מבקר המדינה השופט (בדימ.) מיכה לינדנשטראוס מפרסם (יום ג', 23.9.08) דוח מיוחד בנושא עליית הפלשמורה וממנו עולה כי למרות ההבטחות והצהרות גורמי ממשלה על הצורך להעלות את בני הפלשמורה, העיכוב הגורם למרירות ולתסיסה בקרב בני הפלשמורה, נובע מהחלטותיה הסותרות של הממשלה עצמה.
מדובר בהחלטה עקרונית משנת 2003 בה קבעה הממשלה כי "צאצאיהם של יהודי אתיופיה מצד אמותיהם המבקשים לשוב ליהדותם, יוכלו להיכנס לישראל על-פי חוק הכניסה לישראל...על-מנת לשוב כאן ליהדות באופן רשמי ולהתערות מחדש בעם היהודי". כמו-כן נקבע, כי "משרד הפנים ונציג הרבנות יקיימו בדיקות למוצאם של הממתינים באדיס אבבה ובגונדר לאישור להבאתם לישראל על-מנת לברר מי מהם צאצאים לאמהות יהודיות, במהלך כל הדורות שקדמו להם".
סינדול באמצעות "מכסה" אך הממשלה עצמה "סינדלה" את החלטתה, בשנת 2005 בשורת החלטות סותרות נקבעה מכסה, "רשימה סגורה" של 17,188 נפש. בהחלטות נקבע עוד כי עד סוף שנת 2007, יובאו כ-13,000 בני הפלשמורה "בהתאם לרשימה הסופית והמסכמת של הפוטנציאל לעליה שאושרה על-ידי משרד הפנים הכוללת 17,188 נפש", ועם השלמת הבאתם, "יסגרו המחנות באתיופיה". אלא שבמחנות באתיופיה נותרו כ-3000 מבני הפלשמורה הטוענים כי לא נערכה כלל בדיקה לזכאותם לעלות לארץ מכוח חוק הכניסה.
בדוח מדגיש המבקר כי ההחלטות הסותרות טומנות בחובן בעייה מהותית בסוגיית הפלשמורה, מניעיהם לעלייה ואפילו מחלוקת במי ובכמה מדובר.הוא כותב בדוח כי קהילת בני אתיופיה נחלקו לשתיים, קהילת "ביתא ישראל" ששמרה בקפידה על יהדותה, וקהילת הפלשמורה שבחלקיה הגדולים התנצרה אך לא התערבבה לחלוטין בתוך האוכלוסיה הנוצרית "ומוצאם של בניה המשיך להיות מזרע ישראל מצד אמותיהם".ביתא ישראל עלו רובם ככולם במבצעי משה ושלמה והמחלוקת נותרה, כאמור, בסוגיית הפלשמורה, שרבים מהם הגיעו לאדיס אבבה והחלו בהפעלת לחצים להעלות אותם.
הפלשמורה ומיהו יהודי סוגיית הפלשמורה עניינה לדבריו שאלת "מיהו יהודי", שכן התא המשפחתי באתיופיה כולל "נוהג שכיח להוליד ילדים מכמה נשים אף ללא קשרי נישואין או להתגרש ולהתחתן כמה פעמים ומכל אישה להוליד ילדים רבים. לפיכך בן קהילת הפלשמורה שהוא 'מזרע ישראל' לפי מוצא אמו אשר עלה לישראל והתגייר בה, עשוי, ע"פ מבנה התא המשפחתי דלעיל, להקנות זכויות עולה לבני משפחה רבים - לנשותיו לבניו שאינם יהודים אשר נותרו באתיופיה. ואלה משיעלו לישראל, אם יתגיירו, יקנו זכויות לעלייה לרבים אחרים".
הדבר עורר חשש למדינת ישראל יעלו נוצרים רבים שייכנסו גם מכוח חוק הכניסה לישראל ומנסיבות הומניטריות של 'איחוד משפחות'". בהקשר לכך, ועל-מנת לסכור את הסדק בחומה, קבע בשנת 2001 מי שהיה אז היועץ המשפטי לממשלה, שופט בית המשפט העליון, אליקים רובינשטיין, כי "מי שלא היה יהודי בעת שנולד בנו אלא התגייר לאחר מכן, אין בנו נחשב 'ילד של יהודי' ולכן אינו זכאי לעלות מכוח חוק השבות".בכך "סגר" רובינשטיין את הפרצה ונותר אפיק עלייתם של הפלשמורה שהגיעו לארץ והתגיירו, באמצעות חוק הכניסה, רשיון ישיבת קבע המוענק על-ידי שר הפנים בבחינת "איחוד משפחות" הומניטרי.
