הביקורת על מינויים ותשלומי שכר חורגים ברכבת ישראל העלתה ממצאים המצביעים על התנהלות בלתי תקינה של החברה בגיוס עובדים בכירים ובקידומם. על החברה להקפיד כי הליכי בחירת עובדים בכירים ייעשו בצורה פומבית, תחרותית ותוך מתן שוויון הזדמנויות לכל מי שמעוניין להציג את מועמדותו. הליקויים החלו בתקופה שבה הייתה הרכבת יחידה ברשות הנמלים והרכבות, ובחלקם הגדול נמשכו גם בתקופה בה פעלה כחברה. ניתן היה לצפות שעם המעבר לפעילות כחברה ממשלתית תתייעל הרכבת ותקפיד לפעול על-פי הכללים שקבעה רשות החברות, אך לא כך נמצא. נוכח חומרת הממצאים, על שרי התחבורה והבטיחות בדרכים והאוצר ועל רשות החברות הממשלתיות לנקוט בצעדים הנדרשים על-מנת לוודא קיום ויישום נהלים תקינים לאיוש משרות, ובמיוחד משרות בכירות ותפקידים שלהם השלכה על בטיחות תנועת הרכבות.
לדעת מבקר המדינה, הגם שהדבר לא נדרש במפורש בתקנות, רצוי לפעול לכך שאיתור מועמדים למשרה ייעשה באופן פומבי ושוויוני, על-מנת להגיע למאגר הפוטנציאלי הגדול ביותר של מועמדים מתאימים לתפקיד. לדעתו, על גוף ציבורי כחברת הרכבת לפעול על-פי מדיניות והוראות נציבות מס הכנסה ולא לחפש דרכים עוקפות באמצעות חוות דעת שיצדיקו הימנעות מתשלום המס. מנכ"לי הרכבת וסמנכ"ל המינהל אישרו הטבות שכר חריגות לשלושה חברי ועד בניגוד למקובל לגבי כלל העובדים. התגלה היעדר מסמכים על החלטות בדבר מתן תוספות שכר החורגות מהמקובל לגבי כלל עובדי החברה, וסתירות מהותיות בין הסברי הסמנכ"ל למינהל, יצחק סרי, לבין הסברי מנכ"לי הרכבת והחברה עמוס עוזני, יוסי שניר ויוסי מור - והסבר יו"ר דירקטוריון החברה דאז, משה ליאון, באשר לגורם האחראי לתשלום חלק מן התוספות הנזכרות. אלה מעוררים חשש להתנהלות בלתי תקינה.
עולה כי התוספות ניתנו ללא אישור הדירקטוריון, ללא אישור הממונה על השכר במשרד האוצר וללא אישור רשות החברות. על הממונה על השכר לבחון הטבות אלו, ואם יימצא כי ניתנו בניגוד לחוק, על רשות החברות ועל הממונה על השכר לדרוש את השבת הסכומים ששולמו שלא כדין לקופת החברה. כמו כן, עליהם מוטל לבחון מי היה אחראי לתשלום ההטבות, ואם נעברה בכך עברת משמעת.
