עבודת הוועדה הקיפה את התחומים הבאים: המחקר המדעי; תגמול בעבור מצוינות אקדמית במחקר ובהוראה, מניעת בריחת המוחות וקליטת מדענים מובילים הנמצאים בחו"ל; הרחבת מערכי הסיוע לסטודנטים וקביעת מודל חדש לגובה ומבנה שכר הלימוד שיאפשר הגברת נגישות האוכלוסיה להשכלה הגבוהה; הגדרה מחדש של מבנה המערכת ותפקידי האוניברסיטות והמכללות.
הוועדה הוקמה באוקטובר 2006, במינוי מיוחד של ראש הממשלה, שרת החינוך ושר האוצר על-רקע המשבר המתמשך העלול להוביל לקריסתה של מערכת ההשכלה הגבוהה בשל הסיבות הבאות: הגידול המשמעותי במספר הסטודנטים לצד הפחתת שכר הלימוד בכ-26% בעקבות החלטות ועדת וינוגרד משנת 2001; שחיקה מתמדת בהזרמות תקציב המדינה פר סטודנט למערכת שלא תאמו את הגידול במספר הסטודנטים והובילו לשחיקה בתשתיות, בהקצבת משאבים למחקר, לבריחת מוחות מישראל ולקשיים בקליטת סגל מצטיין, להחלשות איכות ההוראה ולהעדר תקנים לקליטת סגל חדש.
בוועדה חברים: יו"ר הוועדה, אברהם (בייגה) שוחט; שרת החינוך פרופ' יולי תמיר המשמשת גם כיו"ר המל"ג; יו"ר ות"ת, פרופ' שלמה גרוסמן; נציג משרד רה"מ, פרופ' מנואל טרכטנברג; נשיא האקדמיה, פרופ', מנחם יערי; הממונה על התקציבים במשרד האוצר, קובי הבר; פרופ' יעקוב זיו ופרופ' ראובן גרונאו, נציגי ציבור. ד"ר ליאורה מרידור צורפה לוועדה עם מינויה לתפקיד יו"ר ועדת המשנה לקביעת מערכי הסיוע וגובה שכר הלימוד. פרופ' יעקוב זיו עמד בראש ועדת המשנה לנושא עידוד מצוינות אקדמית במחקר והוראה וקליטת סגל איכותי במוסדות, פרופ' מנחם יערי עמד בראש ועדת המשנה לשיקום וקידום המחקר המדעי ופרופ' ראובן גרונאו עמד בראש ועדת המשנה להגדרת התפקידים הרצויה בין האוניברסיטות והמכללות.
כמו כן, במסגרת ועדות המשנה השתתפו כ–50 איש מבכירי אנשי המדע, הכלכלה וההשכלה הגבוהה בישראל. הוועדה מסרה כי פנתה פעמים רבות לנציגי הסטודנטים ולנציגי ארגון הסגל האקדמי הבכיר על-מנת שישתתפו בעבודת ועדות המשנה, אך הם בחרו שלא לעשות זאת ואף לא נענו להזמנות להופיע בפניהן.
הוועדה לבחינת מערכת ההשכלה הגבוהה החלה את פעילותה בנובמבר 2006 ומאז קיימה עשרות דיונים במסגרת מליאת הוועדה וארבעת ועדות המשנה, במהלכם שמעה חוות דעת רבות ומקיפות וסקירות בנושאים אינטגרטיביים של מומחים בתחום ההשכלה הגבוהה, המחקר והכלכלה מהארץ ומהעולם. לפני הוועדה הופיעו גם נציגי הגופים הפעילים במערכת ההשכלה הגבוהה שהוזמנו לדיונים והציגו את עמדותיהן וביניהם הוועדה לתכנון ותקצוב, ועד ראשי האוניברסיטות (ור"ה) משרד האוצר, ועד ראשי המכללות האקדמיות (ור"מ) ונציגי המכללות הפרטיות. במסגרת זו, כאמור, פנתה הוועדה בכמה הזדמנויות גם לנציגי הסטודנטים ולנציגי ארגון הסגל האקדמי הבכיר על-מנת שימסרו ניירות עמדה ויופיעו בפני הוועדה על-מנת לשמוע את חוות דעתם, אך הם בחרו שלא לעשות כן. בנוסף, פרסמה הוועדה הודעה בעיתונות ובה היא מזמינה את הציבור להגיש לה הצעות או הערות בכתב הנוגעות לנושאים בהם היא עוסקת. ההצעות והמסמכים השונים שהוגשו נדונו גם הם על-ידי הוועדה.