עצרת המחאה בהיכל ישיבת פוניבז' נקטעה מספר פעמים. רמקולים רבי-עוצמה שהוצבו מנגד על-ידי המתנגדים לעצרת, דבר שהפריע למהלך התקין של העצרת, וכן בשל תגרה שפרצה במקום. התגרה החלה לאחר שאחד מאנשי התחזוקה בישיבה ניסה לכבות את מערכת ההגברה הנגדית. למקום הוזעקו אנשי מד"א אולם איש לא נזקק לפינוי, כמו כן הושלכו חפצים וביצים לעבר חלק מהמשתתפים בעצרת.
השונאים והמחבלים היה זה עוד פרק במסכת הסכסוכים של ישיבת הדגל של הפלג הליטאי בקרב החרדים. הקרב על ה"גבעה" קיים שנים רבות, ומאבק השליטה החל מיד עם פטירתו של ראש הישיבה הרב אליעזר מנחם מן שך. בתקופה האחרונה שככו הרוחות, אולם כעת מתברר כי היה זה השקט שלפני הסערה, והלהבות שבו להיתמר. שורש המחלוקת הנוכחי הוא העליות לתורה ולתפילה של חלק מבחורי הישיבה המשתייכים ל"מחבלים" (תלמידי הרב שמואל מרקוביץ', מראשי ישיבת פוניבז', אשר נאבק על שליטתו בישיבה).
במהלך חודש תשרי, בבין הזמנים (תקופת החופשה בישיבות, ע.י.), עלה ראש ישיבת פוניבז', הרב שמואל מרקוביץ, לביתו של ראש הישיבה הרב גרשון אדלשטיין, וביקש ממנו לכבד את הפסק שניתן על-ידי בורר שהוסכם על שניהם (וכעת בוררותו עומדת לדיון בביהמ"ש). בבקשתו, ציין כי אחד מהסעיפים בפסק הוא שה"משגיחים" בישיבה יחלקו את העליות לתורה ולתפילה (כדי לחלק שווה בשווה, גם לתלמידיו), אך בפועל מתכבדים בעליות רק אלו הקרויים "שונאים", אלו המשתייכים לפלג כהנמן. הוא הסביר כי יש בישיבה ציבור גדול של מעל 500 בחורים שלא מקבלים עליות משום שמשתייכים למחנהו כביכול.
הרב אדלשטיין השיב כי הוא אינו קובע את המצב וכי יש לפנות בנושא למנהל הישיבה בפועל - הרב אליעזר כהנמן (נכדו של המייסד, הרב יוסף שלמה כהנמן).
שני שליחי ציבור כך הסתיימה לה הפגישה ללא תוצאות של ממש. בתגובה, נטלו כמה בחורים יוזמה, ובתפילת ערבית של ליל שבת האחרון העמידו שליח-ציבור מטעמם להתפלל. ההלם היה גדול, ובתגובה העמיד הצד השני אף הוא שליח ציבור נוסף - לצידו. כך התנהלה לה התפילה מספר דקות עד למה שהוגדר "פיצוץ". במהלך קריאת "שמע ישראל", ניגש בנו של מנהל הישיבה, הרב יוסף כהנמן, אל ההיכל בו מוחזקים ספרי התורה, הוציא ספר תורה מארון הקודש, החזיק בו והכריז כי הוא מחרים ומנדה את ראש הישיבה הרב שמואל מרקוביץ'. הבחורים הסבירו כי הם חששו לגשת אליו ולקחת את ספר התורה שהוצא בביזיון מארון הקודש ללא צורך, משום שפחדו שבמהלך ניסיון להוצאת הספר תורה מידיו ייפול הספר לארץ, ואז הביזוי יהיה גדול שבעתיים - מה שיצריך את כל הנוכחים לצום לכפרה.
לאחר מכן ירד השליח ציבור של אנשי הרב כהנמן מהדוכן, והשליח ציבור של אנשי הרב מרקוביץ' המשיך את התפילה עד תומה.
הכל נחפזו בתום התפילה בעקבות הסערה לא בירכו ראשי הישיבה שנכחו במקום את התלמידים ב"גוט שבעס" (שבת שלום) כנהוג לאחר התפילה, ונחפזו לבתיהם.
אנשי הרב כהנמן שחששו כי המחזה ישוב על עצמו בתפילת שחרית שלמחרת, הוציאו את כל ספרי התורה מארון הקודש לחדר צדדי, על-מנת שבמידה שאכן ינסו להתפלל, לא יהיו ספרי תורה לתפילה. כן חששו כי שוב יטלו מהם את הזכות להגיש שליח-ציבור. הם נעמדו זמן רב קודם לתפילה "בכוחות מתוגברים" סביב הבימה והדוכן, ו"איבטחו" את השטח, אך לשווא - דבר לא קרה.
