דיני משמעת כמו גם העדר מערכת אכיפה משמעתית אינם חלים על עובדי המועצות הדתיות. כך טוענת התנועה למען איכות השלטון בעתירה לבג"צ. בעתירה שהוגשה היום (ד', 20.6.07) דורשת התנועה מתן צו על תנאי נגד ראש הממשלה והרשות לענייני דתות המורה להם לנמק מדוע לא יפעלו לאלתר להחלת הוראות חוק שירות המדינה (מינויים) על עובדי המועצות הדתיות, כפי שהוסמכו על-פי הוראות חוק שירותי הדת.
נטען כי חרף היותם עובדי ציבור וחרף לשונו ורוחו של חוק שירותי הדת, כמעט כ-40 שנה מיום חקיקתו, לעובדי המועצות הדתיות חוקים משלהם.
במרכז העתירה עומד מחדלן ארוך השנים של הרשויות האחראיות על החלת הוראות דיני המשמעת על עובדי המועצות הדתיות. העותרת כתבה כי הימנעות זו מלפעול להחלת הדין המשמעתי, חרף העובדה שהסמכות לעשות כן הופקדה בידיהם, מביאה למצב בו מגזר שלם של עובדי ציבור אינו כפוף לדין משמעתי ומכאן שהטיפול בתווך שלם של הפרות נורמטיביות בהתנהלות עובדי מגזר זה אינו מוסדר על-ידי הדין במצב הקיים, כל עוד לא הוחל הדין המשמעתי.
כך, הוסיפה, הם מכשירים הלכה למעשה, התנהלות בלתי תקינה של המועצות הדתיות ופגמים בטוהר המידות ובמנהל הציבורי התקין אשר לא עולות בכדי עבירה פלילית ואשר נכון להיום, לא נושאות סנקציה משמעתית בגינן.
עוד הוסיפה בעתירה כי העדרו של דין משמעתי וקיומן של נורמות פליליות בלבד בהתייחס לקבוצה מסוימת של עובדי ציבור חותר תחת עיקרון העל של אמון הציבור במערכות השלטון שכן בכך נותרת קבוצה שלמה של הפרות נורמטיביות מחוץ לטיפול המשפט, חרף העובדה כי לו היו מעשים אלו נעשים על-ידי עובד ציבור המשתייך לרשות שלטונית אחרת לא היה נמנע המשפט מלטפל בהם. "הנורמות המשמעתיות, משמשות אם כן כמנגנון השלמה לנורמות פליליות. מבקר המדינה, בדוח לשנת 2006 בפרק הדן בהבטים בניהול שירותי הדת מעיר המבקר על דרך התנהלותן הפגומה, בניגוד לכללי המנהל התקין וחשד לאי-סדרים רבים במועצות דתיות רבות. קביעתו של מבקר המדינה על התנהלותן הלא תקינה של מועצות דתיות רבות הינה ריקה מתוכן וחסרת משמעות לאור העובדה כי על המועצות הדתיות לא חל כל דין משמעתי המהווה דרך משמעתית לטיפול באותם גורמים. כך למעשה, מתקבעת התקיימות התנהלות בלתי תקינה מנהלית כגון מינויים בלתי תקינים ואי-סדרים תקציביים כנורמה ראויה וקבילה לדיראון עולם במועצות הדתיות", כתבה התנועה לאיכות השלטון.
העתירה הוגשה באמצעות עוה"ד אליעד שרגא וברק כלב.
ברוח זו התבטא, בעת כתיבת העתירה, הרב הראשי לשעבר, אליהו בקשי דורון, אשר בראיון פומבי שהתפרסם בשבוע שעבר עמד על קיומן של נורמות התנהלות לקויות פעולות המועצות הדתיות.
