מאז הקמתו באופן רשמי בשנת 2002 ביצע הנח"ל החרדי (שלימים שינה שמו לגדוד נצח יהודה של חטיבת כפיר) פעילות בבקעת הירדן. בקרוב עתידים חיילי הגדוד לתפוס קו באחת החטיבות המרחביות ביהודה ושומרון. השבועון הצבאי "במחנה" מדווח כי ההחלטה בנושא התקבלה כחלק מחילופי הגזרות של גדודי החטיבה בתוך אוגדת איו"ש.
מהלום ללוחם על-פי הדיווח, במהלך השבועות הקרובים יצוידו הלוחמים באמצעי לחימה חדשים, בהם מַהֲלוֹם (שוקר חשמלי) לשימוש במעצרים של פלשתינים חשודים, וכן בתחמושת מיוחדת המיועדת לפריצת דלתות. באחרונה החלה רכישת עשרות נגמ"שים למחלקות הייעודיות החדשות בגדודי החטיבה, הנמצאות כעת בתהליכי הקמה.
בצה"ל הסבירו כי מטרת המהלך, שהחל בחודשים האחרונים, נועדה לאפשר ללוחמי הגדודים להתנסות במגוון מתארים, בהתאם לערים השונות ולשטחי הפעילות, ולהקנות להם יכולות לחימה חדשות. תוכנית כוללת שגובשה בחטיבה קובעת שכל גדוד יתפוס שתי גזרות לפחות במהלך שנת 2009, במטרה לאמן אותו במגוון רחב של תוואי שטח באופן שיהיה מוכשר למגוון פעילויות שיאפשרו לו תמרון בין הגזרות.
תגבור אימונים המחלקות החדשות של הגדוד החרדי יצטרפו לפעילות השוטפת של החטיבה, ויספקו מענה שוטף בלחימה, בהתאם לצרכים המבצעיים. חטיבת הנח"ל תגדיל את מספר שבועות האימון הכלל-חטיבתיים, ומעתה יבצעו גדודי החטיבה כ-15 שבועות אימון בשנה, לעומת 12 השבועות שיוחדו לכך עד כה. במסגרת ההכשרות האלו יתרגלו לוחמי כפיר אימוני לילה אינטנסיביים, תנועות לעומק שטחי הלחימה, טקטיקות חדשות לביצוע מארבים ומעצרים, וידונו בדילמות ערכיות שונות.
במהלך שש השנים בהן הוא פועל בבקעה נזקפים לזכותו של גדוד נצח יהודה מעצרים של מאות מבוקשים וטרוריסטים.