משרד מבקר המדינה בדק בצה"ל בחודשים ספטמבר 2006 עד מרס 2007 את המוכנות של מערך המילואים בזרוע היבשה למלחמה. במסגרת הביקורת נבדקו בעיקר אימון יחידות המילואים בשנים 2002 עד 2006, ובכלל זה ביצוע אימונים לקראת המלחמה; קביעת הכשירויות הנדרשות לכוחות היבשה ומדדים לבדיקתן והמוכנות של הימ"חים.
חלק זה של הדוח מפורסם אך ורק כתקציר וכך הוא גם מונח על שולחן הכנסת. זאת על-פי החלטת הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת, בהתייעצות עם מבקר המדינה, לשם שמירה על בטחון המדינה בשל הרגישות הביטחונית של המידע המופיע בחלק זה של הדוח.
המבקר מדווח על ליקויים חמורים במוכנות ובכשירות כוחות המילואים לבצע פעילויות מבצעיות. חלק מגדודי המילואים לא ביצעו תרגיל באש חיה כבר ארבע או חמש שנים.
למערך המילואים ביבשה נקבע מודל אימונים המבוסס על מחזור אימונים שנתי שנועד לשמר את מוכנותו למלחמה. בשנת 1989 שונה מודל האימונים למודל המבוסס על מחזור אימונים דו-שנתי, בעיקר בשל אילוצים תקציביים, ובשנת 2004 הוחל באימון במחזוריות תלת-שנתית.
"למרות הירידה הניכרת בתדירות ובהיקף של האימונים, מפקדת זרוע היבשה לא בחנה את ההשפעות האפשריות של המודל החדש על יכולתם של החיילים והמפקדים לשמר את הכשירויות הבסיסיות שרכשו בעבר, ואת השפעתו על כשירותם לבצע את משימותיהם בעת מלחמה. מתחקירי צה"ל שנעשו בעקבות המלחמה עלה כי לחלק מהיחידות לא הייתה הכשירות הבסיסית הנדרשת, וכי מודל האימונים התלת-שנתי לא הספיק לשמירת כשירות זו", קבע המבקר.
צה"ל לא גיבש תורת אימונים מחייבת עוד ציין את העובדה כי על אף שתפקיד חטיבת התורה וההדרכה באגף המבצעים במטה הכללי לבנות את כוחות השדה ולהכינם למלחמה היא לא גיבשה תורת אימונים זרועית מחייבת עד למועד סיום הביקורת. אומנם פרסמה החטיבה בשנת 2000 טיוטא של ספר תורת האימונים אך לא הכינה תורה מחייבת כנדרש בתורת האימונים.
רוב המח"טים במילואים לא קיבלו הכשרה מתאימה מודל האימונים התלת שנתי גרם גם לכך שרוב מפקדי החטיבות של מערך המילואים לא עברו הכשרה מתאימה וחלק גדול מהם לא ביצעו תרגיל חטיבתי מלא במהלך כל תפקידם. 13% ממפקדי הגדודים לא קיבלו הכשרה מתאימה וכשליש ממפקדי הפלוגות במילואים לא עברו קורס מפקדי פלוגות .
"חלק מהמח"טים בשנים 2001 עד 2006 שרובם פיקדו על חטיבות מילואים שימשו בתפקידם פחות מ-24 חודשים, שהם פרק הזמן המזערי למילוי תפקיד זה לפי פקודות הצבא. במצב זה, יהיו מח"טים שיסיימו את תפקידם בלי שביצעו תרגיל חטיבתי מלא, בשל מחזוריות האימונים התלת-שנתית הנהוגה כאמור בזרוע היבשה משנת 2004. כמו כן נמצא כי 13% מהקצינים ששימשו בדצמבר 2006 מפקדי גדודים ביחידות מילואים בחילות השדה, לא השתתפו בקורס מפקדי גדודים כנדרש, וכי 29% עד 39% ממפקדי הפלוגות במספר אוגדות לא השתתפו בקורס מפקדי פלוגות כנדרש".
גורם נוסף שפגע, על-פי דוח מבקר המדינה, בכשירות יחידות המילואים לבצע פעילות מבצעית היה קיצוץ ימי האימונים של הכוחות הסדירים של צה"ל.
