ממשלתו של נשיא פקיסטן פרבז מושארף הודיעה (ד') כי למעלה מ-106 בני אדם נהרגו ב-8 ימי הלחימה סביב המסגד האדום והוסיפה כי הדבר מעיד על כוונתה שלא לאפשר לקיצונים האיסלאמים לפעול במדינה.
שעות לאחר מכן, פרסם מספר 2 באל-קאעידה קלטת וידאו בה הוא קורא לפקיסטנים להצטרף למלחמת הקודש כדי להתנקם בצבא שתקף במסגד. איימן אל-זווהרי אמר לפקיסטנים כי נשיאם "שדד אתכם מכבודכם...".
הרשויות אמרו כי המצור על מתחם המסגד, אשר בו כמה בתי ספר דתיים לבנות ולבנים, הסתיים עם מותם של 10 חיילים, שוטר וכמה אזרחים.
73 גופות, ככל הנראה של הקיצונים, נמצאו על-ידי הכוחות הפקיסטנים. בין ההרוגים מנהיגם, איש הדת הפרו-טליבן עבדול רשיד גאזי.
ראש הממשלה, שאוקט עזיז, אמר כי לא נמצאו גופות של נשים וילדים למרות ש-7 או 8 גופות נשרפו ואי אפשר לגלות את זהותן. קבוצת נשים יצאה מהמסגד שלמה ובריאה, כך אמר כשהוא מתייחס ל-27 נשים, ילד בן 9 ו-2 בנות בנות 3 ו-5, שיצאו מהמסגד ביום שלישי.
המשבר החל ב-3 ביולי, כאשר במקום פרצו מהומות אלימות בין סטודנטים איסלאמים קיצונים לכוחות הביטחון. במהלך כשבוע התבצרו החמושים האיסלאמים בתוך המתחם, שהוקף על-ידי כוחות הביטחון הפקיסטנים. השלטונות העריכו כי עם המתבצרים נמנים לוחמים זרים של אל-קאעידה ומבוקשים שונים.