לפי אומדן סטטיסטי, עד לחודש יולי 2007 שילם אגף הנכות הכללית במוסד לביטוח חלק מהזכאים לקצבת נכות תשלומי יתר בסכום כולל של כ-28.8 מיליון שקל, ותשלומי חסר בסכום של כ-32.6 מיליון שקל.
המבקר ממליץ כי כדי למנוע גירעון בענף הנכות הכללית על המוסד לנקוט צעדים כדי לעמוד בשיעור הכיסוי הקופתי המזערי שקבעה מועצת המוסד ולהבטיח שגם בעתיד יוכל להמשיך לשלם גמלאות נכות לזכאים. מן הראוי שפיתוח מערכות ממוחשבות מורכבות, כדוגמת המערכת הממוחשבת החדשה לענף הנכות הכללית, ילווה בבקרה ופיקוח שוטפים שיאפשרו להעריך בזמן אמת אם הפרויקט מתקדם בהתאם ליעדים, להפיק לקחים כדי לתקן ליקויים ולהעריך מחדש אחת לפרק זמן קצוב, בהתבסס על המידע שהצטבר, אם כדאי להמשיך בביצוע הפרויקט.
כדי למנוע ככל האפשר מתן תשלומי יתר או תשלומי חסר למקבלי קצבת נכות, מן הראוי שהמוסד יפעל לשיפור הקישורים בין המערכת הממוחשבת של אגף הנכות הכללית לבין מערכות אחרות במוסד ומחוצה לו. על המוסד לקבל מידע שוטף ממשרד הבריאות וממשרד הרווחה על מקבלי קצבת הנכות השוהים במוסדות שבבעלות גופים אלה או בפיקוחם. הדבר יאפשר לו לבדוק אם הקצבה מחולקת כנדרש בחוק בינם לבין המבוטח, ואם המבוטח עדיין זכאי לגמלאות אחרות, ובהן גמלה לשירותים מיוחדים, ולהפסיק לשלם את הגמלאות למי שאינם זכאים להן.
