הפרקליטות הצבאית הגישה (יום ה', 7.8.08) לבית הדין הצבאי המיוחד כתב אישום נגד מפקד גדוד 71, סגן-אלוף עומרי בורברג, ונגד סמל-ראשון ל' בגין אירוע ירי כדור גומי לעבר עצור פלשתיני כפות סמוך לכפר נעלין.
לאחר ששמע את הטענות שהועלו בשימועים שנערכו לנאשמים ולגורמים נוספים, סבר הפרקליט הצבאי הראשי כי לא ניתן במקרה זה להסתפק בדין משמעתי, ונוכח אופיו החמור של האירוע נדרש להביא את העניין בפני בית הדין הצבאי. משפטם של מפקד הגדוד והחייל צפוי להיפתח בקרוב.
האירוע נחקר על-ידי המשטרה הצבאית החוקרת וממצאי החקירה נבחנו על-ידי הפרקליטות הצבאית. לאחר בחינת החומר, קיים הפרקליט הצבאי הראשי, תת-אלוף אביחי מנדלבליט, שימועים לבאי-כוחם של מפקד הגדוד והחייל אשר השתתפו באירוע.
הפרקליט הצבאי הראשי קבע כי ממצאי החקירה הצביעו על כך שמדובר באירוע חמור מבחינה פיקודית וערכית, המחייב להעמיד לדין בפני בית דין צבאי, הן את הקצין והן את החייל. אל מול חומרת האירוע שקל הפרקליט הצבאי הראשי גם את החלטת ראש המטה הכללי, רב-אלוף גבי אשכנזי, להעביר את מפקד הגדוד מתפקידו לאלתר, שהינה מהלך פיקודי חריף ומשמעותי.
על יסוד מכלול נסיבות התיק, ובשים לב לצעדים הפיקודיים המשמעותיים שננקטו בעקבות האירוע, החליט הפרקליט הצבאי הראשי לייחס למעורבים באירוע עבירה של התנהגות שאינה הולמת, בגין חלקו של כל אחד באירוע.
מצה"ל נמסר כי החלטה זו מתיישבת עם פסיקתו העקבית של בית המשפט העליון לפיה בצה"ל קיים כלי ייחודי בדמותן של סנקציות פיקודיות, שהן לעתים חמורות אף מן הסנקציות הפליליות, על כן ראוי לקחת בחשבון גם את הצעדים הפיקודיים שננקטו בעקבות האירוע, ולתת משקל להשלכותיהם הקשות על הנאשם.