בדוח המבקר על השלטון המקומי מוקדש פרק לתשתית הפיזית של מוסדות החינוך במגזר החרדי. המבקר מדגיש בדוח כי 205 אלף תלמידים, כ-15% מכלל התלמידים בארץ, הם תלמידים חרדיים, אך הרשויות מתנערות מהם ומשרד החינוך אינו "סופר" אותם.
המבקר מציין כי "משנת 1992 ועד לשנת 2006 גדל מספר תלמידי המגזר החרדי בשיעור של 141%,ואילו מספרם של תלמידי בתי הספר הממלכתיים והממלכתיים-דתיים גדל ב-3.6% בלבד". לנתונים אלה, כותב המבקר, "יש השלכות ישירות על הצורך ההולך וגדל בתשתיות חינוך במגזר החרדי". חלק מבניית מוסדות חינוך חרדיים נעשתה מתקציב המדינה "במקרים רבים היו ההקצאות של המשאבים להקמת התשתיות במגזר זה פועל יוצא של הסכמים קואליציוניים".
אך "הממשלות, שרי החינוך ומשרד החינוך לא קיימו דיונים ולא קבעו מדיניות רשמית בדבר מידת מחויבות המדינה להקצות משאבים לתשתיות החינוך במגזר החרדי. בהיעדר מדיניות כאמור, שאלות יסודיות הנוגעות לתחום תשתיות החינוך המשרתות כ-15% מתלמידי ישראל נותרות ללא מענה מערכתי".
דרושה מדיניות קבועה המבקר מדגיש כי "הקצאת המשאבים לחינוך במגזר החרדי, ובכללם המשאבים להקמת תשתיות חינוך, צריכה להיות מעוגנת במדיניות מוגדרת וקבועה אגב קיום, במידה שיוחלט כך, של הליכי הקצאה קבועים ושל הליכי קבלת החלטות שקופים בדבר ההקצאות. החלטות הנובעות מהסכמות פוליטיות יכולות להיות נדבך משלים למדיניות ההקצאה הרשמית, אך אינן יכולות לבוא במקומה".
הוא מוסיף את החלטת הממשלה במרס 2007 על תוכנית חומש לבניית כיתות לימוד בשנים 2007-2011. בין היתר נקבע כי "תוקם ועדה בראשות מנכ"ל משרד ראש הממשלה, והיא תקבע את מדיניות ההקצאה למגזרים ולזרמים השונים - אגב מתן עדיפות למערכת החינוך הרשמית - ותביא אותה לאישור הממשלה בתוך שבועיים מיום אישור ההחלטה". "עד למועד סיום הביקורת (אוקטובר 2007) לא קבע משרד החינוך קריטריונים שוויוניים וסבירים לחלוקת המשאבים למגזרים השונים".
החינוך בקרוואנים בביקורתו התמקד המבקר בשלוש רשויות, בני ברק, אלעד ומודיעין עלית. הדוח קובע כי העדרם של מבנים למוסדות החינוך במגזר החרדי הוביל לכך שגנים ובתי ספר רבים לומדים בקרוואנים. בבני ברק, ב-33 בתי ספר מתוך 195 לומדים ב-150 קרוואנים חלקם בני 15 ויותר. המבקר מציין את מצבם "הישן והרעוע ואף המסוכן של הקרוואנים". בבית ספר אחד הוקצתה עבור ילדי חינוך מיוחד "שלדה של אוטובוס ישן, ללא חלונות ראויים וללא מיזוג אוויר; בבית ספר אחר מוקמו כיתות לימוד במכולות עץ של רכבת משא, ללא חלונות ראויים וללא פתחי מילוט".
מסיור שערכו חוקרי המבקר בבתי הספר השונים, עולה כי בקרוואנים רבים אין גלאי עשן ומתזי מים. בחלק גדול מהקרוואנים בבני ברק ובאלעד אין מיגון חלונות מפני נפילה, בבתי ספר רבים חסר גידור, אין מקלטים או מרחבים מוגנים. כמו כן אין סידור לנכים. עוד מוסיף המבקר כי בהוראות משרד החינוך נקבע כי בחצר מוסד חינוכי "לא יימצאו עמודי חשמל או טלפון; כל קווי החשמל והטלפון יהיו תת-קרקעיים; ואין להעביר קו מתח חשמל מעל למוסד או בקרבתו". למרות זאת בבני ברק נמצא כי 11 מתוך 66 מגרשים של מוסדות חינוך,"היו סמוכים לקווי חשמל (מתח גבוה)". כמו כן ליד מוסדות חינוך רבים נעשו עבודות בנייה המסכנת את התלמידים "על גגותיהם של שני גני ילדים בבני ברק נעשו עבודות בנייה במהלך הלימודים".
מי יפקח על הפנימיות? המבקר מתייחס בדוח גם למגזר "יתום" - תלמידי הפנימיות החרדיים. הפעלת פנימיות אינה דורשת רשיון ולכן על-פי דוח המבקר משרד החינוך אינו מפקח עליהן, גם משרד הבריאות אינו מפקח עליהן ועירית בני ברק למשל אינה יודעת אפילו את מיקום הפנימיות וכמה יש. חוקרי המבקר ערכו בדיקות ב-11 פנימיות, שמונה בבני ברק, שתיים באלעד ואחת במודיעין עלית. הממצאים מעלים צפיפות מעל למותר, חדרי שירותים מתחת לתקן, העדר חדרי שיחות אישיות פינות למידה או משחק.