יריקות בפני ראש הישיבה בבוקר יום ראשון, עלה ראש הישיבה (השנוי במחלוקת), הרב שמואל מרקוביץ', להתפלל כהרגלו בישיבה, אולם לתדהמתו מאי-שם הופיעו מספר בחורים, עברו לידו, ואז קפצו למרחק "ארבע אמות" (כ-2 מטרים, ע.י.) וירקו בפניו, כדי לקיים כביכול את דין ה"חרם" וה"נידוי" שהוטל עליו. הדבר הצית את אנשי הרב מרקוביץ. בתגובה, השליכו על הבחורים מבצעי המעשה גביעי לבן וביצים. הייתה זו רק ההתחלה.
עוד באותו בוקר צעד ראש הישיבה, הרב אידלשטיין, לישיבה למסור את שיעורו כמדי יום. בדרכו חלף על פני בניין הפנימייה הידוע כ"מעוז" ה"מחבלים" - אנשי הרב מרקוביץ'. ללא הכנה מוקדמת הוטחו לעברו גביעי לבן שנחתו סמוך אליו, וחליפתו השחורה התמלאה בתכולת הגביעים. הרב אידלשטיין חזר לביתו, החליף את בגדיו, ושב למסור את שיעורו.
עצרת המחאה התפוצצה המקרה הסעיר את הציבור, ובתגובה ארגנו בחורי הישיבה "עצרת מחאה" (יום ב', 23.10.07), בה השתתפו רבנים מוכרים בציבור ומחו על "ביזיון כבוד התורה".
במהלך היום הופצו שמועות כאילו החרם אכן חל על הרב שמואל מרקוביץ. בתגובה, עלה הרב מרקוביץ עם הרב אשר דוייטש, מרבני הישיבה, אל הרב שטיינמן והרב שמואל הלוי וואזנר. הללו השיבו כי אין שום חלות של חרם או נידוי.
העצרת המדוברת נפתחה באמירת תהילים בסמוך לשעה 21:00, כשאחד ממשגיחי הישיבה, הרב אליעזר גינזבורג, הקריא פסוק והקהל חזר אחריו פסוק בפסוק. לאחר מכן נאם הרב מיכל יהודה לפקוביץ', ראש ישיבת פוניבז' לצעירים. בדבריו, הביע מחאה על המקרה.
אחריו נאם הרב נסים קרליץ, שהקריא את מכתבו של הרב אהרון יהודה לייב שטיינמן, ממנהיגי הפלג הליטאי, כשחלק מתוכנו היה "לכבוד הרבנים הגאונים שמוחים על ביזוי תלמיד-חכם, הריני מצטרף למחאה על ביזוי תלמיד-חכם, יהי רצון שיתרומם קרן התורה ולא נבוש ולא ניכלם". לאחר מכן נשא את דבריו, וחתם ב"יהי רצון שמהמחאה הזו תצא תוצאה אמיתית, שיפסיק הביזיון הזה שבזים את הישיבה ובזים לרב מפוניבז' שייסד את הישיבה, עושים את הישיבה הקדושה מקום למחלוקת ומשחקים, יהי רצון שהקב"ה ירחם עלינו ויפסיק הדבר הזה ותחזור הישיבה הזאת כמו שתיקן מייסד הישיבה הפונביז'ר-רב".
אולם גם מהלך העצרת לא היה תקין, במהלך העצרת הושלכו ביצים, גביעי לבן וכן שקיות מים לעבר חלק מהקהל. במקביל, הוצבו רמקולי ענק בהם השמיעו אנשי הרב מרקוביץ' קטע תורני משיעורו של מייסד הישיבה הרב שך, ולאחריו קטע מחאה של אחד מרבני הישיבה הרב אשר דוייטש.
הדבר עורר את זעמו של אחד מעובדי התחזוקה בישיבה, והלה ניגש אל הקומה בה הוצבו הרמקולים במטרה לנתקם, אולם שם המתינו לו בחורים, ולא נתנו לו לכבות את מערכת ההגברה. כך החלה לה תגרה, שבמהלכה הוזעקו המשטרה ומד"א לאחר שהתעורר החשש כי יהיו במקום פצועים.
משנוכח העובד כי לא יגבר על הבחורים, נמלט מהמקום.
