רצפת פסיפס מהמאה ה-6 לספירה התגלתה במהלך חפירות יבנה-ים הנערכות מטעם המכון לארכיאולוגיה ע"ש סוניה ומרקו נדלר של אוניברסיטת תל אביב. בין היתר הממצאים הרבים שהתגלו עד כה במקום במסגרת חפירות שנערכות מאז שנת 1992, היו גם שרידי האחוזה של הקיסרית הביזאנטית אודוקיה שהעמידה אותה לרשותו של הבישהופ הגיורגי פטרוס האיברי בשלהי המאה החמישית לספירה.
ביולי 2007 החלה העונה השביעית של החפירות הארכיאולוגיות בגן הלאומי יבנה-ים, הנמצאת על שפת ים-התיכון במרחק של כ-15 ק"מ מדרום ליפו ומצפון לאשדוד, כ-1.5 ק"מ מדרום לקיבוץ פלמחים. החפירה התרכזה ברצועה שבמרחק של כ-60 מטרים מהמכלול שתואר לעיל על-מנת לבדוק את המרקם היישובי ולעמוד מקרוב על אפשרות הקשר עם פעילותו של פטורס האיברי במקום.
החפירה הניבה תוצאות מרהיבות בעיקר בשני תחומים: התחום הכלכלי ומסגרת המגורים. בחלק המזרחי של השטח שנבדק, נחשפו שרידי מחסנים הכוללים פיטסים/דוליה הטמונים בתוך הרצפות וחדרי אחסון גדולים ובהם כלים רבים שהושמדו בשלהי העת העתיקה.
בצדו המערבי של השטח שנחפר השנה נתגלו שרידיה של וילה מהתקופה הביזאנטית ובה אולם קבלה או אוכל המעוטר ברצפת פסיפס. גודלו של האולם כ-7 על 5 מ' ולצדו היו חדרי כניסה וחצר פנימית ובה רצפת טיח חזקה, שעליה ובתוכה התגלו כלים תמימים באתרם.
רצפת הפסיפס השתמרה רק בחלקה, אך זה כבר מצביע הן על האיכות הגבוהה והן על העדר דגמים פיגוראטיביים. בשולי הרצפה היו מספר רצועות מסגרת המעוטרים בדגם החבל הקלוע ואילו במשטח המרכזי היה מדליון רחב-ידיים המחולק למספר סגמנטים באמצעות רצועות של דגם המיאנדר (קו שבור זוויתי) המורכב מרצועות אדומות וצהובות. במשטחים שנוצרות מהחלוקה הזאת היו דגמים של עצי פרי וסלי פירות. ארבע הפינות שנוצרו בין המדליון המרכזי למסגרת הריבעית היו מעוטרים ככל הנראה בכלי לאיחסון יין (אמפורה) שממנו צומחים שריגי גפן ואשכולות ענבים. הדגם הזה נשתמר בשלמותו בפינה אחת בלבד, ואילו בפינה נוספת השתמר רק הבסיס המשולש שלו. האפמורה שהשתמרה מזכירה את האמפורות הרומיות העדינות, שידיותיה הן בצורת וולוטות (קווים מסתלסלים) והגוף מעוטר צילוע לכל גובהו. הדגמים שבפסיפס ועיצובו מאפשרים לתארכו ולמאה השישית לספירה, תאריך שנתמך במלואו על-ידי הקרמיקה והמטבעות שנמצאו באותו מכלול.
במהלך החפירות, מאז 1992, נתגלו במקום גם שרידי יישוב משלהי תקופת הברזל (המאה השביעית לפני הספירה), התקופה הפרסית (מאות שישית-רביעית לפני הספירה), התקופה ההלניסטית, ובעיקר שרידי החורבן שנגרם על-ידי הכיבוש החשמונאי של היישוב (שלהי המאה השנייה לפני הספירה), התקופה הביזאנטית (מאות חמישית עד שביעית לספירה) והתקופה האיסלאמית הקדומה (מאן שמינית עד אחת-עשרה לספירה).
חוקרי אוניברסיטת תל אביב מציינים כי בכל התקופות הללו מדובר ביישוב משגשג שהיה מרוכז מסביב לנמל שלו, שהיה מקור פרנסתו העיקרי ובכך להיחשף לעולם הים-תיכוני. הממצאים הרבים לאורך כל התקופות הללו המצביעים על קשרי תרבות ומסחר ערנפים עם מצרים, לבנון, קפריסין, אסיה הקטנה והאיים היווניים.
יבנה -ים שימש כנמל לישובים בפנים הארץ, כמעט ללא הפסקה, החל מתקופת הברונזה התיכונה (אמצע האלף השני לפני הספירה) ועד לימי הביניים. שמה היה קשור ליבנה, כפי שציין במקורות ספרותיים מהעת העתיקה, כגון ספרי המקבים, כתביו של פליניוס הזקן, יוסף בן מתתיהו, הגיאוגרף תלמי מאלכסנדריה, הספרות הכנסייתית והמקורות המוסלמיים. מתוך המקורות הללו יש לציין במיוחד את החיבור אודות לחייו של פטרוס האיברי, בישהופ ממוצא גיאורגי שבילה את סוף חייו ביבנה-ים בסביבות שנות התשעים של המאה החמישית לספירה. החיבור הזה מאפשר הצצה יוצאת דופן אל אופיו של היישוב, הרכבו האתני ודתי וחשיבותו. עונת החפירות הנוכחית אכן מוסיפה את ההבט הארכיאולוגי למצב שתואר שם.
בחפירה ביבנה-ים משתתפים מתנדבים מהארץ ומחו"ל כולל משלחת מטעם האקדמיה של רפובליקת גאוגריה. החפירה מהווה מסגרת למספר מצומצם של תלמידי הקורס "ארכיאולוג חופר" של החוג לארכיאולוגיה וחפירה לימודית לשתי תלמידות מהחוג הזה.
פרופ' פישר, המנהל את החפירות, מציין כי האתר הארכיאולוגי יבנה-ים נמצא בתחומו של גן לאומי מוכרז אך מאחר והוא לא מוגן על-ידי מערכת בקרה כל שהיא. "אני צופה שבעוד מספר שנים לא יהיה זכר לשרידים העתיקים שבאתר. פרויקט החפירות יבנה-ים מנסה להציל חלק מהעתיקות אך גם להתריע על הסכנה שבשמירת האתר הזה" אומר פרופ' פישר.
