מבקר המדינה השופט (בדימ.) מיכה לינדנשטראוס מפרסם בדוח השנתי 2008 את תוצאות בדיקתו על התנהלות חברת המשקם העוסקת בשיקום קשישים ובעלי כושר עבודה מוגבל. המבקר קובע בדוח כי החברה זקוקה לשידוד מערכות ויש "למצות את הדין בכל הנוגע לממצאים של פגיעה בטוהר המידות". הוא אף העביר ליועץ המשפטי לממשלה חשדות לפלילים בידי עובד בכיר.
בדוח קובע המבקר כי מנכ"ל המשקם יואב בן צור, מי שהיה מועמד שס לכנסת ה-16, עבד במקביל גם כמנכ"ל מעיין רשת החינוך של שס וראש המועצה הדתית בירושלים. התנהלותו של בן צור במשקם היתה תוך ניגוד עניינים, דאגה למשרות ללא מכרז למקורבים. המנכ"ל ומקורביו נהגו בחברה כמעין סניף של שס תוך טשטוש תחומים. המנכ"ל השתתף תוך ניגוד עניינים במכרזי רכש כולל מכרזים שבהם הגיש הוא הצעה לרכישת רכב והוא זה שהחליט למכור לעצמו. כמו כן קובע המבקר, כי המנכ"ל וצמרת המשקם נהנו מתנאי שכר חריגים ולא כולם עבדו בפועל במשקם.
המנכ"ל מכר לעצמו את הרכב המבקר מציין כי למנכ"ל נקבע שכר חריג של מעל 57 אלף שקלים לחודש, והדירקטוריון אף אישר לו תשלומים חריגים בכ-950 אלף שקלים. כמו כן המנכ"ל עצמו, בן צור, ישב בוועדת המכרזים למכירת שלושה כלי רכב שהיו ברשות המשקם ודן בין היתר בהצעה שלו לרכוש את הרכב. שני מגישי הצעות נוספים היו שני חברים של המנכ"ל. המבקר מותח ביקורת גם על היועצת המשפטית של המשקם עו"ד שרה הורוביץ "שאישרה את פרוטוקול הוועדה, לא העירה למנכ"ל על ניגוד עניינים החמור ולא מנעה את השתתפותו בהליך". בסופו של דבר שני החברים של המנכ"ל והמנכ"ל עצמו "זכו" במכרז ורכשו את הרכבים בכ-32 אחוזים פחות ממחיר המחירון" וזאת, "כשהצעת המנכ"ל הייתה הגבוהה מבין ההצעות שהוגשו". המבקר מדגיש בדוח כי "התנהגות המנכ"ל מעלה חשש לפגיעה בטוהר המידות מצדו".
המנכ"ל היה גם איש רב פעלים. במשך 13 חודשים שימש גם כראש המועצה הדתית בירושלים בשכר של 30 אלף שקלים לחודש "ללא אישור הדירקטוריון". הוא ביקש וגם אושר לו, להמשיך לעבוד כיו"ר מעיין החינוך התורני, רשת החינוך של שס ללא שכר במשך חמישה חודשים. "בפועל הוא המשיך לעבוד במעיין החינוך התורני עד נובמבר 2006 ללא אישור. עמותה זו מנהלת את מוסדות החינוך של שס ומתוקצבת על-ידי משרד החינוך. בפועל היה בן צור מנכ"ל החינוך התורני ולא היו"ר שלה. הוא לא דיווח על כך לדירקטוריון המשקם ולמעשה הטעה אותו".
הסמנכ"ל של המשקם נמצא בעיריה חלק ניכר מהזמן שאמור היה בן צור להקדיש לעבודתו במשקם "הוא הקדיש לעבודתו במעיין החינוך התורני וראש מועצה דתית בירושלים. "הדירקטוריון פעל שלא כשורה כשאישר לו עיסוקים נוספים בלי שהטיל עליו הגבלות ודן בהשפעתם על פעילותו בחברה", קבע המבקר. יו"ר הדירקטוריון ציין במכתבו למבקר כי בעקבות הממצאים התבקש בן צור לבחור בין המשקם לרשת החינוך של שס והוא בחר לסיים את תפקידו במשקם ולהמשיך במעיין החינוך התורני. המבקר בדק גם את נושא כלי הרכב שעמדו לרשות המנכ"ל. מדובר בכלי רכב ממעיין החינוך התורני, דרך משרד החינוך, וכלי הרכב מהמשקם דרך משרד הרווחה. הבדיקה העלתה כי אחד מהם שימש את בני משפחתו. כמו כן בדיקת חיובי הדלק של המנכ"ל העלתה כי הוא "השתמש בכרטיס האשראי של המשקם באופן בלתי ראוי". יתרה מכך, "חשב החברה נעם דהרי אישר את החיובים בכרטיס האשראי עבור תדלוק כלי הרכב מבלי שבדק אם אלה היו בשימוש המשקם".
