נמצאה העדות הקדומה ביותר, מן המאה הראשונה לספירה, לתעשיית הפקת צבע האינדיגו באזור ים המלח. בבדיקות חדשות שערכו ד"ר דוד אילוז וד"ר זהר עמר מן המחלקה ללימודי ארץ ישראל וארכיאולוגיה באוניברסיטת בר־אילן, נמצאו עדויות לצבען אינדיגו בדגימות של אפר מבית מלאכה בעין־בוקק.
הנחת החוקרים היא, כי מקור הצבע הוא צמחי הניל (Indigofera sp.), כנראה ניל מכסיף (Indigofera articulate), הגדל עד היום באזור זה כפליט תרבות (כיום צמח בר). ממצא זה מחזק את האפשרות שהניל גודל בארץ ישראל עוד לפני הכיבוש הערבי (במאה ה- 6), שכן עד כה היו עדויות רבות וברורות לכך רק מן התקופה הערבית הקדומה, כפי שנמצאו בצוער, ביריחו ובבית-שאן.
מציאת הצבען של צמח הניל באפר של פסולת תעשייתית קדומה בעין־בוקק, כנראה מן המאה הראשונה לספירה, היא למעשה העדות הברורה הקדומה ביותר שיש עד כה על השימוש בסממן זה באזור ים המלח.
ניתן לקשור את מתקני הכתישה, מתקני ההשריה והתנורים, עם תהליך ההפקה של הצבע מעלי הצמחים שגדלו באזור. החוקרים למעשה ביקשו למצוא ממצאים לתעשיית בשמים שפעלה במקום, אך לפי שעה אין לכך ביסוס מספק. ההשערה היא כי תושבי המקום ניצלו את אוצרות הטבע המקומיים ותנאי האקלים הייחודיים, ועסקו בגידול שיחי אפרסמון וצמחי בושם אחרים, וכן בגידול תמרים ובהפקת דבש או יין מהם, באיסוף ביטומן, בייצור חומרי ניקוי, ובהפקת צבע הניל. לכל המוצרים הללו (למעט האפרסמון) נמצאו עדויות בעין בוקק.
המחקר יוצג היום במרכז האוניברסיטאי אריאל בשומרון (מכללת אריאל), במסגרת "כינוס מחקרי יהודה ושומרון ה-18".