משרד מבקר המדינה בדק במסגרת הכנת הדוח השנתי את שילוב בוגרי העתודה האקדמית בצה"ל.
בשנים 1997 עד 2006 התחילו לימודיהם כ-900 עתודאים, בממוצע, בכל שנה. בינואר 2007 שירתו בצה"ל כ-4,200 קצינים וחיילים בשירות חובה ובשלוש השנים הראשונות לשירות הקבע, לאחר שלמדו במסגרת העתודה האקדמית. בראיית צה"ל, מסלול העתודה האקדמית הוא אחד המסלולים המרכזיים והחשובים בצה"ל, המגייס לשורותיו את מיטב הנוער ומכשירם באקדמיה לתפקידים מקצועיים, ובוגרי המסלול משרתים בצה"ל כמובילים מקצועיים בתחומם. העתודאים תורמים רבות לסמכויות השונות שבהן הם משובצים; ותוכנית "עתידים", שהיא חלק ממסגרת העתודה האקדמית, תורמת גם תרומה חשובה לחברה בישראל.
עם זאת מצא המבקר ליקויים בטיפול בעתודאים בשירותם הצבאי, המתבטאים בעיקר בכך שלא בוצע מיפוי מפורט של התפקידים המיועדים לעתודאים ועיגונם בתקנים; בכך שיש עתודאים המשובצים בתפקידים שלא נקבעו להם תקנים, ובכך שמאפייני התקן, בחלק מהתקנים שבהם מוצבים העתודאים, אינם משקפים את מאפייני התפקידים שאותם ממלאים העתודאים; ובהיעדר פיקוח ראוי של הסמכויות ושל אגף משאבי אנוש בצה"ל על מיצוים המקצועי של העתודאים.
המבקר לינדנשטראוס מציין בדוח כי חוסר שביעות רצון של עתודאים משירותם הצבאי על-רקע מיצוים המקצועי צוין בדוח השנתי של נציב קבילות החיילים משנת 2000 ובמחקרים שערך המרכז למדעי ההתנהגות באמ"ש בשנים 2004 ו-2005.
"נמצא, כי הסמכויות, שעליהן מוטלת האחריות למיצוים המקצועי של העתודאים, אינן מקיימות פיקוח ראוי בעניין שיבוץ עתודאים בתפקידים ובתקנים בהתאם להשכלתם. אגף משאבי אנוש עצמו אינו מקיים בעניין זה מטעמו פיקוח יזום עליהן", ציין.
עוד גילה בדוח כי לפי מדיניות אגף משאבי אנוש, על כ-80% עד כ-90% מהעתודאים לעבור קורס קצינים. בעוד שכ-40% מבין העתודאים (1,700 מבין כ-4,200), ששירתו בצה"ל בינואר 2007 בשירות חובה או בשלוש השנים הראשונות לשירות הקבע, לא הוסמכו לקצונה.
"כך, לא מומשה במלואה המדיניות שנקבעה, ונפגע המיצוי הפוטנציאלי מהשילוב של תרומתו המקצועית של העתודאי, בעקבות רכישת ההשכלה האקדמית, ושל תרומתו בעקבות הכשרתו והסמכתו כקצין".
"נוכח חשיבותו של מסלול העתודה האקדמית וכדי להפיק את התועלת המירבית מבוגריו, ראוי שצה"ל יערוך מיפוי מפורט של התפקידים המיועדים לעתודאים ויעגן תפקידים אלה בתקנים, שישקפו את הצרכים של צה"ל בעתודאים. מיפוי כזה כשיוכן צריך לשמש בסיס לכל שיא של עתודאים שייקבע בצה"ל. כמו כן, ראוי להנהיג סדרי פיקוח הדוקים על מיצוים המקצועי של העתודאים, הן בסמכויות והן על-ידי אגף משאבי אנוש, כדי למצותם מקצועית באופן מיטבי", קבע מבקר המדינה בדוח.