תופעת העבריינים המגיעים לבתי משפט כשלראשם כיפה מטרידה את מנוחתו של הרב הראשי לישראל. בטקס חגיגי שהתקיים הערב (יום ה', 25.9.08) בחבצלת השרון בהשתתפות שרי המשטרה לדורותיהם, השר לביטחון פנים אבי דיכטר, מפכ"ל המשטרה רב-ניצב דודי כהן וצמרת משטרת ישראל, התייחס הרב יונה מצגר לנושא בביקורת מופגנת.
הרב מצגר אמר לנוכחים כי התופעה צוברת באחרונה תאוצה כאשר חשודים מתייצבים בפני שופט לאחר מעצרם, ו"לפתע פתאום צצה כיפה גדולה על ראשם", כלשונו.
"אינני בוחן כליות ולב", הסביר הרב מצגר את עמדתו. "אם מישהו עובר עבירה, והוא מבקש לחזור בתשובה שלמה - ודאי שזה הדבר הנכון ביותר, אבל התופעה הרווחת באחרונה, שעברין רוצח נעצר, ומופיע לפני השופט עם כיפה, שבדרך כלל מוּסרת ביציאה מבית המשפט, היא בזויה. זהו ניצול לרעה של הדת וזלזול באינטליגנציה של השופטים".
הרב הראשי בירך את מפקדי המשטרה על מלאכתם ומסירותם, ואיחל להם פחות עבודה בשנה החדשה.