סגנו של בן צור, הסמנכ"ל דוד אבן צור, חבר מרכז הליכוד וחבר מועצת קריית ים, קיבל עבור תפקידו במשקם בשנת 2006 445 אלף שקלים. בדיקה שערך המבקר העלתה כי פעילותו של אבן צור במשקם הסתכמה בשכרו ששולם לו על-פי דיווחי נוכחות שכללו "חתימה בדיעבד בסוף החודש ובכתב יד". יתרה מכך, המבקר מצא כי "בחלק מהימים שבהם דיווח אבן צור על יום עבודה מלא בחברת המשקם הוא שהה בעירית קריית ים". המבקר המליץ לשקול את פיטוריו.
ממצאים למעשה פלילי שלושת עוזריו של המנכ"ל נח צדוק, מועמד שס לכנסת ה-17, אלחנן דנינו ומוטי ניסים נכנסו לתפקידם כ"עוזרים אישיים" ולאחר מכן הוחלט לקבלתם לחברה כעובדי מנגנון קבועים "ללא מכרז". המבקר קובע כי קליטתם של העוזרים במשקם נעשתה באופן פסול בניגוד לנורמות של מנהל תקין. הוא מציין עוד כי העוזרים הללו "ליוו את המנכ"ל גם לעיסוקיו הנוספים במועצה הדתית בירושלים ובמעיין החינוך התורני. מכאן ניתן להסיק שטושטשו התחומים בין תפקידיו השונים של המנכ"ל ועוזריו". עוד מדגיש המבקר כי "ממצאים על עובד נוסף שהעלו חשש למעשה פלילי, הועברו לפי סעיף 14(ג') בחוק מבקר המדינה ליועץ המשפטי לממשלה".
המנכ"ל גם היה מעורב בהתקשרויות חריגות של ספק לינה ואירוח, מקורבו, בנופש עבור העובדים. המנכ"ל ישב בוועדת הרכישות ולא הצהיר על היכרותו עם הספק. לאחר מכן אישר ללא אישור הוועדה את אותו ספק, ואף שולמה לו מקדמה שעד היום לא הוחזרה למרות שהנופש לא יצא לפועל. חבר נוסף "זכה" במכרז שי לחגים. המנכ"ל, חברו של הספק, אישר את ההתקשרות ללא מכרז או ועדת מכירות. המבקר קובע כי קיים חשש "לפגיעה בטוהר המידות" באופן בחירת הספקים ותוך התנהלות בניגוד לכללי מנהל תקין.
הגיס של השר המשקם "קלט" עובדים, מקורבי הצמרת ובני משפחותיהם. דוגמא לכך, בשנת 2001 התקבל בהוראת המנכ"ל "גיסו של אדם שהיה שר מטעם שס במועד קליטתו למשקם והיה אף עוזר פרלמנטרי לח"כ לשעבר בשס". ללא שבידיו ניסיון או השכלה, החל העובד לעבוד "כמנהל שיווק באזור ירושלים". בהמשך הוא הפך כמובן לעובד מנגנון הגם "שבפועל לא מילא את תפקיד מנהל השיווק".
כדי לעבוד צריך סביבת עבודה ראויה ולכן קיבל המנכ"ל אישור מהדירקטוריון לעבור למשרדים חדשים בתל אביב. העלות גדלה מ-261 אלף שקלים ל-699 אלף שקלים. הדירה החדשה ראויה היתה גם "לכלים נאים" ולפיכך נרכש גם ריהוט מהודר בסכום של חצי מיליון שקלים. כדי לנהל ישיבות גם בירושלים נשכרה לשכה בעלות של 340 אלף שקלים. "מדינת ישראל והקופה הציבורית שילמו אפוא סכום מיותר שהיה אפשר להפנותו לטובת הנזקקים", כתב המבקר.
בסיכום הדוח "ממצאיו החמורים של הדוח מצביעים על ליקויים חמורים ביותר בהתנהלות חברת המשקם ואף על חשש לפגיעה בטוהר המידות. ממעשים אלה בוצעו על חשבון הנזקקים שלמענם הוקמה המשקם. הם מלמדים על כישלון חמור ומתמשך של הנהלת החברה של הדירקטוריון של מנכל החברה ובכיריה ושל כלל שומרי הסף בתוך החברה ומחוצה לה... על הרשויות בראשן שר הרווחה ושר האוצר והיועץ המשפטי לממשלה לפעול לתיקון הליקויים החמורים שנמצאו בביקורת ולמיצוי הדין בכל הנוגע לממצאים של פגיעה בטוהר המידות ובכלל זה לערוך שידוד מערכות כולל בחברה ובין מנהליה שכשלו".