המיסיונרים מקדמים עליית פלשמורה על אפיק זה מופעל הלחץ של בני הפלשמורה המתבטא בין היתר בהפגנות מאסיביות: "רוצה את אבא", "רוצה את אמא". המבקר מציין עוד כי לעלייתם של הפלשמורה יש גם מתנגדים בהם הוא מציין את מכתבו של מנכ"ל ראש הממשלה מאוגוסט 2008 שבו נטען כי "באתיופיה קל יחסית לקבל תמורת תשלום כל הצהרה שתידרש וכך לזייף מסמכים". על כך יש להוסיף את הפער הכלכלי לטובת ישראל "המניע רבים מקרב האוכלוסיה באתיופיה לבצע פעולות לא ראויה כדי להעלות לישראל".
התנגדות נחרצת לעלייה באה מצד קהילת יהודי אתיופיה "ביתא ישראל". המבקר מציין כי "הקיצוניים" בהם סבורים כי מדובר בהגירה על-רקע כלכלי אותה מקדמים ארגונים שונים באמצעות גיוס כספים ותעמולה אותה מכנים אנשי ביתא ישראל "פעילות מסיונרית" המהווה למעשה "פירצה להפעלת לחצים פוליטיים חברתיים על ממשלות ישראל". "המתונים" סבורים כי "לא נעשית אבחנה ראויה בין אלה שיש להם קשר לעם היהודי ובין אלה שכל עניינם לגר לארצות המערב".
הממשלה נקטה פרשנות מצמצמת בסיכום הדוח קובע המבקר כי "ההחלטה העקרונית של הממשלה משנת 2003 הפכה לאחר מכן על יסוד החלטה נוספת של הממשלה להחלטה תפעולית תוך הטלת מגבלה מטעם הממשלה המייחסת לפוטנציאל מוגדר לעלייה, לרשימה ולמכסה ועל יסודות אלה פעל משרד הפנים". הוא מוסיף כי בהחלטות שלאחר זו של שנת 2003 , נכללו מונחים כמו "סקר, רשימה סופית ומסכמת לפוטנציאל לעלייה" שנעדרו מההחלטה הראשונה "והדבר הוא אסמכתא נוספת לכך שלמעשה הממשלה אישרה קביעת מכסה, ביצוע סקר והכנת רשימה סופית של זכאי עלייה, אף שבכך נקטה פרשנות מצמצמת של ההחלטה משנת 2003".
מדובר לדברי המבקר, ב"שאלות ערכיות ובסוגיות מדיניות שבהן אמורות לעסוק הממשלה והכנסת. בשאלות ערכיות אלה מסב מבקר המדינה את תשומת לבם של מקבלי ההחלטות להמלצת בג"צ האמורה לעיל ולצורך להכריע באופן מוחלט וסופי בסוגיית עליית בני הפלשמורה וליישב את חילוקי הדעות בנדון".
לבדוק את 3000 הנותרים הוא מוסיף כי על-פי החישובים המפורטים שהוצגו למשרדו "נותרו על-פי אומדן הסוכנות יותר מ-3,000 מבני הפלשמורה שזכאותם לעלייה טעונה בדיקה וטרם נבדקו, והמתחם בגונדר טרם נסגר אף ששנת 2007 כבר הסתיימה, שומה על הממשלה לדון בעניין בהקדם ולהחליט אם לבדוק את זכאותם של אותם בני הפלשמורה לעלות לארץ, אם לאו".
עמדתו של המבקר היא כי "באתיופיה נמצאים כיום יותר מ-3,000 מבני הפלשמורה ש"זכאותם לעלייה לישראל טעונה בדיקה. נתון זה ראוי לעמוד להחלטה לממשלת ישראל. אם תתקבל החלטה להשלים את הבדיקה, הרי שבעניין זה ניתן וראוי לקבוע כי המבקשים יידרשו לעמוד בשני תנאים כדי שתבוצע בדיקה בעניינם:(א) הם או משפחתם המתגוררת בארץ יגישו בקשה להעלותם ארצה; (ב) אותם מבקשים נכללו מלכתחילה בנתוני מפקד אפרתי. את אלה מהמבקשים שייבדקו ויעמדו גם במבחן שנקבע בהחלטת הממשלה מ-2003, דהיינו יוכח שהם צאצאיהם של יהודי אתיופיה מצד אמותיהם, ניתן יהיה להעלות ארצה".