הצבא הפקיסטני החמיץ הזדמנות ללכוד את מנהיג אל-קאעידה מס' 2, איימן אל-זווהירי. אשתו של זווהירי נראתה בחבל מוחמנד בגבול אפגניסטן והצבא הפקיסטני תקף את האזור, אבל בני הזוג לא נמצאו. האזור הנמצא בצפון מערב פקיסטן נחשב לאזור מחבוא לחברי ארגוני טרור. הצבא הפקיסטני גורס כי אוסאמה בין לאדן שוהה שם, בנוסף לחברי אל-קאעידה נוספים.
"איתרנו אותו, ללא ספק, במקום מסוים, אבל החמצנו את ההזדמנות", אמר שר הפנים הפקיסטני רחמן מאליק במסיבת עיתונאים באיסלמבאד. "הוא מסתובב במוחמנד, וכמובן, לפעמים בקונאר, בעיקר בקונאר ופקטיה". מאליק אמר שבידי הצבא ראיות כי אל-קאעידה מקיים קשרים קרובים עם ארגון אחר, תחת חסותו של אל-קאעידה, הנקרא טחריק-א-טליבן פקיסטן (TTP).
זווהירי היה מנתח עיניים שסייע לייסד את הג'יהאד האיסלאמי במצריים, והוא ידוע כיד ימינו של בן-לאדן. יש שטוענים כי הוא האיש שעמד מאחורי תכנון התקפות ה-11 בספטמבר. זווהירי נחשב למבוקש מס' 2 ברשימת 22 הטרוריסטים המבוקשים ביותר בידי ארה"ב - רשימה שהכריזה עליה ארה"ב ב-2001. יש פרס על ראשו בסך 25 מיליון דולר. הפעם האחרונה שזווהירי נראה הייתה באוקטובר 2001 בעיר האפגנית קוסט. בינואר 2006 הצליח להימלט ממתקפה אמריקנית שנועדה להרוג אותו ליד גבול פקיסטן ואפגניסטן, שבה נהרגו 4 חברים אחרים בארגון.