עימות התפתח (יום ד', 30.1.08) במהלך ישיבת הקבינט בין השר יצחק כהן (שס) לשר הביטחון אהוד ברק (עבודה). במהלך דיון על תפישת הביטחון של ישראל, אמר ברק: "פה זה לא משטר נשיאותי כמו בארצות הברית. בניגוד לשם, שהנשיא הוא המפקד העליון כאן זה משטר פרלמנטרי וכל הממשלה נושאת באחריות". השר כהן שאל את ברק האם היה אומר את אותם דברים גם אחרי קריאת דוח וינוגרד הערב, וברק לא השיב.
גורמים במשרד הביטחון מבקשים להבהיר כי דבריו של שר הביטחון עסקו במועצה לביטחון לאומי (מל"ל), ולמעשה אמרו שאין לה את אותה עוצמה כמו למקבילתה בארה"ב והיא גוף מייעץ. ברק סבור כי אין להרחיב את המל"ל על-חשבון מערכת הביטחון.
"פה צריך לקיים דיונים ביטחוניים אמיתיים ולא דיוני סרק", אמר ברק לכהן, "גם על זה נשמע אולי הערב אחרי וינוגרד". חברי הקבינט שמעו סקירה מפיו של השר לשעבר, דן מרידור, שריכז עבודת מומחים בנושא. אחד מהלקחים של עבודת הצוות הייתה כי יש לחזק את המועצה לביטחון לאומי שליד ראש הממשלה.
גם ועדת וינוגרד המליצה בדוח החלקי (30.4.07) לחזק את המועצה לביטחון לאומי כגוף הערכה ומטה עצמאי ופעיל ליד ראש הממשלה, וקבעה כי אין די בשינויים ארגוניים קטנים, אלא יש לבנות את המועצה מחדש.
