בית המשפט העליון של ארה"ב החליט (יום ו', 5.12.08) לדון בשאלת גבול כוחו המשפטי של נשיא ארה"ב בעידן הטרור: האם הנשיא רשאי לצוות על מעצרם של בני אדם השוהים בארה"ב כדין לזמן בלתי מוגבל?
התיק נוגע לעניינו של עלי אל-מארי, האדם היחיד בתחום ארה"ב עצמה המוחזק במעצר במעמד של לוחם אויב. הוא עצור במתקן המעצר של הצי האמריקני בצ'רלסטון שבדרום קרוליינה. מארי, אזרח קטר, שהה בארה"ב כדין כאשר נעצר בדצמבר 2001 באילינוי, שבה התגורר עם משפחתו ולמד מדעי המחשב באוניברסיטת ברדלי. 18 חודשים לאחר מכן, כאשר עמדו להגיש נגדו כתב אישום על מרמה בכרטיס אשראי, ואישומים אחרים, הכריז עליו הנשיא ג'ורג' בוש לוחם אויב, והעביר אותו ממקום מעצרו בבית מעצר רגיל למעצר צבאי. הממשל טען כי מארי, שהוחזק במעצר מבודד במשך חמש שנים בלא שהוגש נגדו כתב אישום, הוא "סוכן רדום" של אל-קאעידה, שנשלח לארה"ב כדי לבצע רצח המוני ולשבש את מערכת הבנקאות.
הסוגיה המרכזית בתיק היא אם יש לנהוג במארי כבשבוי אויב שניתן להחזיק בו עד שיסתיימו מעשי האיבה, או כבפושע רגיל כפי שנהגו בטימותי מקויי, שהורשע בבית משפט אזרחי רגיל על פיצוץ בניין פדרלי באוקלהומה סיטי.
מתיו ווקסמן, פרופסור למשפטים באוניברסיטת קולומביה, ובעבר פקיד במשרד ההגנה האחראי על ענייני עצורים, אומר כי התשובה שייתן בית המשפט העליון לשאלה בעניין מארי תשפיע על אסירים אחרים המוחזקים במתקן גואנטנמו, שבקובה. גם נגדם לא הוגש כל כתב אישום על לחימה נגד כוחות אמריקניים למען גורם זר כלשהו. השאלה המשפטית העומדת על הפרק היא, אומר פרופ' ווקסמן, מה פירוש הדבר להיות לוחם אויב במלחמה נגד אל-קאעידה.
בית המשפט העליון ידון כנראה בתיק במארס 2009, ויעמיד לפני ממשלו של הנשיא ברק אובמה אפשרות לבחור אחת מתוך ארבע החלטות אסטרטגיות לפחות: הוא יוכל להגן על הפרשנות המרחיבה של ממשל בוש על היקף סמכותה של הזרוע המבצעת, או לנקוט גישה צנועה יותר, או להביא לידי ביטול התיק באמצעות העמדתו של מארי לדין, או לגרש את מארי מארה"ב.
אובמה יחליט כשיהיה נשיא דוברת צוות המעבר של אובמה, ברוק אנדרסון, סירבה להגיב על התיק, ואמרה כי אובמה יחליט כיצד לנהוג בעצירים לאחר שהצוותים שלו לענייני משפט וביטחון לאומי יתחילו לפעול.
ג'ונתן הייפץ, עורך דינו של מארי מטעם האיגוד האמריקני לחירויות האזרח, אמר כי יש לדחות את טענת ממשל בוש כי יש לו סמכות לעצור תושבים חוקיים בלא הגבלת זמן, ובלא כל אישום נגדם. לדברי הייפץ, זוהי טענה מופרכת, שלא היה מקום לטעון אותה מלכתחילה.
ביולי 2007 פסק בית משפט לערעורים בריצ'מונד שבווירג'יניה בפסק דין חלקי בתיק. ברוב של 5 נגד 4 קבע בית המשפט כי לנשיא ארה"ב יש סמכות משפטית לעצור את מארי.
אבל בפסק דין נוסף, אף הוא ברוב של 5 נגד 4, פסק בית המשפט כי יש לתת למארי הזדמנות נוספת לערער על מעצרו לפני בית משפט פדרלי. הליך קודם בבית משפט, שבו הציג הממשל תצהיר בשבועה מאיש מודיעין, אינו מספיק, קבע הרוב השני.