במלחמת לבנון השנייה הוכיחה שקיים מחסור במספר סוגי תחמושת. בחודשים ספטמבר 2006 עד מרס 2007 בדק משרד מבקר המדינה היבטים של מוכנות למלחמה בצה"ל, במשרד הביטחון ובתעשיות הביטחונית הממשלתיות.
פרק זה של הדוח, בדומה לפרק על כשירות כוחות המילואים, הונח על שלחן הכנסת ופורסם לציבור כתקציר בלבד. זאת על-פי החלטת הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת, בהתייעצות עם מבקר המדינה לשם שמירה על בטחון המדינה.
עוד לפני המלחמה קבע המבקר כי יעדי ההיערכות הנוגעים לחלק ניכר מסוגי התחמושת בצה"ל אינם מעודכנים, וכי אין ודאות שהם מבטאים בצורה מיטבית את כמויות התחמושת הדרושות לצה"ל לעת חירום. הביקורת מציינת כי אין בצה"ל נוהל לניתוח המשמעויות המבצעיות של הצטיידות בחסר לפי יעדים.
אחת המסקנות שהעלה משרד הביטחון לאחר המלחמה הייתה כי יש לשמר בארץ קווים לייצור תחמושת בזמן חירום, כיוון שיש קושי לרכוש תחמושת בתוך זמן קצר בזמן חירום.
"נמצא כי במשך שנים לא נערכו צה"ל ומשרד הביטחון לאפשרות של הגדלת מלאי התחמושת בזמן חירום באמצעות הגדלת כושר הייצור של התעשיות הביטחונית", נכתב בדוח.
"לדעת משרד מבקר המדינה, הפעילות בנוגע לשמירתם של קווי ייצור חיוניים של תחמושת בארץ לזמן חירום היא ליקוי מהותי, שהתבטא בעבודת מטה ארוכת שנים שנעשתה בנושא ולא הניבה כל תוצאה ממשית. רק בעקבות המלחמה, שחשפה את הקשיים ברכישת תחמושת בתוך זמן קצר, חודשה בדיקת היכולת לייצר תחמושת בישראל בזמן חירום".
ראוי שיתקבלו החלטות מחייבות במהרה בשל העובדה כי לקביעת יעדי היערכות עדכניים בתחום התחמושת ובעיקר להצטיידות לפי יעדי הצטיידות חשיבות רבה להבטחת המוכנות של צה"ל לעת חירום ומאחר שהתחמושת היא אחד המשאבים הקריטיים ללחימה, קובע המבקר כי ראוי שמשרד הביטחון וצה"ל ינקטו בצעדים לתיקון הליקויים.
הצעדים שעליהם מדבר הבמקר נוגעים לתחום קביעת יעדי ההיערכות ויעדי ההצטיידות בתחמושת לזמן חירום ולתחום הספקת התחמושת בזמן חירום.
"על המטה הכללי לבחון בדחיפות את יעדי ההיערכות בנוגע לסוגי התחמושת העיקריים המשמשים אותו, כדי להיטיב לבסס את ההחלטות על הצטיידות במלאי התחמושת להבטחת מוכנות מיטבית למלחמה לפי תרחיש הייחוס. כמו כן, יש לקבוע נוהל לניתוח המשמעויות המבצעיות של ההצטיידות לפי יעדי הצטיידות בחסר לעומת יעדי ההיערכות שנקבעו, לרבות ניתוח ההשפעה של המחסור בתחמושת על היכולת לבצע את התוכניות האופרטיביות במלואן".
בנוגע לתחום הספקת התחמושת בזמן חירום קבע כי על צה"ל ומשרד הביטחון לבחון כיצד ניתן להקטין את התלות בהספקת תחמושת מחו"ל בזמן חירום באמצעות היערכות לשימור קווי ייצור שיאפשרו לייצר בארץ בעת חירום את פריטי התחמושת העיקריים הדרושים לצה"ל. "בעקבות המלחמה הוקמה ועדה משותפת למשרד הביטחון ולצה"ל לבדיקת יכולת הייצור הנדרשת של תחמושת בזמן חירום. נוכח ניסיון העבר, שבו בדיקות רבות בעניין זה לא הביאו לקבלת החלטות מחייבות, ראוי כי הפעם יועלה הנושא בתוך זמן קצר לפני שר הביטחון ויתקבלו במהרה ההחלטות המתחייבות".