התקיפה הישראלית בסוריה גרמה לויכוח קשה בממשל בוש בין מזכירת המדינה קונדוליזה רייס לבין סגן הנשיא דיק צ'ייני.
צ'ייני, שמלכתחילה תמך ברעיון התקיפה, סבור כעת כי על ארצות הברית לשקול מחדש את יחסיה הדיפלומטיים עם צפון קוריאה ועם סוריה, שלטענת המודיעין הישראלי שיתפו פעולה לצורך הקמת מתקן גרעיני בסוריה. בעוד רייס, שהיתה מסוייגת באשר לפעולה הישראלית, טוענת כעת כי בחומר המודיעיני שהציגה ישראל אין די בכדי להביא את הממשל האמריקני לשנות את מדיניותו כלפי שתי המדינות.
עיתון הניו-יורק טיימס פרסם (יום ד', 10.10.07) כי צ'ייני סומך על אמינות המודיעין הישראלי ולפיכך הוא מחזיק בדעה, לפיה ממצאי המודיעין שהציגה ישראל בפני ארה"ב טרם התקיפה - שהכילו ככל הנראה ראיות להקמת מטען גרעיני על אדמת סוריה - מחייב את ארה"ב לשקול את מדיניותה. צ'ייני נתמך על-ידי האגף השמרני בממשל בוש. צ'ייני הביע ככל הנראה אכזבה מכך שבוש ורייס ממשיכים לקדם את המגעים בין ארה"ב לצפון קוריאה. ואילו רייס טוענת כי אין בחומר המודיעיני הישראלי די בכדי להביא לשינוי המדיניות האמריקנית. ככל הנראה רייס אינה סבורה כי החומר שהציגה ישראל מעיד על איום מהותי.
הטיימס הבהיר, כי הצדדים השונים בממשל אינם חלוקים באשר לאמיתות הדיווח, לפיו מדענים מצפון קוריאה, שסייעו לסורים לפתח טילים בליסטיים, ביקרו באתר בסוריה שהותקף על-ידי ישראל בתחילת ספטמבר. הויכוח בין רייס וצ'ייני נסוב סביב השאלה האם שיתוף הפעולה בין סוריה לצפון קוריאה מאיים על ביטחון האזור.
הניו-יורק טיימס ציטט מדברי מספר גורמים בכירים בוושינגטון, חלקם דיווחו כי שר ההגנה האמריקני רוברט גייטס טרם תמך תמיכה בלתי מסוייגת בטענות ישראל כי סוריה פועלת להשגת נשק גרעיני. בממשל האמריקני נשמעים גם קולות הטוענים כי אף אם סוריה מנסה להשיג תוכנית גרעין משלה, אין בכך משום איום ביטחוני בטווח המיידי.
