אחרי כ-3,000 שנים בהם לא נודע מקומה, התגלתה בארה של מרים הנביאה לחוף הכינרת. מקום הבאר, המיוחסת למרים אחות משה רבינו, היה על-פי המסורת הגלילית, כפי שקבע האר"י הקדוש - הנחשב גדול הרבנים שקבע את מקומות קברי הצדיקים וגם את מקומה של הבאר - הוא לא אחר מחופה של טבריה, על החוף ממש - בקטע שעדיין קיים וניתן לבקר בו.
בארה של מרים היתה, כידוע, מקור המים של בני ישראל, וליוותה אותם בזמן ארבעים שנות הנדודים במדבר ועד בואם לארץ ישראל. כשהגיעו לבסוף לארץ, לא היה עוד צורך בבאר, שהרי בארץ ישראל היו מים בשפע. עוד מתקופת התלמוד ידועה המסורת, על פיה כשהגיעו בני ישראל לארץ נגנזה באר מרים בכינרת. מסורת זו, במיוחד אצל יהודי טבריה והגליל, עברה מדור לדור, אך מיקומה המדויק של הבאר אבד - ומאז מראים אותו רבנים, מדריכים וטבריינים ותיקים יודעי דבר במקומות שונים, רובם בלב ים בכינרת עצמה. מסורת אחת בין יהודי טבריה של היישוב הישן הראתה את מקום הבאר בים מול בית הכנסת העתיק של רבי חיים אבולעפיה ברובע היהודי של העיר. אחרים נהגו להצביע על מקום בלב ים מול חמי טבריה.
המקום בו קיבל ר"ח ויטאל את חוכמתו מחקר היסטורי וארכיאולוגי, שערך הארכיאולוג ועובד רשות העתיקות לשעבר יוסי סטפנסקי, מגלה כי האר"י - רבי יצחק לוריא אשכנזי (1572-1536), גדול המקובלים בדורו ומקור חכמת הקבלה כפי שהיא נלמדת היום - ביקר כאן במהלך השנתיים ששהה בצפת (1572-1570), ותיאור המקום רשום בספרו של תלמידו - "שער הגלגולים". אולם תיאור זה, הידוע ברבים, אינו נותן מיקום מדויק של האתר אלא רק מיקום כללי, ועד עתה אי אפשר היה להצביע על המקום מתוך המקור הזה.
הגילוי של המקום המדויק של המקום הוא חלק ממחקר חדש ומתמשך על קברי צדיקים ומקומות קדושים, הנערך בשותפות עם חוקר קברי הצדיקים הירושלמי ישראל הרצברג. הגילוי נודע בעקבות חקירת מקור קדום נוסף וידוע פחות מכתבי האר"י, הוא הספר "נגיד ומצווה" של רבי יעקב צמח, שנכתב כ-60 שנה לאחר האר"י, ושכלולות בו ידיעות מקוריות שהוא שמע מפי בנו של ר' חיים ויטאל, שמואל, כאשר זה היה בדמשק בראשית המאה ה-17 לספירה. בספר זה מוזכר תיאור מדויק של מקום באר מרים, ויתר על כן - במקום זה ממש השקה האר"י הקדוש את רבי חיים ויטאל מן המים הקדושים, או-אז הוא קיבל "את כל חכמתו", חוכמת הקבלה שנפוצה לעולם.
בשל חשיבות הדבר, מובא להלן ציטוט מן הספר הנ"ל, המתאר חוויה מרגשת שעובר ר' חיים ויטאל עם מורו הנערץ האר"י הקדוש:
"כשאני חיים באתי אצל מורי ז"ל [האר"י הקדוש; י.ס.] ללמוד ממנו זאת החכמה הלך מורי ז"ל לטבריה והוליכני עמו... וכשהיינו מהלכים בספינה בתוך המים, נגד העמודים של בית הכנסת הישן, אז לקח מורי ז"ל כוס אחד ומילא אותו מים מבין העמודים, והשקה לי אותם המים, ואמר לי: עכשיו תשיג בזאת החכמה, כי אלו המים ששתית היו מבארה של מרים. ומאז ואילך התחלתי ליכנס בעומק החכמה הזאת".
