הסתיימה המחלוקת בין מבקר המדינה לנשיא המדינה. בית הנשיא הודיע (יום ו', 7.3.08) כי יאפשר למשרד מבקר המדינה לערוך ביקורת במערך הכספי, המשקי והמינהלי של משכן הנשיא.
"ניתנת בזאת הודעה משותפת מטעמם של משכן נשיא המדינה ולשכת מבקר המדינה לפיה מוסכם כי משרד מבקר המדינה יערוך ביקורת במערך הכספי, המשקי והמנהלי של משכן הנשיא, במתכונת דומה לביקורת הנערכת במערך הכספי המשקי והמנהלי של הכנסת ובית המשפט העליון", כך נמסר הבוקר מבית הנשיא.
"בית הנשיא מברך על הביקורת ויעבוד בשיתוף פעולה מלא עם לשכת המבקר כיאה לאופיים המיוחד של משכן נשיאי ישראל ומשרד מבקר המדינה", לשון ההודעה.
בשבועות האחרונים מתח המבקר ביקורת על סירובו של נשיא המדינה לאפשר לחוקריו להגיע לבית הנשיא, ואמר כי הוא אינו חסין מפני ביקורת. לינדנשטראוס אמר כי הוא פועל מכוח החוק ולא יכול להיות גורם מעל לביקורת.
הנשיא פרס מסרב לאפשר את כניסתו של המבקר למשכן נשיאי ישראל בשל חשבון ישן שנגע לביקורת שמתח לינדנשטראוס על אופן התנהלות פרס בבחירות המקדימות במפלגת העבודה.
לינדנשטראוס כבר הודיע כי לא יערוך ביקורת הקשורה לעבודתו של הנשיא פרס עצמו, אלא רק על דרך התנהלותו של משכן נשיאי ישראל.
מבית הנשיא נמסר כי במשכן נשיאי ישראל מנגנון ביקורת מיוחד, הזהה למנגנון הביקורת המופעל על משרד מבקר המדינה, וכי מבקר המדינה אינו פועל בבית הנשיא הואיל והעניין מנוגד לחוק יסוד נשיא המדינה ולחוק המבקר.