מבקר המדינה מצא ליקויים חמורים בבקרה של משרד החינוך על הפעלת תוכנית "פנימיות יום" שהופרטה ונמסרה לניהול עמותה, קרן סאקטא-רש"י. מתברר, כי משרד החינוך אישר כמעט אוטומטית את כל הפעולות הכספיות והחינוכיות של העמותה בלא לבדוק אותן.
תוכנית "פנימיות יום" מספקת מסגרת חינוכית לילדים באזורי מצוקה, ובביקורת עליהם. בשנת הלימודים תשס"ה 2005-2004 השתתפו בה כ-60,000 תלמידים מגני הילדים עד החטיבה העליונה, בכ-100 רשויות מקומיות.
המבקר גם מצא כי ד"ר יאיר סמוכה, שכיהן בתפקיד סגן מנהל המינהל הפדגוגי במשרד החינוך שהה באמצע תקופת עבודתו כ-20 חודשים בחופשה בלא תשלום ועבד בקרן סאקטא-רש"י. מייד לאחר מכן חזר לעבוד במשרד, והמשרד התעלם מניגוד העניינים שנוצר בין נאמנותו למשרד ובין נאמנותו לעמותה. מייד לאחר פרישתו מהמשרד בסוף 2004 אף שימש ד"ר סמוכה מנכ"ל "האגודה לקידום החינוך", שהייתה עד סוף שנת 2003 אחד מקבלני המשנה העיקריים של העמותה והמשרד קיים עמה קשרי עבודה שוטפים, אף שהדבר אסור על-פי החוק.
המבקר מציין כי על-פי תקנות חובת המכרזים, ניתן להתקשר בלא מכרז לביצוע מיזם בלא כוונת רווח, אך התנאי הוא שההתקשרות נעשית עם מי שתורם לפחות מחצית מעלות ביצוע המיזם. מתברר כי משרד החינוך העסיק את קרן סאקטא-רש"י בלא מכרז אף שידע כי תנאי יסודי זה לא התקיים ושהעמותה לא התחייבה לממן לפחות 50% מעלות התוכנית.
הרשויות והורים מימנו בפועל נשאו בשיעור ניכר מעלות התוכנית הרשויות המקומיות שבהן בוצעה התוכנית והורי התלמידים שהשתתפו בה. בשנים 2005-1999 הוטלה הוצאה בסך כ-225 מיליון ש"ח על הרשויות והורים. מכיוון שבבקשות למתן פטור ממכרז שהגישו חשבי המשרד לחשב הכללי באוצר לא צוין שאת חלקה של העמותה במימון התוכנית מממנים גופים נוספים, ניתן הפטור. גם לאחר שממצאי הביקורת הובאו לידיעת הנוגעים בדבר בנובמבר 2005, המשיך משרד החינוך להתקשר עם העמותה באותה מתכונת, שאינה עומדת בתנאי הפטור.
המבקר קובע כי לבד מהצהרה כללית כי התוכנית נועדה לצמצום פערים בלימודים, להצבת אתגרים אינטלקטואליים, להזנה ולהעשרה תרבותית, לא קבע משרד החינוך יעדים תפעוליים לתוכנית וסדר עדיפות למימושם, ולכן לא ברור מה היו אמות המידה לבחירת היישובים, המוסדות והתלמידים שהשתתפו בה. מתברר כי את רשימת היישובים והמוסדות שנכללו בתוכנית קיבל המשרד מהעמותה ואישר אותה כפי שהיא. גם את ההחלטה שהרשויות המקומיות וההורים ישתתפו במימון התוכנית קיבלה העמותה ומשרד החינוך אישר את החלטותיה ללא עוררין.
שיעורי ההשתתפות לא נקבעו לפי מבחן שוויוני ואחיד. שיעור השתתפותן של רשויות שסיווגן החברתי-כלכלי נמוך היה גדול מזה של כמה רשויות מבוססות יותר, ורשויות מסוימות השתתפו בשיעורים גדולים יותר מרשויות אחרות שסיווגן זהה. התוכנית הופעלה רק ביישובים שבהם הרשות המקומית וההורים השתתפו במימונה, ולכן יישובים רבים שמצבם החברתי-כלכלי דחוק לא נכללו בתוכנית, ומנגד נכללו בה לא מעט יישובים מבוססים יחסית.
חוסר תיאום בין תוכניות ההעשרה הביקורת גם העלתה כי ב-52 יישובים הופעלו במקביל חוק יום חינוך ארוך ולימודי העשרה, תוכנית "פנימיות יום" ותוכניות נוספות שמטרתן לספק לתלמידים שיעורי תגבור והעשרה, בלא שמשרד החינוך הנחה את בתי הספר כיצד לתאם בין התוכניות מבחינת תכני הלימוד ושעות הפעילות. מתברר כי מי שקבע את תכני הלימודים של "פנימיות יום" הייתה העמותה ומשרד החינוך לא דרש לאשרן. המשרד גם לא פיקח על הלימודים במסגרת התוכנית, כפי שהחוק מחייב.
עוד עולה מהביקורת כי במסגרת התוכנית "פנימיות יום" לתשס"ה נכללו תוכניות אחרות, כגון התוכניות "אקדמיה" ו"איתור וליווי" שנועדו לסייע לבוגרי כיתות י'-י"ב בלימודים לתעודת בגרות ובהכנה ללימודים אקדמיים, אף שתוכניות אלה אינן מתאימות למטרות שנקבעו לתוכנית ואינן מיועדות לגילאים שלהם היא מיועדת. המבקר מציין כי בתקציב משרד החינוך יש תקנות ייחודיות למימון תוכניות מסוג זה.
בשנת תשס"ה ביצעה העמותה ב-268 בתי ספר וב-144 גני ילדים גם תוכניות אחרות. הוקצבו לכך כ-42 מיליון שקל. בפועל הייתה עלותן כ-37 מיליון שקל, והמשרד שילם לעמותה כ-14 מיליון ש"ח עבורן, שלא לפי החוזה.
המשרד לא עמד על תיקון הליקויים המבקר גם קובע כי מתחילת ביצוע תוכנית "מעונות יום" ב-1995, לא הפעיל משרד החינוך בקרה כספית נאותה על ביצועה. מ-2001 העסיק המשרד רואה חשבון לבדיקת ההתחשבנות עם העמותה. בדוחות שהגיש ציין רואה החשבון שהמשרד שילם סכומים גדולים מאלה שהתחייב לשלם, שנעשה שימוש בכספיהן של כמה רשויות מקומיות למימון ביצוע התוכנית ברשויות מקומיות אחרות, ושאף נעשה שימוש בכספי התוכנית למימון פעילויות שאינן קשורות אליה. אבל מתברר כי משרד החינוך לא עמד על תיקון הליקויים, והמבקר קובע כי זהו פגם חמור.
לפי חישוב שעשה מבקר המדינה, שילם משרד החינוך לעמותה במשך השנים כ-431 מיליון ש"ח . המשרד לא וידא לפני ביצוע כל תשלום כי הסכומים הנקובים בדוחות הביצוע שהגישה לו העמותה אכן שולמו למימון התוכנית ולא למימון פעילויות אחרות של העמותה.
