ברשות המיסים בדק המבקר את הטיפול בתלונות על עובדי רשות המיסים. מתברר כי הרשות לא פעלה לפי החוק והוראות לטיפול בעבירות משמעת, ולא פעלה על-פי הנהלים שנקבעו לבירור תלונות ולבירור חריגות בתחום השימוש במידע. לעתים התמשך הטיפול בעבריינים. על הרשות לקבוע נהלי עבודה ברורים, ובייחוד בנושא אבטחת המידע, כדי שכל תלונה תטופל כהלכה עד למיצוי הדין עם עוברי העבירות.
כדי להגביר את המודעות ואת ההרתעה יש מקום לפרסם את העבירות ואת אמצעי המשמעת שננקטו. ראוי שהרשות תפעל ברוח המלצת משרד מבקר המדינה, ולפיה יש להציג את נושא המשמעת בקביעות בפני הנהלת הרשות כדי להגביר את מודעוּתה לנושא ולהעלותו על סדר יומה.
מחדלים בפיצוי נפגעי מלחמת לבנון השנייה המבקר בדק את נושא פיצוי גופים ציבוריים על נזק ישיר שנגרם להם במלחמת לבנון השנייה, כולל מוסדות חינוך, חברות ממשלתיות, בתי חולים ותשתיות. הוא קובע כי שר האוצר לא הסדיר את מתן הפיצויים בגין הנזק הישיר שנגרם לגופים אלו; מקצת הגופים קיבלו פיצוי כבר במהלך המלחמה, אולם אחרים לא קיבלו פיצוי עד מועד סיום הביקורת (נובמבר 2007). לא ניתן היה לקבל מהרשות וממשרד האוצר נתונים על הסכום הכולל ששולם לגופים הציבוריים בגין הנזק הישיר שנגרם להם. נמצא, כי במקרים שבהם הוחלט על מתן פיצוי לגופים ציבוריים - חלקם לא קיבלו את הפיצויים בפועל. רשות המיסים לא קבעה מנגנון להעברת כספי הפיצויים לניזוקים כדי להבטיח את השבת המצב לקדמותו.
בחלוף יותר משנה מתום המלחמה לא קיימו מקבלי ההחלטות כל דיון ממצה בסוגייה חשובה זו, ועדיין אין החלטות ונהלים ברורים בדבר הזכאות לפיצויים בגין נזק ישיר שנגרם לגופים ציבוריים. המבקר קובע כי "השבת המצב לקדמותו והחזרת החיים למסלולם לאחר מלחמה מצריכות שיקום יעיל ומהיר של הגופים הציבוריים שניזוקו, וזאת כדי להבטיח את המשך הספקת השירותים החשובים והחיוניים לאוכלוסיה. על שר האוצר והרשות לגבש הנחיות ברורות בנוגע לסוגייה אם לפצות את הגופים הציבוריים שניזוקו ובנוגע לנסיבות העברת הפיצויים, לאופן העברת הפיצויים ולפיקוח על השבת המצב לקדמותו באיזורים שנפגעו.