בדצמבר 1999 הוציאו 250 משאיות מילוי חפירות מהר הבית. הוצאת האדמה רוויית הממצאים על-ידי הוואקף זיעזעה את העולם הארכיאולוגי. כלי שתייה רומי שבור, כ-3,500 מטבעות (למן התקופה הפרסית ועד לעותמנית), ואף קוביות עשויות משן ששימשו חיילים רומיים היו חלק מן הממצאים. לפני ימים אחדים התגלו שני מטבעות נדירים ששופכים אור על העבר.
בעיתוי הסמוך לימי חנוכה, בהם ניצחו המכבים את היוונים, התגלה מטבע יפה במיוחד שנטבע על-ידי המלך אנטיוכוס הרביעי אפיפאנס בשנת 163-175 לפני הספירה. מרד זה הביא לטיהור המקדש בידי החשמונאים לאחר שאנטיוכוס שדד את אוצרות המקדש והנהיג בו פולחן זר. על המטבע נראה דיוקנו של אנטיוכוס המלך הסלווקי. הר הבית היה המוקד של אירועי המרד החשמונאי, ומכאן חשיבותו של המטבע, שהתגלה בעפר שהוצא מהר הבית.
בחפירות התגלה מטבע נוסף, שחשיבותו להבנת ההיסטוריה היהודית רבה אף יותר. מדובר במטבע מחצית השקל עשוי כסף, שנטבע בשנה הראשונה למרד הגדול נגד הרומאים (66/67 לספירה). בצד הפנים של המטבע מופיעים ענף עם שלושה רימונים וכתובת בכתב העברי העתיק "ירושלם קדשה" (ירושלים קדושה). בגב המטבע מופיעים גביע העומר והכתובת "חצי השקל", מטבעות מחצית השקל שימשו לתשלום מיסי המקדש והחליפו בימי המרד הגדול את השקלים הצוֹריים (מהעיר צור). מטבעות אלה כנראה נטבעו בהר-הבית עצמו על-ידי שלטונות המקדש.
מס מחצית השקל למקדש מבוסס על הנאמר בספר שמות, בפרשת "כי תישא" (ל', י"א-ט"ו) שעל כל יהודי היה לשלם חצי שקל למקדש בכל שנה. המטבע שהתגלה השתמר היטב, אך למרות זאת הוא פגום מעט מהשריפה, כנראה זו שגרמה לחורבן המקדש השני בשנת 70 לספירה.
זוהי הפעם הראשונה שבה התגלה מטבע כזה שמקורו בהר-הבית עצמו. מטבעות דומים התגלו בעבר במטמונים בסביבתה הקרובה של ירושלים, ובחפירות ברובע היהודי וכן בחפירות מצדה, אך הם נדירים ביותר בחפירותיה של ירושלים.
מי שנרתם לטובת סינון העפר שהוצא מהר הבית הייתה עמותת אלע"ד, שלטובת העניין הקצתה שטח בשיפולי הר הצופים בגן הלאומי עמק צורים, ובנקודות שונות במתחם פעלו בני נוער מחו"ל למיון הממצאים. את המטבע מצא עומר יערי, בן 14 מנוה דניאל, אחד מ-40 אלף מתנדבים בפרויקט.