יושב-ראש סיעת שס, ח"כ יעקב מרגי, פנה במכתב דחוף ליושב-ראש ועדת החינוך של הכנסת, מיכאל מלכיאור, ודרש לקיים דיון דחוף בעניין ההפרדה הגזעית בבית הספר לבנות מרשת "בית יעקב" בעמנואל.
בחדשות ערוץ 2 נחשף (יום ד', 24.10.07) כי הכיתות בבית הספר חולקו מחדש, כדי ליצור הפרדה בין תלמידות אשכנזיות לבין תלמידות ספרדיות. בנוסף, דווח כי במסדרון בית הספר הוקמה חומת גבס, ובחצר נבנתה גדר ובד יוטה מפריד נפרס, כדי למנוע מפגש בין שתי הקבוצות. בעבר ביקשו ראשי הקהילה האשכנזית בעמנואל להקים בית ספר לבנות שלהם, אך בקשה זו נדחתה על-ידי משרד החינוך. "הם חושבות שהן יותר טובות מאיתנו, כי אנחנו ספרדים והם אשכנזים", אמרה אחת הילדות בשיחה עם ערוץ 2, "הן גם לא יכולות לדבר איתנו. כשהם התחילו לדבר איתנו, באה ילדה גדולה שאמרה לבנות האלה באידיש שלא לדבר איתנו".
בבית הספר ישנן שעות הגעה נפרדות של הבנות הספרדיות והאשכנזיות, שעות הפסקה נפרדות, הפרדת כיתות לפי עדות למרות שכמות מספר התלמידות בכל כיתה אינה מספקת. כמו כן יש עדויות על אמצעי ענישה גופניים ומשפילים והרחקת תלמידות לצמיתות ללא מתן הזדמנות ערעור לתלמיד או להורה.
במכתבו, ציין מרגי את העובדות והבהיר כי "מצד אחד לא מאפשרים להם לפתוח בית ספר, כי יש כבר בית ספר לבנות ביישוב ומצד שני גוזרים עליהם ללמוד כמו במשטר אפרטהייד בדרום אפריקה או תקופות שאיני מעוניין להזכיר". בנוסף, פנה ח"כ מרגי למבקר המדינה, מיכה לינדנשטראוס, ולמנכ"ל משרד החינוך,' שלומית עמיחי, כדי שיבדקו ויטפלו בנושא בדחיפות.
תגובת משרד החינוך: "המשרד מוקיע ומגנה כל פעולה גזענית. לנוכח חומרת המקרה יבואו נציגי המשרד לבית הספר לבדוק אם אכן יש הפרדה ולאחר הביקור יוסקו המסקנות".
ממרכז החינוך העצמאי, הרשת אליה משתייך בית הספר "בית יעקב", מסרו בתגובה כי "היה הכרח לפצל את בית הספר על-פי רמות רוחניות ובשום אופן לא עדתיות".
