המועצה לגנים לאומיים ושמורות טבע אישרה (יום ה', 6.11.08) לשתי חברות פרטיות, גינקו ודלק אנרגיה, לבצע קידוחים לצורך חיפושי נפט, בשמורת הטבע מדבר יהודה. הדבר עומד בניגוד לעמדתה של החברה להגנת הטבע, שטענה כי הסיכוי הקטן הקיים למציאת נפט באזור אינו מצדיק את הסכנה לפגיעה אקולוגית חמורה.
המועצה הינה ציבורית וכפופה לשר להגנת הסביבה. תפקידה הוא לייעץ לרשות הטבע והגנים בנושאי מדיניות של שמורות טבע וגנים לאומיים. בכינוס המועצה, הצביעו נציגי רשות הטבע והגנים והמשרד להגנת הסביבה בעד הקידוחים, וזאת למרות שנציג משרד התשתיות שהשתתף בדיון אמר כי הסיכוי למציאת נפט באזור זה הוא 15 אחוז בלבד.
החברה להגנת הטבע, שכאמור התנגדה לקידוחים, טענה ש"אחוז כזה לא מצדיק את הפגיעה הבלתי-הפיכה הצפויה באזור כל כך מיוחד, ואיכותי מבחינת ערכי טבע ואקולוגיה". שי טחנאי, רכז שמירת הטבע במחוז דרום של החברה, מסר בתגובה להחלטה כי "מדובר על שטח עם מגוון נופי וערך תיירותי גבוה, ביחידת שטח יחסית קטנה, ולכן 15 אחוז סיכוי למציאת נפט לא מצדיק את הפגיעה הבלתי הפיכה הצפויה בשטח".