התרחבות ירי הטילים לאזורים בהם נוסעת הרכבת, חייב את רכבת ישראל להוציא הנחיות בהתאם. על-פי ההנחיות, כל אימת שנשמעת אזעקה נעצרת הרכבת, והנוסעים מתבקשים לשכב על הרצפה.
היישום במציאות קשה קצת יותר, משום שמרחק העצירה הממוצע של רכבת בתנועה נע סביב 700 מטרים, ולפעמים העצירה המוחלטת היא רק לאחר נחיתת הטיל. זאת מאחר שאפילו במקומות הרחוקים מגיע זמן ההתרעה ל-45 שניות לכל היותר.
גם שכיבת נוסעים על הרצפה אינה אפשרית ברוב הפעמים בשל הצפיפות. בניגוד לאוטובוסים, בהם מונחים הנהגים לעצור, לפתוח את הדלתות ולאפשר לנוסעים לרדת ולנסות למצוא מחסה, הרכבת אינה מאפשרת הורדת נוסעים.
בימים אלו נגרמים שיבושים בתנועת הרכבות בשל המצב. בתקופת מלחמת לבנון השנייה הופסקו הרכבות לחיפה בחלק מימי המלחמה.
