כ-21 שנים לאחר שפרס ישראל נשלל מהעורך הראשי של מעריב שמואל שניצר ז"ל על-רקע מאמר נגד העלאת בני הפלשמורה, נשמעו בבג"צ קולות של חרטה על ההתערבות שהובילה לשלילה. הנושא עלה במהלך דיון (יום ב', 14.4.08) בעתירה לבטל את ההחלטה להעניק לפרופ' זאב שטרנהל את הפרס.
העותר, הפורום המשפטי, טען באמצעות בא-כוחו עו"ד יצחק בם, כי אין זה ראוי להעניק את הפרס "בעל האופי הקונצנזואלי" למי שיוצא נגד אזרחי המדינה וקורא לפגוע בהם. דבריו התייחסו למאמר של שטרנהל בהארץ, שבו הכיר בלגיטימיות של המאבק המזוין הפלשתיני ואף קרא למחבלים למקד את פגיעותיהם במתנחלים.
לשלול בגלל מאמר אחד במהלך הדיון התעמתו הצדדים בשאלת הלגיטימיות של שלילת הפרס על-רקע מאמר אחד. המדינה טענה באמצעות באת-כוחה עו"ד דינה זילבר כי "כששוקלים על כפות המאזנים את מכלול פעילותו המחקרית העניפה של פרופ' שטרנהל ואת תרומתו הכוללת לחברה הישראלית אל מול המאמר הפובליציסטי האחד שקצפם של העותרים יצא עליו, ושאף הוא נתון לפרשנויות שונות, כפות המאזניים כה רחוקות זו מזו עד כדי חוסר יכולת להשוואה כלשהי ביניהן. לו הייתה בקשת העותרים נענית בחיוב, בכך היה גלום חוסר צדק נוכח רידוד מלוא עשייתו של אדם משך חייו, וגימוד סיפור חייו לרמה של 'סטיקר', וזאת מבלי למעט מתחושתם הסובייקטיבית של העותרים".
מנגד, בא-כוח הפורום עו"ד בם טען כי בעבר נשלל הפרס מעורך מעריב דאז שמואל שניצר, ובדיוק מאותה סיבה, פרסום מאמר אחד שבו קרא שלא להעלות את בני הפלשמורה. השופט מלצר הגיב כי יתכן שבג"צ טעה ולא היה מקום להתערבותו, ובידי בית המשפט לקבוע כי המדיניות השתנתה ואין מקום להתערב בנושאים כגון פרסים. עמדה דומה הביעה באת-כוח המדינה עו"ד זילבר, שאמרה כי "יכול להיות שלא היה צריך לשלול את הפרס גם במקרה זה של שניצר". היא הוסיפה כי בזמנו "חזר העניין לוועדה ובדעת רוב, מאחר שהתקנון קובע שצריכה להתקבל החלטה פה אחד, התקבלה החלטה אחת. בהנחה שמסקנת הפורום שהתוצאה הכוללת לא מוצדקת, לא נכון יהיה לעשות בדיוק את מה שהוא קבע היום".
הפרס יפגע ברגשות? זילבר טענה עוד, כי "להניח על כפות המאזניים את המאמר הזה, חותר תחת מתן הפרס. אם היה מדובר על קטגוריה של מפעל חיים היה מקום לשקול את התבטאויותיו". בהתייחסה לשאלת בית המשפט, אישרה זילבר, כי חברי הוועדה "היו מודעים למאמרים ולקונטרוברסאליות הטמונה בהם. לא בזכות זה הוא קיבל את הפרס, ולא בגלל זה הוא לא צריך לקבל את הפרס. השופטים היו מודעים למאמרים וחשבו שזה לא רלוונטי לפרס".
עוד טענה כי מאמרו של שטרנהל בהארץ אינו רלוונטי למטריה שבה מדובר, מדע המדינה, "מדובר על מאמר מול 20 שנה של פעילות. אני מפנה לדברי חברי [עו"ד יצחק בם, ר.א.] שכואב את כאבו של שניצר ז"ל, אדם פועל כל השנים ומעמידים את הכל על התבטאות בלתי מוצלחת... הזירה היא פגיעה ברגשות. האם ההחלטה שהתקבלה פוגעת פגיעה כל כך קשה ברגשות הציבור. השאלה היא האם ההחלטה ליתן לו את הפרס פוגעת ברגשות?" היא הזכירה את פסק דין "ג'נין ג'נין" של השופטת אילה פרוקצ'יה בנושא הפגיעה ברגשות לעומת חופש הביטוי. נקבע שם כי הפגיעה ברגשות צריכה להיות "ודאית ומוכחת".
