"מפעל הסינון המרכזי" הוא מהמורכבים מסוגו בעולם. המפעל משלב טכנולוגיות, שיטות הנדסיות ותהליכי תפעול מתקדמים ביותר. רוב מערך הבקרה של המפעל מתפקד באופן אוטומטי, וכמות כוח האדם הנדרשת לתפעולו קטנה בהשוואה למתקנים בסדר גודל כזה. כל זאת במטרה להבטיח תהליך סינון אמין, מהיר ובטוח, בעלויות נמוכות ככל האפשר, כך נמסר מחברת מקורות.
בתחילת הטיפול במים במפעל נכנסים מי הגלם (מי הכנרת) לתאי ערבוב אטי ומהיר שבהם מוסיפים למים חומרי השבחה, כדי לגבש את החלקיקים הלא רצויים ל"פתיתים" (חלקיקים גדולים). לאחר שלבי הטיפול השונים, רמת העכירות של המים היוצאים מהמערכת נמוכה אף מזו שנקבעה בתקנות משרד הבריאות. המים המסוננים מוזרמים לתחנת שאיבה ומסופקים ללקוחות.
כדי להבטיח אספקת מים אמינה באיכות טובה קיים במפעל מערך מתקדם של אמצעי ניטור ובקרה, המפקחים על איכות המים ועל תהליכי הטיפול והתפעול. כן נבנה באזור המפעל חדר בקרה מרכזי הפועל ללא הפסקה. תהליכי התפעול ואמצעי הניטור מקושרים באמצעות מערכת בקרה ממוחשבת לחדר הבקרה. בנוסף למעקב ולאיסוף נתונים מתריעה המערכת בזמן אמת על כל חריגה מדרישות התפעול או איכות המים. "מפעל הסינון המרכזי" מחולק לשני מוֹדוּלים (מערכים) סימטריים זהים, העובדים באופן עצמאי. זאת במטרה להגביר את אמינות המתקן ולאפשר ניתוק קטעים לצורכי אחזקה מבלי לפגוע בייצור השוטף.
לאחר תקופת ניסיון והרצה תקבל מקורות לידיה בקרוב ובהדרגה, את האחריות המלאה על "מפעל הסינון המרכזי": בשלב הראשון, תקבל מקורות את האחריות התפעולית ובתוך 180 יום לאחר מכן, תקבל לידיה גם את האחריות התהליכית הכוללת.