בשנת 2006 הצטמצם גירעונה של קופת החולים שירותי בריאות כללית; קופ"ח מכבי וקופת חולים מאוחדת סיימו את השנה בעודף תקציבי - וקופת חולים לאומית סיימה בגירעון ברמה דומה לשנת 2005. התוצאות העסקיות האלה עולות מהדוח הציבורי המסכם על פעילות קופות החולים שהוכן באגף לפיקוח על קופות החולים במשרד הבריאות ובמשרד הילמן רואי חשבון.
שירותי בריאות כללית סיימה את 2006 בגירעון של 63 מיליון שקל (לעומת גירעון 347 מיליון שקל בשנת 2005), מכבי סיימה את השנה בעודף של 3 מיליון שקל (לעומת גירעון של 65 מיליון שקל בשנת 2005), קופת חולים לאומית סיימה 2006 בגירעון של 76 מיליון שקל (לעומת גירעון של 75 מיליון שקל בשנת 2005) - וקופת חולים מאוחדת סיימה את השנה בעודף של 19 מיליון שקל (לעומת עודף של 13 מיליון שקל). קופ"ח מאוחדת ממשיכה לשמור על עודף תקציבי בשנה השלישית ברציפות.
בכל ארבע הקופות, התוצאות כוללות הוצאות הבראה של השנים הקודמות, ובמכבי אף נכללו הוצאות אישפוז משנים עברו. הוצאות קופות החולים הסתכמו בשנת 2006 ב-26.9 מיליארד שקל (לעומת 26.4 מיליארד שקל בשנת 2005). שלוש ההוצאות העיקריות של הקופות הן הוצאות האישפוז (כ-43%), הוצאות שכר ומשכורת (כ-26% ) והוצאות על תרופות (כ-21%). שיעורים אלה דומים לשיעורי ההוצאות בשנה הקודמת. ההוצאה לנפש בכלל הקופות בשנת 2006 עלתה בכ-3% לעומת שנת 2005 והגיעה לרמה של 3,821 שקל לנפש. ההכנסות של קופות החולים מתוך סך ההוצאות על תרופות וציוד בסל הבסיסי עומד על כ-32.6%, דומה לשנת 2005 (כ-33.3%). שיעור זה משקף את המשך מגמת הירידה שהחלה בשנים הקודמות בהכנסות הקופות ממבוטחים על תרופות.
סך ההוצאה לנפש בגין אישפוז בכלל קופות החולים בשנת 2006 עמד על 1,683 שקל. שירותי בריאות כללית הוציאה 1,832 שקל לנפש, מאוחדת הוציאה 1,524 שקל, לאומית 1,493 שקל ומכבי הוציאה 1,486 שקל לנפש בגין אשפוז. ניכר כי הוצאות האישפוז לנפש בכללית גבוהות יחסית ליתר הקופות. סך ההוצאה לנפש על תרופות וציוד רפואי בכלל קופות החולים בשנת 2006 עמדה על 792 שקל. שירותי בריאות כללית הוציאה סך של 790 שקל לנפש, מכבי שירותי בריאות 731 שקל, קופת חולים לאומית הוציאה 890 שקל וקופת חולים מאוחדת 852 שקל.
עלות הסל בשנת 2006 הסתכמה ב-24 מיליארד שקל, ובוצעו תוספת תרופות וטכנולוגיות לסל של 449 מיליון שקל - במקום עידכון אוטומטי של כ-2%, הפחתה במחיר יום אישפוז במחלקות הפנימיות בסך 19 מיליון שקל - וכן תוספת על העברת אחריות משרד הבריאות לסל הבריאות של כ-10 מיליון שקל.
