השופטות ציינו בהחלטה כי צה"ל התבקש בעקבות העתירה לבחון שוב את התוואי שאליו התנגדו הפלשתינים. צה"ל ערך סיור נרחב בהשתתפות ראש מנהלת "קשת צבעים", גורמי ההנדסה והתכנון הרלוונטיים, ונציגים של גורמי הביטחון בעקבות הסיור הציגה המדינה הודעה משלימה ובה פירטה את חמש החלופות שנבחנו:
"שתיים מן החלופות מקטינות את הפגיעה הפיזית בחלקות העותרים, אך מותירות אותן מעברה 'הישראלי' של הגדר. שתי חלופות נוספות מקרבות את הגדר לאפרת, ותופסות פחות שטח מחלקות העותרים אולם החלופות אינן מקובלות על הצבא משני טעמים. ראשית, הגבעה המצויה במרכז החלקה, השולטת על חלק מבתי הישוב אפרת, נותרת מחוץ למרחב גוש עציון. הדבר יאפשר שליטה בתצפית ובאש על בתיה הדרומיים של אפרת. שנית, התוואי מתקרב מאוד לבתי אפרת, עד למרחק של כ-115 מטרים מהבתים. תוואי דומה, המרוחק מעט יותר (עד מרחק של 190 מטרים) מעורר קשיים הנדסיים ניכרים. הוא יחייב חציבה בהיקף נרחב בראש הגבעה שביל הפטרול הנלווה לגדר עלול להיות במבתר ויישלט מצד מזרח, באופן שיסכן בצורה חמורה את הכוחות שינועו לאורך הגדר"
השופטות ציינו כי הצבא סבר ש"שתי החלופות 'המערביות' לא תיתנה מענה ביטחוני מספק לתושבי אפרת חלופה חמישית היא הסטת הגדר מערבה רק בחלק הדרומי של חלקות העותרים. חיסרון בולט של חלופה זו הוא הפגיעה הפיזית הניכרת באדמות פרטיות פלשתיניות שלא נטען לגביהן שהן בבעלות העותרים. בנוסף, גם חלופה זו אינה מעניקה מענה ביטחוני ראוי לתושבי אפרת בשל קרבתה לבתים המצויים בחלק הדרומי של אפרת מרחק של 56-150 מטרים בלבד".
בסופו של דבר, ה"בחינה המחודשת" העלתה כי "אין בנמצא חלופה לתוואי הגדר, המקובלת מבחינה ביטחונית על המפקד הצבאי.זאת משום קרבתן של כל החלופות לבתי הישוב אפרת דווקא בקטע הסמוך
לגבעה השולטת על חלק מבתי הישוב". הן הדגישו עם זאת כי צה"ל נכון להכניס שינוי בתוואי המכשול ולצמצם את רוחבו מ-100 מטרים ל-50.