החלטת מועצת הרשות השנייה שלא להאריך את כהונתם של יו"ר הדירקטוריון - יצחק לבני ועו"ד רחל בן-ארי, כדירקטוריונים בחברת החדשות, בשל זאת שהתנגדו למינוי רפי גינת למנכ"ל חברת החדשות, "לוקה בפגמים מהותיים ואינה יכולה לעמוד". כך קובע היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, בתשובה שהוגשה מטעמו לבית המשפט העליון (א', 24.6.07).
בתגובתו מתריע בא-כוח היועמ"ש, עו"ד אבי ליכט, סגן בכיר לפרקליט המדינה, כי להחלטה זו עשויות להיות השלכות עתידיות על עצמאותם של נציגי ציבור במאבקים אחרים שייאלצו לנהל מול נציגי הזכיינים.
בחודשים האחרונים מצויה מועצת המנהלים של חברת החדשות בהליכים לבחירת מנהל לחברת החדשות. אולם הליך זה "נתקע" בשל מחלוקת במועצת המנהלים, בין נציגי הזכייניות קשת ורשת-נוגה לבין הדירקטוריונים נציגי הציבור. בעוד נציגי הזכייניות תומכים במועמדותו של רפי גינת לתפקיד, התנגדו לכך הדירקטוריונים יצחק לבני ורחל בן ארי. אולם, ללא הסכמה של מי מהם, לא יוכל לעבור מינוי זה.
בחודש יוני 2007, בעיתוי שנוי במחלוקת - בעוד ניטשת המחלוקת בין הדירקטוריונים לנציגי הזכייניות, החליטה מועצת הרשות השנייה שלא להאריך את כהונתם של לבני ובן-ארי כנציגי ציבור. על החלטה זו עתרו חברי הכנסת שלי יחימוביץ', אריה אלדד ורן כהן, על-ידי עו"ד גלעד ברנע, בטענה כי החלטה זו נעשתה משיקולים לא ראויים ואך ורק כדי לפלס את דרכו של גינת לתפקיד.
מועצת הרשות השנייה דחתה טענות אלה, וטענה כי ההחלטה שלא להאריך את כהונת נציגי הציבור נבעה מטעמים אחרים, ואינה קשורה כלל למחלוקת בנוגע למינוי מנהל לחברת החדשות. אולם מתברר שעמדת שר התקשורת והיועץ המשפטי לממשלה, אשר צורפו גם הם כמשיבים לעתירה, שונה בתכלית - ומצדדת דווקא בעמדת העותרים.
בכתב תגובתו מציין בא-כוח היועמ"ש, כי "בעת ההחלטה על אי-הארכת הכהונה היו נציגי הציבור מצויים במהלכו של מאבק מול הזכיינים לגבי זהותו של מנהל לחברת החדשות. במאבק זה גילו נציגי הציבור עמדה עצמאית, בהתאם לתכלית החקיקה שקבעה את תפקידם נציגי הציבור במועצת המנהלים של חברת החדשות. ההחלטה על אי-הארכת הכהונה קטעה את המאבק של אותם נציגי הציבור".
עוד הוסיף, כי "בשל העיתוי הייחודי של קבלת ההחלטה, מועצת הרשות השנייה הייתה מחויבת להביא במניין שיקוליה את משמעות החלטתה לגבי חשיבות תפקידו של נציג הציבור במועצת המנהלים, וכן היה עליה לשקול את השלכות החלטותיה על הליך בחירת המנהל".
לגישת מזוז, על-בסיס החומר שהציגה מועצת הרשות השנייה, קרי: פרוטוקול הדיון במועצת הרשות השנייה ועמדת מועצת הרשות השנייה בתגובה לעתירה, נראה כי שיקולים אלה לא זכו לדיון ומשקל ראויים בהליך קבלת ההחלטה על-ידי הרשות. גם אי-זימונם של נציגי הציבור להופיע בפני הרשות בעת ההחלטה לא להאריך את כהונתם, פוגמת בתשתית העובדתית שעמדה בפני חברי המועצה. לאור כל זאת, טוען ב"כ היועמ"ש, "ההחלטה של מועצת הרשות השנייה שלא להאריך את כהונתם של נציגי הציבור לוקה בפגמים מהותיים ואינה יכולה לעמוד".