מרגרינה בדרך כלל עולה על החמאה כשמדובר בבריאות הלב. המרגרינה עשויה משמנים צמחיים, לכן אינה מכילה כולסטרול. מרגרינה עשירה גם בשומנים "טובים" - שומן רב בלתי רווי ושומן חד בלתי רווי - לעומת החמאה. סוגי שומן אלו עזורים להפחית את הליפופרוטאין בצפיפות נמוכה (LDL), או הכולסטרול "הרע", כאשר הם מהווים תחליף לשומן הרווי. חמאה, מצד שני, עשויה משומן של בעלי חיים, ולכן היא מכילה כולסטרול ורמות גבוהות של שומן רווי.
אך לא כל המרגרינות מיוצרות בדרך דומה - וחלק מהן עשויות אפילו להיות גרועות מחמאה. רוב המרגרינות מעובדות בעזרת שיטה הנקראת מימון (hydrogenation), הגורמת להווצרות שומני טרנס לא בריאים. באופן כללי ככל שהמרגרינה יותר מוצקה, כך היא מכילה כמות רבה יותר של שומני טרנס מאשר מרגרינות למריחה. כמו השומנים הרוויים, שומני טרנס מעלים את רמות הכולסטרול בדם ואת הסיכון למחלות לב. בנוסף, שומני טרנס יכולים להוריד את הליפופרוטאין בצפיפות גבוהה (HDL), או הכולסטרול "הטוב".
כאשר בוחרים במרגרינה, רצוי לבחור את הסוג עם תכולת שומני הטרנס הנמוכה ביותר המכיל פחות מ-2 גרם של שומן רווי ושומני טרנס יחד. היצרנים נדרשים לרשום את תכולת השומנים הרווים ושומני הטרנס בנפרד על תוויות המזון. כמו כן, מרגרינות מועשרות בסטרולים צמחיים יכולות לעזור להוריד את רמות הכולסטרול LDL ביותר מ-10%. הכמות היומית של סטרולים צמחיים הדרושה להשגת תוצאות אלו היא 2 גרם לפחות. איגוד הלב האמריקני ממליץ על מזונות המועשרים בסטרולים צמחיים לאנשים עם רמות כולסטרול LDL מעל 160 מיליגרם לדציליטר.
אם אינכם אוהבים את טעם המרגרינה ומצד שני לא רוצים לוותר על החמאה לגמרי, נסו להשתמש בחמאה מוקצפת או בחמאה מופחתת קלוריות. ישנן גם סוגי חמאה עם תוספת של שומנים מהצומח. ביחס למנה אחת מוצרים אלו מכילים פחות שומן וקלוריות ממוצרי החמאה הרגילים. הדבר החשוב הוא להשתמש במוצרים אלו בכמויות קטנות - כמות מספקת כדי להוסיף טעם למזון.