האיחוד יידחה והבחירות יתקיימו במועדן. העליון הורה (יום ד', 17.12.08) לקיים במועדן 20.1.09, את הבחירות למועצה אזורית ערבות הירדן. השופטים אילה פרוקצ'יה, אליקים רובינשטיין ויורם דנציגר ביטלו בטענת חוסר סמכות, את החלטת משרד הפנים לדחות מועד הבחירות, ואף הורו לדחות את הדיונים על האיחוד עצמו לאחר הבחירות לכנסת.
חמשת העותרים, תושבי מועצה אזורית ערבות הירדן, דוד אלחייני, בני צדוק, חן גולדשטיין, אירינה מורזייב ומרדכי מיודק, טענו בעתירה שהוגשה באמצעות באי-כוחם עוה"ד אביעד הכהן וישעיהו אברהם, כי החלטת הממונה על יהודה ושומרון במשרד הפנים, רות יוסף, לדחות את מועד הבחירות, פוגעת בזכות לבחור ולהיבחר במועד שנקבע מלכתחילה.
עוד טענו כי נימוקיה של יוסף לדחות את מועד הבחירות עד לאחר איחוד הרשויות "אינן נכללות בגדר אותם מקרים חריגים בהם ניתן לדחות מועד בחירות שנקבע מראש לתאריך אחר". לפיכך, ההחלטה על דחיית הבחירות נעשתה בחוסר סמכות, והיא לוקה "בחוסר סבירות קיצוני".
העליון קיבל את טענות העותרים, וביטל את ההחלטה לדחות את הבחירות. "לא מצאנו בנימוקים העומדים ביסוד ההחלטה כדי להצדיק סטייה ממועד בחירות לרשות מקומית שנקבע מזה זמן, בהינתן המשמעות המשפטית-חוקתית הנלווית לקיום בחירות במועדן, כמאפיין של ההליך הדמוקרטי וכסממן מהותי למימוש הזכות לבחור ולהיבחר, שהינה זכות יסוד מוגנת במשפט", כתבו השופטים.
בית המשפט הורה, כאמור, לקיים את הבחירות בערבות הירדן ב-20.1.09. השופטים הדגישו כי אינם נוקטים עמדה כלשהי ביחס לסוגיית איחוד הרשויות המקומיות וכי הם "מניחים" כי החלטה סופית בנוגע לאיחוד לא תתקבל בטרם נערכו הבחירות הכלליות במדינה, בחודש פברואר 2009. זאת לדבריהם "ברוח העיקרון המקובל בדבר חובת הריסון בקבלת החלטות מהותיות בסמוך לפני בחירות, להוציא מקרים המתאפיינים בחיוניות מיוחדת".