המבקר בדק את נושא נושא גביית תשלומי הארנונה מגופים ציבוריים, המוסדר בהוראות הדין המפורטות בפקודת הפיטורין, בחוק ההסדרים ובצווי הארנונה של הרשויות המקומיות. מהבדיקה עולה, כי הרשויות המקומיות שנבדקו פעלו בתחום זה שלא על-פי הוראות מחייבות, תוך ביצוע פעולות אשר אינן עולות בקנה אחד עם סדרי המינהל התקין.
לדעת מבקר המדינה, על הרשויות המקומיות שנבדקו לפעול כדי להביא "לשינוי יסודי" באופן שבו מתנהל הטיפול בנושא זה, וכדי להבטיח כי גביית מסי הארנונה תיעשה על-פי הוראות הדין. הקפם ומהותם של הליקויים שהועלו בדוח זה מחייבים לדעתו גם את התערבותם של משרדי הממשלה - משרד הפנים ומשרד האוצר - לצורך הבהרת הנורמות שנקבעו בדין ולצורך פיקוח ומעקב אחר יישומן.
המבקר נדרש לנושא ריבוי המחלוקות המשפטיות בין רשויות מקומיות לבין נישומים באשר לחיובם בארנונה, המלמד על "בעיה של ממש בתחום זה". מציאות זו מחייבת לדעת משרד מבקר המדינה פעולה בבחינת מידת הבהירות והחדות של הנורמות שנקבעו בדין, שהן הבסיס להחלטות הרשויות המקומיות על חיוב נישומים בארנונה. יצוין כי בית המשפט העליון כבר התייחס בעבר במספר החלטות לצורך בפישוט והבהרה של הנורמות החוקיות בתחום הארנונה.
לדעת המבקר, יישוב המחלוקות בדרך של חתימה על הסכמי פשרה בין הרשות לבין החייב, בלי שהתקיימו מספר תנאים בסיסיים כגון מידע מפורט ובדוק על השטחים החייבים בארנונה ועל השימוש הנעשה בהם - אינה עולה בקנה אחד עם כללי המינהל התקין.
"מן הראוי שהרשות תבסס את החלטתה בעניין זה גם על חוות דעת משפטית המתייחסת לכל שטח ושטח באופן פרטני, ובכלל זה לסיכויי התביעה וסיכוניה במקרה הנדון; יש מקום כי משרד הפנים יבחן את ההבטים השונים של הנושא ויוציא נוהל שינחה את הרשויות המקומיות בעניין זה ויקבע את התנאים לחתימה על הסכמי פשרה".
נקבע בביקורת כי על הרשויות המקומיות שנבדקו לפעול לביצוע מדידות עדכניות של נכסי הגופים הציבוריים ולמפות את אופן השימוש בשטחים השונים. מידע זה צריך להוות בסיס להוצאת הודעות חיוב בתשלומי ארנונה מטעמן. כמו כן, אל להן לרשויות המקומיות להגיע להסדרים לפיהן תינתנה התחייבויות למוסדות ציבור להימנע מלערוך מדידות לתקופה של מספר שנים. הסכם כזה מבטא הסכמה לחיוב בתשלומי ארנונה מופחתים. יש להבטיח כי כל הנכסים יסווגו על-פי הסוגים הקיימים בצו הארנונה שהם המתאימים ביותר לשימוש שנעשה בנכס.
כמו-כן, על הרשויות המקומיות לבטל את ההטבות הניכרות השונות שניתנו למוסדות להשכלה גבוהה, ולפעול לחיוב כלל הנכסים הבנויים והלא בנויים החייבים בתשלום ארנונה. "על עיריית באר שבע, לוד ואריאל והמועצה המקומית באר יעקב, לפעול כדי לגבות מהמועצות הדתיות שבתחום שיפוטן תשלומי ארנונה כחוק".
משרד הפנים מסר בתגובה למשרד מבקר המדינה, כי "בכוונתו לרענן את הוראות הדין הקיימות לגבי גביית ארנונה מגופים ציבוריים בחוזר המנכ"ל הקרוב".
