אוריאל לין, נשיא איגוד לשכות המסחר, הודיע כי הוא מתנגד להמלצתה המרכזית של ועדת סוארי - לפיה אגף המסים העקיפים יוכפף לאגף המסים הישירים. "יש לדחות על הסף את המלצה זו באשר למבנה רשות המיסים".
לדעת לין, אשר כיהן בשעתו כממונה על הכנסות המדינה ובתקופתו אף בוצעה רפורמה רחבה במבנה מערכת המס בישראל, "אין ספק שאיחוד אגפי המיסים בצורה מושכלת ונכונה יתרום רבות לייעול עבודת האגפים ותפחית את מידת העיסוק שהמגזר העסקי מקדיש לאגפי המס השונים. יחד עם זאת ברור כי איחוד אגפי המס תחת מטריה אחת צריך להיעשות בהדרגתיות ולאחר חשיבה מעמיקה, צעד אחר צעד ועל-פי תוכנית מוגדרת מראש".
לטענתו, בנסיבות הקיימות ההחלטה להפריד מחדש את רשות המיסים לשני אגפים נפרדים: האחד, המוקדש למיסים ישירים (מס הכנסה ומיסוי מקרקעין) ואילו השני, המוקדש למיסים עקיפים (מע"מ, מכס ומס קניה) - היא נכונה. אולם לדעתו הרעיון כי נציב מס הכנסה יהיה גם מנהל רשות המיסים וכי מנהל אגף המיסים העקיפים יהיה כפוף לו ישירות הוא רעיון כושל, שרק יצור מבוכה, אי יעילות במערכת, ואנטגוניזם מסיבות מובנות לחלוטין.
"אין לשכוח שלאגף המע"מ והמכס תפקיד חשוב ומרכזי בהתנהלות המגזר העסקי. לא רק במובן של גביית מיסים אלא גם במתן שירותים שוטפים, המשפיעים ישירות על כל הליכי היבוא והיצוא של מדינת ישראל, והחשיבה וההערכות הנוגעות למכס ולמע"מ הן שונות מאלה של מס ההכנסה". לדבריו, בשלב זה רשות המיסים צריכה לחזור למתכונת שהיתה בעבר: אגף מיסים ישירים ואגף מיסים עקיפים עם שני מנהלים נפרדים, כאשר שני המנהלים כפופים ישירות ליחידת מטה מיוחדת שהיא מנהל רשות המיסים.
המלצות ועדת סוארי הן למנות את מנהל רשות המיסים לנציב מס הכנסה ומיסוי מקרקעין ולמנות את מנהל המכס ומע"מ כמשנה וממלא-מקום מנהל רשות המיסים. לצידו של מנהל רשות המיסים יפעל מטה מס הכנסה ומיסוי מקרקעין, המורכב מסמנכ"לים ובעלי תפקידים משותפים לשני האגפים - שירות לקוחות, תכנון ואסטרטגיה, מבקר פנים וחשב ומסמנכ"לי מס הכנסה ומיסוי מקרקעין - שומה, מקצועית, משפטית, משאבי אנוש, גבייה, מודיעין וחקירות ומקרקעין.
במקביל, לצידו של מנהל המכס ומע"מ, יפעל מטה המורכב מסמנכ"לי מכס ומע"מ - שומה, מקצועית, משפטית, משאבי אנוש, גבייה, מודיעין וחקירות, מכס וישתתפו בו גם הסמנכ"לים ובעלי התפקידים המשותפים לשני האגפים. ההוצאה לפועל ויחידת פירוקים, יפעלו כיחידות משותפות לשני האגפים. יחידות אלה ישרתו במשותף את כלל זרועות רשות המיסים ויהוו את תחילת שיתופי הפעולה והאיחוד המצופה בעתיד.
חברי הוועדה הוסיפו, כי פעילות המכס נבחנה כנושא נפרד: כיום פועל המכס בכפיפות למנהל המכס ומע"מ, ללא מטה ניהולי. המכס שינה על-פני זמן את אופי פעילותו, בדומה למצב בארצות רבות בעולם, בשל המגמה המתמשכת של הורדת מכסים. בפועל מתרכזת פעילותו בתחום סחר החוץ של מדינת ישראל ובתחום הביטחוני. כמו-כן, בבחינת פעילותו והפוטנציאל לשיתופי פעולה בין אגפי המיסים עולה כי המכס בעל פוטנציאל שולי לשיתופי פעולה. לאור זאת, המליצה הוועדה לבנות את אגף המכס כגוף עצמאי, לרבות פונקציות ניהוליות ולבחון מחדש את תפקידו, אופי פעילותו ומיקומו הראוי במשרדי הממשלה.
