בית המשפט הגבוה לצדק קבע כי חלוקת הכספים באמצעות הוועדה להשכלה גבוהה פסולה בשל העדר קריטריונים ברורים לחלוקת התקציב ובשל אי-שקיפות דיוני הות"ת, והורה למדינה להודיע לו בתוך 60 יום מתי יפורסמו קריטריונים אלה. עם זאת, דחה בג"צ שלוש עתירות של סטודנטים הלומדים במוסדות חוץ תקציביים ואגודות הסטודנטים במוסדות אלה שטענו כי מדיניות הקצאת התקציב מפלה אותם לרעה לעומת הסטודנטים הלומדים באוניברסיטאות המתוקצבות באמצעות המועצה להשכלה גבוהה. העותרים ביקשו כי שכר הלימוד שלהם יושווה למעשה לזה שמשלמים הסטודנטים המתוקצבים.
כמו כן התבקש בג"צ להצהיר כי הוועדה לתכנון ולתקצוב (הות"ת), שהוקמה מכוח החלטת ממשלה והאחראית על חלוקתו השנתית של תקציב ההשכלה הגבוהה בישראל, פועלת בחוסר סמכות. לטענתם, חוק המועצה להשכלה גבוהה (מל"ג) אינו מקנה כלל למל"ג סמכות לחלוקת התקציב המדובר, ולכן אין היא יכולה להאציל לוועדה מטעמה סמכות שמעולם לא הוענקה לה. עוד נטען כי גם לגופו של עניין, החלטות ות"ת פסולות משום שהן נגועות בניגוד עניינים, שכן הוועדה מורכבת מאנשי אקדמיה המכהנים במוסדות המתוקצבים.
אין פסול בהאצלת הסמכויות לות"ת בפסק הדין שדחה את העתירה, קיבלה השופטת דבורה ברלינר, בהסכמת השופטים איילה פרוקצ'יה ואדמונד לוי, את טענת המדינה כי היה מקום לדחיית העתירה על הסף בשל אי צירוף האוניברסיטאות כמו גם המוסדות הלא מתוקצבים כצדדים לעתירה. עם זאת, דחתה ברלינר את העתירה גם לאחר שבחנה את הנושא לגופו בפסק דין ארוך ומנומק. השופטת ציינה כי הכנסת הביעה את רצונה בחקיקת חוק המועצה להשכלה גבוהה ולאחר מכן בהוספת סעיף 17א שקבע אמות מידה לתקצוב.
לעניין האצלת הסמכויות לות"ת, קבעה השופטת, כי לא נפל פסול בעצם האצלת הסמכויות, הקפן, חריגתן מסמכויות הגוף המאציל או גלישתן לתחום ההסדרים הראשוניים שצריכים להיות מוסדרים בידי המחוקק.
אין שקיפות לדיוני הות"ת עם זאת, קבעה כאמור השופטת ברלינר כי יש ממש בטענת העותרים כי חלוקת הכספים באמצעות הות"ת פסולה בשל העדר קריטריונים ברורים לחלוקת התקציב, ובשל אי-שקיפות דיוני הות"ת.
"מן הראוי שהקריטריונים שלפיהם מחלקת הות"ת את התקציבים למוסדות השונים יובאו לידיעת הציבור ויפורסמו. המדינה בתגובתה המקדמית טענה כי בפועל פועלת ות"ת על-פי קריטריונים שוויוניים ומוסדרים וכי קריטריונים אלה הועברו למשרד המשפטים לאישורם. ככל שניתן להבין, קריטריונים אלה טרם אושרו. כאמור, מן הראוי שהטיפול בנושא זה יזורז. לפיכך המדינה תודיע לבית המשפט תוך 60 יום מיום מתן פסק דין זה מתי יפורסמו הקריטריונים", הורתה השופטת.
עם זאת, קבעה השופטת, כי אין באי פרסומם של הקריטריונים כדי לפסול רטרואקטיבית את פעולותיה והחלטותיה של הות"ת. היא ציינה כי טענת העותרים בעניין זה גם לוקה בשיהוי כבד, שהרי ההחלטה שהסדירה את פעולת הות"ת התקבלה לפני יותר מ-30 שנה והות"ת פועלת לאורך כל הדרך על פיה.
אפשר להסתכל באינטרנט השופטת הוסיפה כי אשר לטענה בדבר שקיפות הדיונים בות"ת - ניתן לכך מענה חלקי באתרי האינטרנט הרלוונטיים, ומכל מקום גם נושא זה יש להסדיר. עם זאת, העירה, כי הסדרת הקריטריונים לפעילות הות"ת אינה רלוונטית לעתירת העותרים, כל עוד קיימת ההבחנה בין מוסדות מתוקצבים למוסדות מוכרים שאינם מתוקצבים.
השופטת הוסיפה, כי "אף שאין לצפות שהרכב הות"ת יהיה בבואה מוקטנת של המל"ג, יתכן שיש מקום לכלול בהרכב נציג של המוסדות הלא מתוקצבים, זאת בהתחשב בתפקיד הייעוץ שיש לות"ת באשר לתוכניות פיתוח של ההשכלה הגבוהה והקמתם של מוסדות חדשים".
בפסק הדין של בג"צ נקבע כי אין ממש בטענותיהם המהותיות של העותרים בדבר חוסר השוויון שמתבטא בכך שהם נאלצים לשלם שכר לימוד העולה פי שלושה על זה של עמיתיהם באוניברסיטאות. "מדינת ישראל אינה יכולה לממן חינוך גבוה חינם לכל דיכפין, ולכן ההבטים שבהם נבדלות האוניברסיטאות מהמוסדות הלא מתוקצבים מצדיקים את אי השתתפות המדינה בשכר הלימוד של העותרים וחבריהם", כתבה השופטת ברלינר.