"יחידות המערך הסדיר ביבשה הן המקור לכוח האדם של יחידות מערך המילואים. לפיכך מטען הידע והניסיון שנרכשים באימונים ובפעילות המבצעית מועברים מהמערך הסדיר למערך המילואים ומשמשים נדבך בכשירות של מערך המילואים ללחימה", כתב בדוח, "מאז שנת 2002 צומצמו באופן ניכר גם אימוני המערך הסדיר ביבשה ונפגעו כשירות היחידות ומוכנותן ללחימה. הפגיעה בהכשרות ובאימונים של היחידות הלוחמות במערך הסדיר פוגעת אפוא גם היא בכשירות מערך המילואים".
שרון לא התייחס לאזהרות על פגיעה בכשירות המילואים בביקורת גילה מבקר המדינה כי עוד בתקופת ממשלתו של אריאל שרון הזהיר שר הביטחון דאז, שאול מופז, מפני פגיעה בכשירות חיילי המילואים בשל קיצוצי התקציב אך אזהרתו זו לא זכתה לכל התייחסות.
"בדיון על תקציב מערכת הביטחון לשנת 2006, שהתקיים באוגוסט 2005 בראשות ראש הממשלה דאז מר אריאל שרון, ציין שר הביטחון דאז, מר שאול מופז, כי מערך המילואים של צה"ל איננו כשיר עקב הפגיעה באימוניו. מעיון בפרוטוקול הדיון עולה כי המשתתפים בדיון, לרבות ראש הממשלה, לא הגיבו על דבריו אלה. כמו כן, לא נמצא כי הממשלה דנה בנושא חיוני זה בעקבות דבריו המהותיים של שר הביטחון, וניתחה את המשמעות הנובעת מהם", גילה המבקר.
ביקורת זו שהשמיע שר הביטחון לשעבר מופז מעמידה, לדברי מבקר המדינה, את האופן שבו הציג צה"ל את כשירות היחידות ואת הצטיידותן לשר הביטחון עמיר פרץ בתחילת מלחמת לבנון השנייה באור בעייתי מאוד.
"יום לפני פרוץ המלחמה, ב-11.7.06, נפגש ראש הממשלה, מר אהוד אולמרט, עם פורום המטה הכללי. כמה מחברי המטה הכללי השמיעו דעות סותרות לכאורה על כשירות הצבא בכלל ומערך המילואים בפרט, ובהן דעה נחרצת שלפיה מערך המילואים אינו כשיר. בתשובה לשאלת משרד מבקר המדינה לראש הממשלה בנוגע להשפעה של דברים אלה על החלטותיו בעניין המלחמה, השיבה לשכתו, בין השאר, כי בישיבת הממשלה שהתקיימה למחרת היום, ב-12.7.06, לא הוצג קושי ביכולת הצבא להתמודד במספר חזיתות. בפגישה עם מבקר המדינה בנובמבר 2006 ציין שר הביטחון דאז, מר עמיר פרץ, שלא הוצגה לו תמונה של חוסר כשירות מבחינת היערכות של היחידות או מבחינת הצטיידותן. אמירה זו מלמדת על הבעייתיות בדרך שבה הציג צה"ל לשר פרץ את ההשפעה של הפגיעה באימוני מערך המילואים על כשירותו. בעייתיות זו בדרך הצגת ההשלכות של הפגיעה באימוני מערך המילואים על כשירותו, מתחזקת נוכח דברי שר הביטחון הקודם, מר שאול מופז, לראש הממשלה באוגוסט 2005 בדבר אי-כשירות מערך המילואים בשל הפגיעה באימוניו", קבע לינדנשטראוס.
צה"ל דיווח על פגיעה באימונים אך לא על המשמעויות עוד הוסיף למרות שצה"ל דיווח לדרג המדיני על פגיעה מתמשכת באימוני מערך המילואים בשנים 2003 עד 2005 עקב קיצוצי התקציב לא הציגו מפקדי צה"ל את המשמעויות המבצעיות של פגיעה זו ואת השפעתה על כשירות מערך המילואים למלחמה. "משמעויות כגון: פגיעה ביכולת לממש תוכניות מבצעיות, בין השאר, מבחינת משך הזמן הנדרש לביצוען; או הפגיעה ביכולת של החיילים להפעיל אמצעי לחימה שונים".