המבקר מציין כי העיר לשלוש הרשויות ובייחוד לבני ברק "כי יש לראות בחומרה רבה את קיומן של עשרות פנימיות שבהן מתגוררים אלפי תלמידים בלא שהרשויות המקומיות מפקחות על מצב המבנים בהן ובלא שהן בודקות אם אין בהן מפגעים בטיחותיים". הוא מוסיף כי באלעד התנערו, "לא ברור מדוע מועלות טענות אלו כלפי המועצה, שכן הפנימיות אינן מופעלות על ידה ואינן בשליטתה, כי מופעלות בידי בעלים פרטיים. המועצה אף אינה מסייעת לפנימיות באופן כלשהו ואינה מתקצבת פעולתן".
המבקר קרא למשרד החינוך לקחת אחריות "לפעול ללא דיחוי למיפוי כל הפנימיות שליד בתי הספר החרדיים, לבחון את מצבן הפיזי, לקבוע אחראים לפיקוח עליהן וליצור תנאים לקיום פיקוח על אופן הפעלתן. על משרד הבריאות לפעול לקביעת נורמות מחייבות לבחינת מצב התברואה והגיהות בפנימיות כבבתי הספר ולהיערך לפיקוח על קיום הנורמות בנושאים הללו בפנימיות".
"מסגרת תקציב חרדים"? המבקר מותח ביקורת קשה על משרד החינוך בכל הנוגע להליכי הקצאות למגזר החרדי. "במשרד החינוך לא נמצא תיעוד בדבר תהליך הבחינה ותהליך קבלת ההחלטות בנוגע לבקשות של הרשויות המקומיות להקים מוסדות חינוך... לא ברור מי היו ממלאי התפקידים שדנו בבקשות וקיבלו את ההחלטות בנושא. בביקורת לא נמצא תיעוד המלמד על דיונים שקדמו להחלטות, וממילא אי אפשר לדעת כיצד נבחן המידע שהועבר למשרד, אילו שיקולים הנחו את מקבלי ההחלטות וכיצד הן התקבלו".
המבקר מציין כי רשויות שפנו למשרד החינוך בבקשה לבניית מוסדות במגזר החרדי קיבלו תשובות מעורפלות כגון - הבקשה הועברה לדיון "בפורום מיוחד", אך "בביקורת לא נמצאו מסמכים המתעדים את הדיונים המיוחדים שקיים המשרד במשך השנים". בקשת אלעד לתקצב כיתות בחינוך החרדי נענתה כי היא תידון "במסגרת תקציב חרדים". בקשה להקמת מוסדות חרדיים בפתח תקוה, נענתה בתשובה כי הדבר "יידון בפורום אחר".
המבקר כותב כי "מתשובת מנהל מינהל הפיתוח שנכללה בתשובת משרד החינוך למשרד מבקר המדינה עולה כי המונח 'דיון בפורום אחר' נוגע למקרים שבהם 'מנהל המינהל הוא אשר קיבל החלטות בדבר התקצוב', וכמוהו גם הביטוי 'תקציב חרדים'. בביקורת לא נמצאו מסמכים המתעדים את הדיונים המיוחדים שנעשו במשרד. משרד מבקר המדינה העיר למשרד החינוך כי נקיטת מונחים מעורפלים לאופן קבלת החלטות בלא לציין שמדובר בהחלטת יחיד, וקבלת החלטות בדבר תקצוב תשתיות למוסדות חינוך בידי מנהל מינהל הפיתוח לבדו ללא שקיפות של הליך ההחלטה מנוגדות לכללי מינהל תקין".
"השונות" הבלתי מובנת בתקציבים המבקר מדגיש כי בהעברות תקציביות ממשרד החינוך לרשויות לצורכי בינוי במגזר החרדי יש "שונות". "בשנת 2000 הקצה משרד החינוך לרשויות המקומיות בני ברק ומודיעין עִלית תקציבים להקמת מוסדות חינוך בהיקף של 12 מיליון שקלים ו-9 מיליון שקלים, בהתאמה. באותה שנה הוקצו למועצה מקומית אלעד 56,000 שקלים בלבד... בשנים 2003-2006 הקציב המשרד לעיריית בני ברק כ-6 מיליון שקלים, 6 מיליון שקלים, 7 מיליון שקלים ו-10 מיליון שקלים, כסדר השנים, ואילו בשנת 2007 תקצב המשרד את בנייתם של מוסדות חינוך באותה העיר בכ-37 מיליון שקלים, אף על-פי שרוב הבקשות הוגשו בשנת 2000 לתקצוב באותה עת".
לפעמים הוקצה התקציב סמוך להגשת הבקשה, לפעמים לאחר כמה שנים ולפעמים בכלל לא "בבדיקת הקצבת התקציבים לבנייתם של מוסדות חינוך בשלושת היישובים שנבדקו עולה כי משרד החינוך דחה את הקצאת התקציב לפרויקטים רבים, לעתים עד חמש שנים לאחר אישור הפרוגרמה והתוכנית האדריכלית".
המבקר העיר למשרד החינוך כי "החלטותיו בנוגע לבקשות שהוגשו לו על-ידי הרשויות המקומיות למימון הקמתם של מוסדות חינוך במגזר החרדי מבטאות שונות ניכרת. היה על משרד החינוך לנקוט תהליכי קבלת החלטות שקופים המבוססים על אמות מידה כתובות שיש בהן כדי להבטיח שוויוניות בהקצאת המשאבים, ובהעדרם לא ניתן למצוא הסבר לשונות ניכרת זו".