פיגועי הטרור במומבאי פגעו קשה בהתקרבות בין הודו לפקיסטן, שתי מעצמות גרעיניות יריבות. הודו אינה נוקבת במפורש בשמה של פקיסטן כמי שעומדת מאחורי הפיגועים, אך ראש ממשלת הודו מנמוהן סינג אמר (יום ה', 27.11.08) כי הטרוריסטים באו "מחוץ להודו".
באיסלמאבאד רואים בדברי ראש ממשלת הודו האשמה כי פקיסטן היית המעורבת בתקיפה. ואולם יותר ויותר מומחים במערב סבורים כי הטרוריסטים הם קיצונים מוסלמים הודים, ואין להם כל קשר עם פקיסטן.
פקיסטן עצמה מכחישה כל קשר לפיגועים. שר ההגנה של פקיסטן, אחמד מוכתר, אמר כי "אין להאשים את פקיסטן כפי שנעשה בעבר". "זה יהרוס את הרצון הטוב שיצרנו יחד אחרי שנים של מרירות", אמר לסוכנות אי-פי. "אני אומר בלשון מפורשת: פקיסטן לא הייתה מעורבת בתקריות הדמים הללו".
הפרשנים המערביים אומרים כי יתכן שמטרת הטרוריסטים במומביי הייתה לפגוע בהתקרבות בין שתי המדינות. ההידרדרות בין שתי המדינות, שלחמו זו נגד זו בשלוש מלחמות מאז 1947, עלולה לסבך במידה רבה גם את מדיניות החוץ של ארה"ב בדרום אסיה. הנשיא הנבחר ברק אובמה אמר כי נרמול הקשרים בין הודו לפקיסטן יהיה נדבך חשוב של תוכניתו לייצב את אפגניסטן ולעקור את אל-קאעידה מהאזור.
"אי אפשר להתקרב למדינה המאשימה אותך בטרור", אומר שון גרוגרי, מומחה לטרור באוניברסיטת ברדפורד בבריטניה. "כל סימן למעורבות פקיסטנית יהיה הרסני".
בלי שליפות מהמותן ב-2001 תקפו קיצונים הנאבקים לעצמאות חבל קשמיר מהודו, את הפרלמנט ההודי בניו דלהי, ודחפו את הודו אל סף מלחמה עם פקיסטן שנה לאחר מכן. ביולי השנה האשימה הודו את שירותי המודיעין של פקיסטן כי סייעו לקיצונים מהטליבאן לפוצץ את שגרירותה בבירת אפגניסטן. בפיגוע נהרגו 58 בני אדם. פקידים בפקיסטן טענו כי אין כל ראיה להאשמות אלה.
הקשרים בין הודו לפקיסטן השתפרו בשנים האחרונות בזכות הפחתת החדירה של קיצונים לקשמיר. הנשיא החדש של פקיסטן אסיף עלי זרדרי הכריז בסוף השבוע כי אין נשקפת לארצו כל סכנה מהודו, וקרא לפתוח את הגבול המבוצר בין שתי המדינות לסחר.
בנאום לאומה ביום ה' אמר ראש ממשלת הודו כי הארגון שביצע את הפיגועים במומביי "פעל מבסיס מחוץ להודו" והזהיר את שכנותיה של הודו כי "לא נסבול שימוש בשטחן לביצוע פיגועים עלינו". קודם לכן אמר דובר הצי של הודו כי ספינת הדיג החשודה שהביאה את הטרוריסטים למומביי יצאה מנמל קרצ'י שבפקיסטן.
ואולם חקירת הפיגועים במומביי רק בתחילתה, ורבים מהפרשנים טוענים כי הטרוריסטים הם כנראה הודים, שכבר ביצעו השנה פיגועים, ולא קיצונים הקשורים לפקיסטן. הם מציינים כי ממשלת הודו מעדיפה להפנות אצבע מאשימה לשכנתה, מאשר להודות כי יש קיצונים בקרב 145 מיליון המוסלמים המתגוררים בהודו.
שר החוץ של פקיסטן אמר כי ארצו תשתף פעולה עם כל חקירה. הוא הזהיר מפני השערות מוקדמות על זהותם של התוקפים. "הבה לא נעסוק בשליפות מהמותן", אמר השר שאה מחמוד קוריישי, שדן בהודו בתהליך השלום.