישור זה".
מההחלטה עולים הנתונים הבאים ביחס לעליית בני הפלשמורה: "עד ליום 6.3.07 נכנסו לישראל בסך-הכל 11,547 מבני הפלאשמורה. נכון ל-28.2.07 אושרו לעלייה וטרם הגיעו לישראל - 1,579 נפש; בקשות של 2,351 איש נדחו; יתרת הפוטנציאל לבדיקה עומדת על 4,911 נפש. קצב הבדיקה החודשי נכון לחודשים ינואר ופברואר 2007 עומד על 600 נפש לחודש, והצפי לסיום בדיקת הבקשות הוא בחודשים ספטמבר-אוקטובר 2007. השלמת הבאתם לישראל של כל בני הפלאשמורה שיימצאו זכאים לכך, בהנחה שמיכסת העליה תמשיך לעמוד על 300 נפש לחודש, ואחוז הבקשות שתידחנה לא יעלה על 10%, צפויה להסתיים לקראת חודש דצמבר 2008.