זווית חדשה בהסתכלות על המאבק הניטש בין ארגון רבני צהר לרבנות הראשית לישראל בנושא השמיטה. ראש ישיבת "עטרת ירושלים" ורבה של בית אל קובע למעשה כי הרבנות למעשה מערערת על סמכות עצמה. הרב שלמה אבינר משמיט את הקרקע תחת מטענתם של המכהנים ברבנות הראשית לישראל הנוכחית, כי מי שהתיר את התר המכירה עשה זאת מחוסר ברירה ולא מלכתחילה.
התר ברור ומבוסס במאמר המתפרסם באחד מעלוני השבת (באהבה ובאמונה, פרשת וירא), קובע הרב אבינר שקניית פירות שמיטה על-פי התר המכירה אינה איסור או איזו קולא חלשה, אלא התר ברור ומבוסס לחלוטין. "אין כאן מקום כלל להיכנס לדיון ההלכתי כיון שהוא הוכרע בשנת תרמ"ט לפני 119 שנה, ותמכו בו גאוני עולם, הלא המה: רבי יצחק אלחנן, רבי יהושע מקוטנא, המהרי"ל דיסקין, האדר"ת, רבי נפתלי הירץ, רבה של יפו, האדמו"ר מסוכוצ'וב, רבי שמואל מוהליבר, הראשון לציון הרב יעקב שאול אלישר, רבי יוסף ענגל ומרן הרב אברהם יצחק הכהן קוק. ואין בדורותינו האחרונים מי שמתקרב לקרסוליהם ויכול לבטל דבריהם. לכן כתב רבנו הרב צבי יהודה הכהן קוק שמי שאינו רוצה להשתמש בהתר המכירה, הרי זו רק דרגת הידור מצווה ומידת חסידות (החמרה, ע.י.).
קלקולים רבים הרב אבינר יותר מרומז לכך שהידור זה, כפי שמתבצע היום בסירוב להשתמש בהתר מכירה, מביא לידי קלקולים ולהקלות בקיום של מצוות אחרות. הקלקול הראשון אותו הוא מונה הוא "הוצאת לעז על הראשונים", כלומר - אמירת "אסור" על דברים שהתירו חכמים קדמונים מערערת על דבריהם. הקלקול השני הוא ביזוי אחרים הנוהגים על-פי פסקי הרבנים שהתירו.
הקלקול שלישי בא דווקא מתוך הדאגה לכבוד הרבנות. הרב שלמה אבינר מקפיד בכבודה של הרבנות הראשית, ומלמד את תלמידיו כי למרות שכיום היא אינה כליל השלמות הרי שהיא השורש לסנהדרין העתידית. במאמר הוא כלל אינו מזכיר את הפולמוס שבין הרבנות לרבני צה"ר, אך מציין כי כאמור הרבנות הראשית לישראל מערערת על סמכות עצמה, שכן התר המכירה, שהוכרע על-ידי גאוני ישראל אושרר על-ידה במשך 17 שמיטות עד היום.
חיזוק אחיזת גויים בארץ ישראל בעיות הלכתיות נוספות עליהן עומד ראש ישיבת "עטרת ירושלים" קשורות בעיקר לעניין הלאומי. הוא קובע ש"לעולם אין לקנות מגויים, והעיקר לקנות מיהודים", משום שבתורה כתוב "וחי אחיך עמך", ואי הזדקקות להתר המכירה גורמת לפגיעה בפרנסתם של יהודים, שיש לדאוג שלא יתרוששו. כמו כן מזכיר הרב אבינר את הציווי "קנֹה מיד עמיתך", שאם יש אפשרות לקנות דבר מה מיהודי או מגוי, גם בחוץ לארץ, "יש להעדיף את היהודי שהוא אחינו".
במאמרו עמד גם על איסור "לא תחנם", האוסר חניה (אחיזה) של גויים בארץ ישראל. הוא דוח את הטענה לפיה התר המכירה מחזק את הגויים, שכן אי היזדקקות להתר זה גורמת דווקא לפרנס אותם ולגרום להם לרצות ולהשתקע בארץ. פן נוסף עליו מצביע הרב הוא חיזוק מחבלים על-ידי קניית תוצרת מרצועת עזה, וכן סוג של הסכמה כאילו אדמות המוחזקות בידי פלשתינים בעצם שייכות להם. "נוצר פרדוקס: אדמות הערבים הן של יהודים וחלים עליהן איסורי שמיטה, ואדמות של יהודים של התר מכירה הן של ערבים ואין בהן איסור שמיטה", כתב הרב אבינר.
אוצר בית דין לא נקי משאלות הבט נוסף לנושא הטעון הוא ההסבר כי גם "אוצר בית דין", עליו מסתמכת הרבנות, אינו נקי מקושיות. בעוד שבימי בית שני נהג בית הדין להתערב בחלוקת הפירות למי שצריך, וכדי שלא תהא החלוקה תלויה ברצונם הטוב של בעלי הקרקע ושל אוספי הפירות, ארגן בית הדין את הקטיף ואת החלוקה - הרי שכיום אין אפשרות שכל אדם יצא לשדה לקטוף מזון לבני ביתו, ולכן אוצר בית דין מנוהל בצורה כזו שממנים את החקלאי עצמו כשליח בית דין והוא גובה כסף לא עבור הפירות עצמם אלא עבור טרחתו והשקעתו. מבחינה הלכתית, מדובר בסוג של חידוש. במקורות לא דובר כלל על שכר טירחה עבור הגידול ובוודאי שלא על תמחורו לפי איכות הפירות. "אם זה תשלום על הטרחה וההשקעה, מחיר כל הפירות צריך להיות אחיד, בין שהם יפים בין שהם באיכות ירודה; ולומר שאם הם יפים, סימן שהחקלאי טרח יותר והשקיע יותר, ומגיע לו יותר כסף, הוא חידוש גדול", דברי הרב שלמה אבינר.