בחודשים שקדמו לאסון מטוס חברת ספנאייר במדריד, שבו נספו 153 נוסעים, הזהירו טייסים של חברת התעופה את ההנהלה שוב ושוב מפני סיכון ביטחונם של הנוסעים בגלל הבלגן בניהול החברה ומדיניות הקיצוצים שלה. בסדרת הודעות דואר אלקטרוני אל הנהלת החברה, הודיע איגוד הטייסים של ספרד, 'ספלה', כי התפעול היומיומי של החברה "עלול להסתיים באסון". עוד נאמר כי צי המטוסים המיושנים מסדרת MD80, שהמטוס שהתרסק היה אחד מהם, לא עודכן בקצב הראוי.
באפריל 2007 נשלח מכתב דוא"ל ללארס ניגארד, מנכ"ל ספנאייר, ובו הזהיר נציג האיגוד: "המחסור במשאבים ואיכותם על הקרקע, הקרקוע החוזר ונשנה של מטוסים, המחסור באנשי צוות ושיטת התנועה של אנשי צוות, גורמים לתחושה כללית של תוהו ובוהו תפעולי המעמיד את הנוסעים בסכנה".
חודש לאחר מכן, כתב שוב האיגוד להנהלה: "התפעול ממשיך להיות אסון ומחמיר מיום ליום". את מכתבי האי-מייל פרסם (יום ו', 22.8.08) העיתון הספרדי אל-מונדו. לפי שעה, לא ידוע כיצד מגיבה החברה.
מנהלי ספנאייר טענו עד כה שמעולם לא עשו פשרות על חשבון ביטחון הנוסעים בגלל קשייה הכלכליים, וציינו כי החברה נהנתה מרקורד טוב של בטיחות ב-22 שנות פעילותה.
החברה האם תכננה פיטורים וקיצוצים חברת התעופה הסקנדינבית סא"ס, בעלת החברה הספרדית, ניסתה בשנה שעברה למכור את ספנאייר המפסידה. היא לא הצליחה למצוא קונה ותכננה לפטר כ-4,000 מאנשי הצוות ולקצץ בשירותים שהחברה מציעה.
פרשני תעופה אומרים כי יהיה קשה מאד לספנאייר להחזיק מעמד לאחר ההתרסקות, משום שהנוסעים עלולים לאבד את אמונם בה. אחד הפרשנים אומר: "זהו המסמר האחרון בארונה של ספנאייר שעלולה לגרור איתה גם את סא"ס לתהום. יהיה קשה מאד לשרוד את הנזק למוניטין עקב התרסקות כזאת, ובדרך כלל חברות תעופה אינן שורדות אותו".
הנהלת סנאייר התחמקה השבוע מלהשיב על שאלות בדבר עתידה. "אנו מתמקדים במתן סיוע למשפחות", טעו מרקוס הדבלום, מבכירי ספנאייר. "השאלה אינה עומדת לפי שעה לדיון". אבל האי-מיילים האחרונים מלמדים שהעובדים חוששים כי קיצוצים חוזרים ונשנים פוגעים ביכולתה להציע לנוסעים שירות נאות ולשמור על תקני בטיחות.
"אנו רוצים להימנע מקונפליקט עם הנוסעים על משהו שאיננו אחראים לו", כתב נציג האיגוד ביוני 2007. הנוסע צריך תמיד להגיע ל"אווירה של לבביות, נוחות ובטיחות".
האזהרות של האיגוד על מספר קרקועי המטוסים מצביעות גם על מצבו של צי המטוסים של ספנאייר. לדברי האיגוד, מטוסי מקדונל דגלס מהסוג שהתרסק לא הוחלפו בקצב ראוי במטוסי A320, כפי שהוסכם בין הצדדים.
החברה: לא צריך לקרקע החברה הספרדית, שמרכזה במיורקה, מפעילה 36 מטוסי MD80. מנהלי ספנאייר טענו כי אינם רואים כל סיבה לקרקע את המטוסים הללו עד שייקבע מה הייתה הסיבה לאסון האחרון.
השערה כי אחד ממנועי המטוס התקלקל הופרכה לאחר שהגיעה עדות חדשה. סרט וידאו המנציח את ההתרסקות לא מראה שריפה במנוע השמאלי לפני שפגע המטוס בקרקע, כפי שטענו עדי ראייה מסוימים.
רבים ממומחי התעופה שפקפקו בהשערה זו מלכתחילה, טענו כי המטוסים תוכננו מחדש כך שיוכלו להמריא אפילו אם אחד משני המנועים יתקלקל. יתר על כן, קלקול במנוע השמאלי היה צריך לגרום לסטיית המטוס שמאלה. למעשה, התרומם המטוס 50 מטרים באוויר והתרסק בצד הימני של המסלול.
הייתה יותר מתקלה אחת, אמר מנואל בוטיסטה, ראש רשות התעופה האזרחית של ספרד, לעיתון הספרדי אל פאיס. מנוע אחד לא גורם לתאונה, אמר.
מומחי תעופה גם מטילים ספק בהשערה כי בעיה שהביאה את הטייס להפסיק את ניסיון ההמראה הראשון הייתה זו שגרמה לאסון. ספנאייר טענה כי הטייס שם לב לכך שמתקן יניקת האוויר מתחת לחלון תאו מתחמם התחממות יתר בעת ההתקרבות הראשונה למסלול. צוות התחזוקה ניתק את אספקת החשמל למתקן יניקת האוויר, ונתן אור ירוק למטוס לצאת להמראתו השנייה, הרת האסון.