לקראת השנה החדשה, רכבת ישראל תפעיל לוח זמנים מיוחד החל מתחילת השבוע הקרוב (יום א', 28.9.08) ועד אחרי החגים (יום ה', 2.10.08), על-מנת לשפר את השירות ולהוריד את העומסים ברכבות, לנוכח מספר הנוסעים הרב בחגים.
- יום א' (28.9): בבוקר - כרגיל (במתכונת יום א' בבוקר), אחר-הצהריים (במתכונת יום ה' אחר-הצהריים);
- יום ב' (29.9) ערב ראש השנה: רכבות במתכונת יום ו'. תגבור רכבות בקווים הבאים: באר שבע מרכז - חיפה - קריית מוצקין, קריית מוצקין - חיפה - תל אביב, וכן קו תל אביב מרכז - בית שמש - ירושלים. במקום שני סטים יופעלו שלושה סטים בכל רכבת;
- יום ג' (30.9) ראש השנה תשס"ט: אין תנועת רכבות;
- יום ד' (1.10) מוצאי ראש השנה: רכבות במתכונת מוצאי שבת. תגבור רכבות בקווים הבאים: חיפה מרכז - בנימינה, קריית מוצקין - חיפה מרכז, נהריה - חיפה - תל אביב, וכן קו תל אביב מרכז - בית שמש - ירושלים. במקום שני סטים יופעלו שלושה סטים בכל רכבת בקו ירושלים - תל אביב, ובמקום שלושה סטים יופעלו ארבעה סטים בכל רכבת בקו תל אביב - ירושלים;
- יום ה' (2.10): בבוקר - רכבות במתכונת יום א', אחר־הצהריים - כרגיל.
פירוט השינויים בשאר חגי תשרי יימסר לקראת החג הרלוונטי.