אתמול (יום ג', 1.7.08) בשעה 19:00 הסתיים תיקון הפגיעה במסילות הרכבת ליד בנימינה על-ידי קרונות משא, וכבר בחצות התחדשה תנועת הרכבות. למרות הפגיעה הקשה עמלו צוותי הרכבת לתקן את שקרה, והספיקו לעשות זאת במהירות.
תחקיר פנימי ראשוני של האירוע בוצע בידי חוקר ראשי - משה אמסלם, סמנכ"ל חטיבת הנוסעים ברכבת ישראל, והגיע לידי Nfc. מה שהחל כפעילות שגרתית לשינוע קרונות משא הסתיים בנזק כבד, וזאת בשל אי-ביצוע פעולה פשוטה של הסרת מעצור (טריז) מתחת גלגלי הקרון. כתוצאה מכך, הקרון האחורי נשמט ונגרר תוך שהוא הורס בדרכו כמעט חצי קילומטר של מסילות ומסוטים, ומפיל מכולה.
סמוך לשעה 01:20 בלילה (1.7.08), בעת דחיפת טור של 17 קרונות בתחנת בנימינה, נשמט קרון משא שטוח (ללא מכולה) שמספרו ש 70-057 והיה האחרון בטור. בעת יציאת השליחות מקו 3 בתחנה לכיוון דרום, נשמט קרון נוסף שמספרו ש 63-122, הקרון לפני אחרון בטור.
הכל החל כרגיל, כאשר כמה שעות לפני כן, סמוך לשעה 22:10, יצאה מתחנת מיון אשדוד, בה מחוברות רכבות נושאות מטען לרכבת אחת, רכבת משא 336 עם 25 קרונות. משימתו של הצוות הייתה להביא 10 קרונות לחיפה ולהשאיר 15 קרונות בתחנת חדרה מערב. בדרך, קיבל הנהג הוראה מפיקוד הרכבת, להמשיך עד תחנת בנימינה ולהשאיר שם 15 קרונות. כאשר הגיעה הרכבת לבנימינה, היא הוכנסה לקו 3 (מעין רציף) על-ידי אתת בנימינה (בדומה לפקח במגדל תעופה, ע.י.). עוזר הנהג ניתק את 15 הקרונות האחרונים, הניח מעצור (טריז) מתחת לגלגלי הקרון הראשון מכיוון צפון, בדק בלימה בקרונות שממשיכים לחיפה, הודיע לאתת על סיום ניתוק והנחת המעצור, וחזר לקטר להמשך נסיעה צפונה.
בסביבות השעה 01:00, משך צוות אחר שני קרונות משא מקו 5 בתחנה לכיוון האוטם הדרומי (קצה קטום של מסילה עם פגוש, ע.י.), במטרה לחבר את הקרונות לטור שעמד בקו 3, ולצאת עם 17 קרונות שטוחים (ללא מכולה, ע.י.) לכיוון חדרה.
לאחר שהצוות קשר את שני הקרונות, התבקש הנהג על-ידי אתת בנימינה לדחוף את הטור השלם, כדי לפנות את קו ההתקלה (ה"לימיט", נקודה בה קרונות מסילה אחת מפריעים לאחרת, ע.י.). הצוות דחף את הטור כ-18 מטרים, מבלי לסלק את המעצור שהיה מתחת לגלגלי הקרון הצפוני, וכך נשמט קרון 70-057. נקודת השימוט הייתה במרכז רציף התחנה.
הנהג, עוזר הנהג והעתק (האיש שתפקידו להעתיק את הקרונות ממקום למקום, ע.י.), לא הבחינו בשימוט. בניגוד לרכב מנועי בו יכול הנהג להרגיש בחריגה, הרי שבקטר לא מורגשת הפעילות שמתרחשת בקרונות. כתוצאה מכך, רכבת 28-026 החלה בנסיעה דרומה, תוך שהקרון שנשמט נגרר מאחור, מהקילומטר ה-41.200 ועד קילומטר 41.600 לערך, מרחק של כ-400 מטרים, עד מקום האוטם וגשר ההפרדה המפלסית הנבנה במקום.
בדרכה מקו 3 אל הקו המזרחי, הרכבת ובה קרון אחרון שנשמט, עברה על מסוט 14 בקו 3 וגרמה למסוט נזק רב, לרבות הרס המנוע של המסוט. המסוט הינו אמצעי שתפקידו להסיט את המסילות ולאפשר תנועת רכבות בנתיבים שונים. הרכבת המשיכה על מסוט 12 בקו 2 וגם זה ניזוק. עוד ניזוקו קשות מסוט 16 ומסוט 11 בקו 2.
בעת מעבר הרכבת על המסוטים, נשמט קרון נוסף, צמוד לקרון שנשמט במהלך הדחיפה. בשלב זה לא ברור היכן נקודת השימוט המדוייקת לקרון השני.
עקב הפגיעה במנועי המסוטים זיהה אתת בנימינה בלוח האיתות הבהוב המעיד על פריצת מסוט בארבעת המסוטים. הוא יצר קשר עם נהג הרכבת בדיוק בשלב שהנהג הבין שמשהו קרה והחל בעצירה.
כתוצאה מהמעבר על מסוטים ומכשולים נוספים בדרך, התפרק והתנתק חוגון של קרון שנשמט (שני סרנים) [ברכבות מותקנות שלדות משנה שנועדו לסייע לקרונות ארוכים להסתובב ביתר קלות, מלבד השילדה המרכזית]. מכולה של הקרון נפלה מערבה ופגעה באוטם הדרומי, שנשבר. קרון שני שנשמט נמצא נוטה על שני הקווים - המערבי והמזרחי, וקרון שלישי הושאר במקום על המסילה המזרחית, קו 1, מאחר ששילב פגושים ("בופרים", בליטה בקדמת הקרון) עם הקרון הצמוד אליו.
