פרקליטות המדינה הודיעה (יום ה', 14.8.08) כי לא תפתח מחדש את תיק החקירה בעניין העמותות שאליהן זרמו כספי תרומות לקמפיין הבחירות של אהוד ברק לראשות הממשלה.
במכתב ששלח המשנה לפרקליט המדינה לעניינים פליליים, יהושע למברגר, לעורכת דינו של אחד המעורבים בפרשה, שמואל לוי, אחד הנחקרים בפרשת עמותות ברק, נטען כי דבריו של לוי, אשר דרש לפתוח מחדש את החקירה, "אינם מהווים בסיס מספיק, המצדיק בחלוף זמן כה רב, פתיחת תיק החקירה בעניין עמותות ברק". זאת "לאור מעורבותו הדומיננטית והעיקרית של לוי במעשים פליליים חמורים, המניע, והעיתוי ליוזמה".
לוי נחקר בשנת 2000 כחשוד בפרשת העמותות ואף שמר על זכות השתיקה. על-פי המידע שבידי הפרקליטות "ללוי יש ענין אישי-כלכלי בהפעלת לחץ על אהוד ברק, וזאת בשל סכסוך אזרחי בינו לבין מפלגת העבודה, שאת מקורותיו הוא תולה בטענה מרמה שהוא מייחס לאהוד ברק". יתרה מכך, העיתוי בו בחר למסור את גרסתו "המפלילה" נגד אהוד ברק, שמונה שנים וחצי מפתיחת החקירה, תוך שהוא מתנה את עדותו בקבלת טובת הנאה, "מעלה חשד לבנוגע לאמינות גרסתו".
הפרקליטות מציינת כי מדובר היה בתקופת הבחירות הישירות לראש ממשלה וכי במוקד סגירת התיק עמד קושי משפטי של טענת "הסתמכות", לפיה האיסורים הפליליים הקבועים בחוק, אינם חלים על מועמד לראשות הממשלה. קרי, שאלת תחולת חוק מימון המפלגות על הבחירה הישירה לראשות הממשלה הייתה "לוטה בערפל".
תיק עמותות ברק נסגר לפני כחמש שנים בעילה של "חוסר ראיות מספיקות". זאת לאחר שמעורבים רבים, בהם גם שר הרווחה דהיום, יצחק הרצוג, שמרו על זכות השתיקה. תחילת הפרשה, בדיקת מבקר המדינה על תוצאות ביקורת חשבונות הסיעות לתקופת הבחירות לכנסת ה-15 ולראש הממשלה.
המבקר פרסם בינואר 2000 כי "ננקטה שיטה שלפיה הוזרמו כספים לעמותות אשר היה בפעילותן לתרום אם במישרין ואם בעקיפין, לקמפיין הבחירות. מבין העמותות היו כאלה שהוקמו בתקופת הבחירות או לקראתן, ולנגדי עיני מייסדיהן עמד לפחות כאחד היעדים, הסיוע לאהוד ברק להבחר. עמותו אחרות הוקמו קודם לכן, ולא מלכתחילה למטרה זו, אך 'גוייסו' למטרה לקראת הבחירות". המבקר קבע אז כי "מקור הכספים אותם הוציאו העמותות הללו הוא באנשים מרכזיים במטה 'ברק לראשות הממשלה', עו"ד יצחק הרצוג וטל זילברשטיין, שהיה מנהל הקמפיין של 'ישראל אחת' לבחירת ראש ממשלה".
בעקבות הדוח, הורה אז היועץ המשפטי לממשלה על פתיחה בחקירה פלילית נגד מספר סיעות בחשד לביצוע עבירות על חוק מימון המפלגות ובכללן סיעת "ישראל אחת" בראשות אהוד ברק. כאמור, בנובמבר 2003 התיק נגנז נגד מרבית החשודים ובכלל נגד אהוד ברק בעילה של "חוסר ראיות מספיקות".