באת כוח המדינה מתחה גם ביקורת על כך שהסוגייה נגררה לבית המשפט, בכך לטענתה נגרמה פגיעה "לממלכתיות של הפרס... מעבר לזירה המשפטית יש זירות אחרות להשמעת הביקורת. אם הפורום יסכים לחזור בו לאחר מכן מהעתירה, ולוותר על הטענות שלו זה יתרום. אם לא, אנו עומדים מאחורי הטענות שלנו ונבקש מבית המשפט לדחות את העתירה".
הקמת המדינה - בריאת העולם בא-כוחו של פרופ' שטרנהל, עו"ד גלעד שר, ביקש אף הוא מבית המשפט לדחות את העתירה. לטענתו, מרשו, "מגלה אומץ לב אדיר ומחוייבות עמוקה לציונות ולישראל, גם בשדה הקרב, במלחמות וגם בזירה הציבורית שהיא לא קלה. בתחום האקדמי הוא נחשב לחוקר דגול שמכבד ומפאר את שמה של מדינת ישראל בעולם, הדבר ידוע ומוכר. הוא לא סתם ציוני, הוא סופר ציוני כפי שהתבטא במאמר שחברתי צרפה בתשובתה, הוא ניצול שואה, יתום מגיל 7, ראה בהקמת מדינת ישראל בריאת העולם. לכן, ההכרעה שנמצאת כאן אינה טכנית... ובוודאי לא מה שכינה אותו השופט מצא בעניין יהלום, שבית המשפט ישמש ועדת על לאי הענקת פרסים, אין טעם ענייני או מהותי להתערבות בית המשפט במקרה הזה".
שטרנהל מעוניין לטענתו "שגורמים ששנויים במחלוקת יזכו להכרה ממלכתית. מעונין בחברה תוססת ששומעת דעות שאינן נעימות לה. במקרה הזה, חלק מהנמקות השופטים בוועדת הפרס מתייחסות לעניין הזה, לחשיבות של השיח הפתוח".
ראוי לכל שבח ופרס קבלת העתירה לטענתו תהווה "הרבה יותר מסטירת לחי לחופש הביטוי למדינת ישראל ולדמוקרטיה שמבקשים להנהיג בה. אנו צריכים ביקורת, חשיבה, הידברות בין הגורמים השונים באופן חופשי, גם על מעשי השלטון ומחדליו וגם לנושאים אחרים. העתירה הזאת נותנת הזדמנות לומר מילה על המאבק המתמשך, על זהותנו כחברה, על זהותנו במקום הזה, מאבק שבו השתתף פרופ' שטרנהל לאורך שנים, באומץ לב ויושר אקדמי. הוא ראוי לכל שבח ופרס. מה תאמר שלילת הפרס על החברה שלנו, על הנורמות שאנו מבקשים לאשש כאן?"
לטענתו, הפרשה עוסקת בפסקה אחת מתוך מאמר אחד, מתוך מאות מאמרים שהתפרסמו מטעמו של שטרנהל. יתירה מכך, "לאחר שהמאמר עורר בשעתו תסיסה. הוא כתב מייד לאחר מכן שני מאמרים... אם הוא לא הובן כראוי, אני אסכם את פרשנותו לאותה אמירה, ההתנחלויות הם טעות ציונית. אין בשום פנים ואופן לדעתו של פרופ' שטרנהל הצדקה לשום שפיכות דמים לשום צד, ולשום מקרה. ההתנחלויות הן טעות היסטורית, הן טעות במהלך הציוני של הגשמת הגדרתנו העצמית במדינת ישראל... להגיש פרשנות מעוותת מניפולטיבית במתכוון שלא לומר בכוונת זדון. כדי לרשום סתימת פיות והפחדה. אני אבקש לדחות את העתירה".