שר הביטחון, אהוד ברק, נותן גיבוי לרמטכ"ל, רב אלוף גבי אשכנזי, ביחס למכתב ההסתייגות ששלח לראש הממשלה, לשר הביטחון ולנשיא בניסיון למנוע את שחרור האסירים הפלשתינים לפני שהחייל החטוף גלעד שליט חוזר לביתו.זאת לאחר שגורמים בלשכת ראש הממשלה אמרו כי מכתב ההסתייגות שהגיש אשכנזי תמוה וגרם לעיכוב מיותר.
"שר הביטחון, אהוד ברק, נותן גיבוי מלא לרמטכ"ל בעניין המכתב ורואה בשליחתו צעד לגיטימי", נכתב בהודעת שר הביטחון.
בליכוד תקפו את שר הביטחון ואמרו כי זוהי צביעות מצד ברק, שתמך בשחרור המחבלים בממשלה, וכעת מנסה להוליך שולל את הציבור בנותנו גיבוי כביכול לרמטכ"ל.
האם המכתב של אשכנזי הוא פוליטי? "שחרור 29 אסירים מתוך הרשימה אינו ערכי כל עוד גלעד שליט שם", כתב הרמטכ"ל במכתב שפרסומו עורר סערה בביצה הפוליטית. בבית הנשיא הגדישו כי חתימת פרס על אותן 29 בקשות עוכבה ביממה משום שהוא ביקש לבדוק כל בקשה, ובלי קשר להסתייגותו של הרמטכ"ל אשכנזי משחרור האסירים. דובר צה"ל אישר כי מכתב ברוח זו אכן הועבר, אך הרמטכ"ל חתם, בסופו של דבר, על הסכמת מערכת הביטחון לשחרור האסירים.
מכתבו של הרמטכ"ל גרם לכעס בלשכת ראש הממשלה אך לא רק כלפי אשכנזי. גורמים בלשכת ראש הממשלה הפנו אצבע מאשימה לעבר אנשיו של אהוד ברק בטענה כי הם אלה שהדליפו את מכתבו של אשכנזי לתקשורת.
מלשכת אולמרט נטען עוד כי אשכנזי הסכים לשחרור האסירים ולכן לא ברורה עמדתו. גורמים במשרד ראש הממשלה הפנו אצבע מאשימה וטענו כי הרמטכ"ל ביזה את ראש הממשלה בכך שגרם לעיכוב בשחרור האסירים.
אותם מקורות טענו כי מהלך שחרור האסירים עבר את כל האישורים, לרבות חתימה על הדברים מצד הרמטכ"ל והפרקליט הצבאי הראשי, והגשת הרשימה החתומה לשר הביטחון על-מנת שזה יגיש אותו לנשיא, כעמדת מערכת הביטחון לביצוע החנינות. שר בכיר אמר שאם הרמטכ"ל התנגד למהלך, עליו היה להתייצב ולומר זאת בפני הקבינט ולא לחתום.
חבר הכנסת רן כהן ממרצ-יחד אומר כי הרמטכ"ל אשכנזי שגה בהודיעו כי הוא מסתייג משחרור האסירים הפלשתינים. ברשת ב' אמר כהן כי שחרור האסירים הוא עניין פוליטי, ואל לו לרמטכ"ל להתערב. הוא ציין במשדר כי זו זכותו של הדרג המדיני לשחרר אסירים, ואף חובתו אם הדבר יסייע בקבלת מידע על החטופים או בקידום התהליך המדיני.
חבר הכנסת יובל שטייניץ מהליכוד סבור גם הוא כי הרמטכ"ל אינו אמור לטרפד מהלכים של הממשלה, ועליו למצוא את שביל הזהב בין הבעת עמדה ערכית להתערבות בהחלטות מדיניות. הוא שב ומתח ביקורת על עצם ההחלטה לשחרר אסירים, ואמר כי זו החלטה אומללה, וכי הממשלה בטפשותה מעודדת טרור.