משרד ההגנה של ארה"ב הגיש כתבי אישום נגד שש מעצורי גואנטנמו על מעורבותם בפיגועי 11 בספטמבר 2001. התביעה מבקשת לגזור על הששה עונש מוות. בין הנאשמים, המוח שמאחורי הפיגועים, חאלד שיח' מוחמד. כך נמסר (יום ב', 11.2.08) בוושינגטון.
זוהי פעם ראשונה שמוגשים כתבי אישום נגד מי שנעצרו בגואנטנמו בגלל הקשר שלהם לפיגועי 11 בספטמבר. המשפט ייערך לפני בית הדין הצבאי המיוחד , השנוי במחלוקת. בפיגועי 11 בספטמבר נהרגו כ-3,000 בני אדם.
הגנרל תומס הרטמן, יועץ משפטי לראש המשרד לוועדות צבאיות בפנטגון, אמר כי האישומים מייחסים לששה חלק ב"תוכנית מתוחכמת, ארוכת טווח, של אל-קאעידה לתקוף את ארה"ב".
חאלד שיח' מוחמד, שהיה השלישי בסולם הפיקוד של אל-קאעידה כאשר נלכד במארס 2003 בפקיסטן הודה כי ערף את ראשו של העיתונאי האמריקני החטוף דניאל פרל ב-2002.
חוק מ-2006 חמשת הנאשמים האחרים הם רמזי בן אל שיבח, וליד בן עטאש, עלי עבד אל עזיז עלי, מוסטפא אחמד אל חווסווי, ומוחמד אל קהטני. המשפט יתנהל בבית הדין הצבאי לפי חוק הוועדות הצבאיות שאישר הקונגרס ב-2006. החוק מאפשר להקים טריבונלים כדי לשפוט חשודים בטרור שאינם אזרחי ארה"ב.
נגד החוק מערערים שני עצירים בגואנטנמו הטוענים כי נשללה מהם זכותם להישפט בבתי משפט אזרחיים בארה"ב. לאחר שחרורם של מאות עצורים מגואנטנמו בלא להעמידם לדין, נותרו במתקן המעצרים שבקובה כ-275 עצירים. ארה"ב אומרת כי היא מתכוונת לשפוט כ-80 מהם.
19 אנשים חטפו ארבעה מטוסים ב-11 בספטמבר 2001. שניים מהמטוסים פגעו במרכז הסחר העולמי בניו-יורק, עוד אחד פגע בפנטגון בוושינגטון ורביעי התרסק בפנסילבניה.